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1、目的： 寻找promoter区域 预测Transcription factor binding site,举例： 预测人基因ANKH上游2000bp启动子区域中NF-kB的结合位点,寻找promoter区域,用NCBI：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/ 用UCSC：http:/www.genome.ucsc.edu/ 用Ensembl：http:/www.ensembl.org/index.html 用公司信息（只包含公司拥有promoter clones的信息）： ,寻找promoter区域,NCBI ttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
2、选择Gene, 输入ankh,点击search 选择第一项，人类Homo sapiens的ANKH Chromosome 5 location 14704909-14871887, complement(反义链)即-14871887 到 -14704909为基因范围 此例中选取-14873887 到-14871887 约2000bp核苷酸序列作为启动子区域,寻找promoter区域,图形显示,FASTA格式显示的核苷酸序列,输入序列可以查询染色体位置,ANKH gene在反义链上，所以用负数表示,可以查询具体核苷酸序列,点击Graphics-Tools-Sequece Text View,寻找
3、promoter区域,点击Go To Position, 输入-14873887，点击Prev Page找到具体位置 复制白底黑色区域即为promoter区域。,白底黑字为启动子区域,紫底黑字为基因区域,粉底黑字为编码区，ATG为启示密码子,寻找promoter区域,在前两张幻灯片中选择FASTA 在右边Change region shown输入14871887到14873887 Display options选择Show reverse complement 可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一个bp的差距，可以输入14871887到14873886 ）,寻找pr
4、omoter区域,http:/www.genome.ucsc.edu/ 选择genomes 在clade选择Mammal，genome选择Human，assmebly选择最新的数据库，gene中输入ANKH 点击Tables 在track中选择RefSeq Genes，在output format中选择sequence 点击get output。 选择genomic。,寻找promoter区域,选择Promoter/Upstream by 2000 bases Exons in upper case, everything else in lower case外显子大写，其他小写,寻找prom
5、oter区域,选择Promoter/Upstream by 2000 bases Exons in upper case, everything else in lower case外显子大写，其他小写,寻找promoter区域,小写字母为promoter区域,大写字母为基因区域，与NCBI结果相同,ATG为CDS区起始密码子,寻找promoter区域,http:/www.ensembl.org/index.html 选择human 输入 ankh 选择Gene，点击 GeneID ENSG00000154122 点击左边的Export data,寻找promoter区域,5 Flanking
6、 sequence 输入2000 Options for FASTA sequence中Genomic选5 Flanking sequence， deselect all 点击Next（不管正反此法都适用）,寻找promoter区域,得到2000 bases 的核苷酸序列,寻找promoter区域, 点击search product， 选择promoter clones，因为没有ANKH的信息，此处输入FIBRONECTIN 选择目的基因,寻找promoter区域,点击click here to view the promoter sequence 得到promoter信息,预测Transcr
7、iption factor binding site,用Jaspar 用PROMO http:/alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3 用TFSEARCH（据说用的是TRANSFAC很旧的数据库） http:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html 用商业数据库TRANSFAC（要付费） http:/www.gene-,预测Transcription factor binding site, 点击JASPAR CORE vetebrata 左边转录因子选择MA00
8、61.1 NF-kappaB，右边输入ANKH启动子区域，点击SCAN 结果得到5个 Transcription factor binding site， 其中Strand -1没有特殊意义，另外三个GGGAAATACC得分最高,预测Transcription factor binding site,http:/alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3 Step1 selectspecies选择human Step1 SelectFactors选择NF-kappaB T00590 Step2 SearchSites输入ANKH的promoter区域 结果中有一个位点TGGGAAATACCT，与JASPAR结果中得分最高的相同,预测Transcription factor binding site,http:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html Enter a label for the sequence: 输入基因名字ANKH Enter your DNA sequence 输入ANKH的promoter区域 点击submit 结果中有2个NF-kap位点，其中正义链GGGAAATACC，与JASPAR结果中得分最高的相同,
