《鸡热应激蛋白hsp70基因的单核苷酸多态研究》由会员分享，可在线阅读，更多相关《鸡热应激蛋白hsp70基因的单核苷酸多态研究（130页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、四川农业大学 博士学位论文 鸡热应激蛋白HSP70基因的单核苷酸多态研究 姓名：罗庆斌 申请学位级别：博士 专业：动物遗传育种与繁殖 指导教师：邱祥聘;曾凡同 20040501 四川农业大学博士学位论文 摘要 H S P 7 0 基因编码的H S P 7 0 蛋白在鸡耐热性形成过程中起着重要的作用。在鸡的 抗逆性育种中，H S P 7 0 基因有望成为改善热应激敏感性的候选基因。但目前关于 H S P 7 0 基因序列中存在的单核苷酸多态性( S N P s ) 的研究报道很少。本研究选取我国 2 0 个地方鸡种共5 9 1 个个体作为实验材料，采用变性高效液相色谱( D H P L C )
2、技术， 在鸡H S P 7 0 基因的全序列内进行未知S N P s 的筛选，对典型峰型分别选取2 个个体 测序，再将同一对引物的所有测序样本的测序结果进行序列的同源性比较，从而识 别和确认鸡H S P 7 0 基因的未知S N P s 。并通过特异峰型与测序结果的对应关系，判 定了每个个体在各S N P s 位点的基因型，由此作者计算了每个S N P s 位点在各品种 中的基因型和等位基因的分布频率并对各品种问在S N P s 位点的基因型和等位基因 分布频率的差异进行了显著性检验。计算各品种的平均杂合度、各位点的基因多样 度及其相关参数、各品种间的标准遗传距离( D 。) 和遗传一致性参数
3、，衡量群体内 以及群体间H S P 7 0 基因的遗传变异。作者还依据每个个体在各S N P s 位点的基因型 采用基于最大似然法原理编写的P H A S E 程序进行单倍型的确认，并计算每种单倍 型在各品种中的分布频率。 结果分别在A 5 、A 6 、A 7 、A 4 引物扩增的P C R 产物中检出并确认了1 0 个S N P s ： A 2 5 8 G ，C 2 7 6 G ，C 5 0 7 T ，C 1 0 4 0 A 、G 1 0 4 4 A ，C 1 4 3 1 A ，T 1 4 7 6 C ，G 1 5 0 0 A 、A 1 5 2 9 G ，C 1 7 2 2 T 。 所有检出
4、的S N P s 均位于编码区，其中1 0 4 0 位C A 的突变导致H S P 7 0 基因氨基酸 序列3 4 7 位发生脯氨酸( P r o P ) 到组氨酸( H i s ，H ) 的替换。1 5 2 9 位 一G 的突变 导致氨基酸序列5 1 0 位发生赖氨酸( L y s ，K ) 到精氨酸( A r g ，R ) 的替换。 根据测序结果结合对应的D H P L C 色谱蜂型判定出测序的各样本在各S N P 位点的 基因型。其它未测序的个体与此色谱峰型相同的，将其在同一位点的基因型视为与 测序个体的基因型相同。由此建立了每个个体在各S N P s 位点的基因型与D H P L C
5、峰 型的对应关系。 各S N P s 位点在各品种中的基因型和等位基因的分布频率，A 2 5 8 G 、C 2 7 6 G 、 C 5 0 7 T 、G 1 0 4 4 A 、T 1 4 7 6 C 、G 1 5 0 0 A 、A 1 5 2 9 G 、c 1 7 2 2 T 等8 个位点其携带突变等位基 因的基因型以及突变等位基因在不同品种中的分布频率具有显著( P O 0 5 ) ， 丝羽乌骨鸡( 江西泰和) 与清远麻鸡和略阳鸡差异显著( P O 0 5 ) 。在不同生态区中同样如此( 表2 ，1 3 ) 。 表2 1 3C 1 0 4 0 A 位点基因型及等位基因在不同生态区群体中的额串
6、( 1 0 0 ) T a b l e2 1 3F r e q u e n c i e so fC 1 0 4 0 As i t eg e n o t y p e sa n da l l e l e si nd i f f e r e n te c o t y p i ca r e a 6 7 女5 基； 醐2 1 0 图2 1 5C 1 0 4 0 A 位点突变等位基因A 在不同品种中的分布频率 F i g u r e2 1 5F r e q u e n c i e so fC 1 0 4 0 A s i t eAa l l e l ei nd i f f e r e n tb r e e
7、d s 从图2 1 5 中可以看出，突变等位基因A 在地理纬度上的分布没有表现出明显 的规律性。 ， 鸡热应激蛋白l I S P 7 0 基冈的单核苻酸多态研究：结果与分析 2 5 G 1 0 4 4 A 位点基因型频率及其等位基因频率 由表2 1 4 可见，在G 1 0 4 4 A 位点以G G 基因型和G A 基因型的分布为主。仅在文 昌鸡和阳山鸡中有从基因型存在，但频率很低。在惠阳胡须鸡和丝羽乌骨鸡( 广 东温氏) 中表现为G 基因的单态分稚。总体来看，G 基因的分布频率远远高于A 基 因。为该位点的优势等位基因。 l a r d y W e i n b e r g 平衡检验结果，仅阳山
8、鸡的X 2 值 达到了极显著( P O 0 5 ) ， 但与文昌鸡、杏花鸡、北京油鸡、怀乡鸡、固始鸡差异不显著( P O 0 5 ) ，与阳山 鸡、裸颈鸡、余干乌黑鸡、太自鸡差异极显著( P ( O 0 1 ) ，与丝羽乌骨鸡( T r 西泰 和) 、清远麻鸡的差异显著( P 0 0 5 ) 。C A 基因型和等位基因A 在不同 的生态区中的分布情况同样如此( 表2 1 7 ) 。 等位基因A 的频率分布随纬度降低的变化没有相关的趋势( 图2 1 7 ) 。 四川农业大学博士学位论文 表2 1 6C 1 4 3 1 A 位点的基因型及等位基因在不同品种中的分布频率 T a b l e2 1 6
9、T h ef r e q u e n c i e so fC 1 4 3 1 As i t eg e n o t y p e sa n da l l e l e si nd i f f e r e n tb r e e d s 品种NC CC A A ACA x 2 B R3 0 C R3 0 D G2 7 G S3 0 H X2 9 L 、r2 7 N D2 2 N T3 0 Q M 3 0 S G3 0 S W3 0 T B3 0 T H3 0 T Y3 0 W B3 0 X H3 0 Y G3 0 、03 0 Y S3 0 9 6 6 6 7 3 3 3 33 3 3 3 3 3 3 3
10、09 8 3 3 3 1 6 6 71 6 6 7 1 6 6 70 0 0 8 6 9 6 6 6 7 3 3 3 3 9 2 5 9 3 5 1 3 6 9 3 3 3 3 4 6 3 2 9 6 5 5 2 3 4 4 8 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 9 3 3 3 3 4 6 3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
11、 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 3 3 3 3 3 30 7 4 0 7 5 1 3 60 6 6 6 7 4 6 3 20 3 ，4 4 8 3 4 4 80 00 00 6 6 6 7 4 6 3 20 00 00 0 0 0 0 00 00 00 00 00 0 0 9 6 5 5 2 3 4 4 8 3 4 4 8 + - - 3 4 4 8 0 9 8 3 3 3 1 6 6 71 6 6 7 1 6 6 7 9 6 2 9 6 2 5 6 93 7 0 4 2 5 6 9 9 6 6 6 7 “ 4 - 2
12、3 1 63 3 3 3 2 3 1 6 9 8 2 7 6 1 7 2 41 7 2 4 1 7 2 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 6 6 6 7 4 - 2 3 1 63 3 3 3 - 4 - 2 3 1 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 4 - 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 4 - 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 O 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0
13、 0 0 9 8 2 7 6 1 O 0 0 8 6 0 0 3 9 9 0 0 3 5 7 0 0 0 8 9 0 0 3 5 7 0 0 0 ， 0 0 0 0 0 ， 0 ， 0 1 7 2 4 4 - 1 7 2 40 0 0 8 9 Z j3 0 9 6 6 6 7 4 - 3 3 3 3 3 3 3 3 1 3 3 3 3 09 8 3 3 3 1 6 6 7 1 6 6 7 + 1 - 6 6 7 0 0 0 8 6 T o t a l 5 8 5 9 8 1 2 0 + , , 0 5 6 2 1 8 8 0 4 - 0 5 6 2 0 9 9 0 6 0 0 2 8 1 0
14、9 4 0 4 - 0 2 8 1 0 0 5 2 7 一 注：表内基因型频率及等位基因频率值均1 0 0 ，其表示形式为平均值标准误X z 值为对各 品种内基因型分布的H a r d y - W e i n b e r g 平衡检验值， 表示差异显著( P O 0 5 ) 。惠阳胡须鸡、余干乌黑鸡与等位基因c 分布频率极低的杏花鸡和河 南斗鸡间差异极显著( P d)懈嘲昧制惰僻；0(_o审d)郴嘲释昧删惜琳。：；。硝 高 墨 兽 吾 a d o 謦答昌 翟a兽 置 兽a a警 芒 Z 笤警 警饕咎 a 已 兽盘 兽盈 U 口盘 凸 昌警昌 器 饕盘口 Z 一 管璺a昌d鲁口笤 Z 出 a咎盘
15、窨警口害兽翟 口a兽兽墅雪窖罂蹿蓦 a昌窨盘盘宅a兽翟警譬 t o a昌昌盈丘翟a警口昌 F - , 盘 o a昌翟a a笤a昌笤昌 一 盘盘 一 善警a昌岳巴a 净口 饕窨 霉翟 口翟翟兽 昌 口 皇 垒警蛊。害 士 们 卜 皇口a o 警d o i 翟西鳖 、” 啬鏊“”眷褥罄瑟譬露 整：爨。黪霎积辱置寄E - 醛丑恻掩S繇辑坦辩吲球删墨瓣巽cb捻枯匠恃锚函瑚避妙锹议世趟oo19；僻釜 议秘毯扑书鞋扑长黉f臣 翠涨 罨册心A15吣o高弛凇辩嘏1立啦西讲爿可尊窨丹潼谢器雠翱妞蝌砗藩嚣器吣噼氏簿 2 昌 _ C_ CNo 毛 一 n 呈 _C d L 一 一 o-_ C习Z习士o 舅葛5 5巴o 0ov no争金v摊磷悻睬粕憾群；su。!(警0d)椰嘣球糊情琳。JJ銮o审d)摊哺肇昧樾瞒懈；I，。蜊 Z o 凸 害 蟊 a璺 言 笤兽笤 o 昌 鲁口鲁 翟翌兽 叶器警 高盈置窘 星窖窖 昌d a鲁 詈詈置 Z 昌 翟窨警 鲁 笞矗 罄兽 口盘警篇翟蛊窨警窨 o o 蜀口 口答兽a昌翟蛊昌 Z 盛 a臀昌盎昌a翟霉口窨昌 ， a 盘窖 兽 a置昌笤 d警翟窘 卜
