Uniprot蛋白数据库1

1、PDB数据库,1.简介 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库PDB 蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Data Bank)。 PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织（Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB）负责。,2.数据来源 通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。 主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。,3.数据统计 截止2008年4月，PDB数据库已含有50277 个结构数据，其中约93%是蛋白质的结构。,Other 包括 proteins n。

2、PIR 蛋白质序列数据库,2,PIR的产生,PIR（Protein Information resouce,蛋白质数据库）的出现先于核酸数据库。在1960年左右，Dayhoff和其同事们搜集了当时所有已知的氨基酸序列，编著了蛋白质序列与结构图册。从这本图册中的数据，演化为后来的蛋白质信息资源数据库。,3,PIR的概念,PIR是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，其目的是支持基因组/蛋白质组研究。PIR与其他组织合作，共同构成了PIR-国际蛋白质序列数据库（PSD）一个主要的已预测的蛋白质数据库，包括250,000个蛋白。,4,帮助研究者鉴别和解释蛋白质序列信息，。

3、运用NCBI数据库查找目的蛋白序列或目的碱基序列第1种方法1.打开NCBI官网，并选择Gene菜单，如下图。2.在搜索栏内输入想要查找的蛋白名称或基因名称，此处以基因RSK2为例，如图。3.在搜索结果中查找目的蛋白，注意Description栏会标明物种信息，以human为例，Aliases栏会列出目的蛋白的各种别名。4.在Searchresult页面中点击你要找的蛋白名称（Name/Gene ID），进入页面并在页面找到“”“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”条目，并在其子条目中找到“mRNA and Protein(s)”，查找mRNA碱基序列点击NM，查找蛋白氨基酸序列点击NP，以下以。

4、运用NCBI数据库查找目的蛋白序列或目的碱基序列第1种方法1.打开NCBI官网，并选择Gene菜单，如下图。2.在搜索栏内输入想要查找的蛋白名称或基因名称，此处以基因RSK2为例，如图。3.在搜索结果中查找目的蛋白，注意Description栏会标明物种信息，以human为例，Aliases栏会列出目的蛋白的各种别名。4.在Searchresult页面中点击你要找的蛋白名称（Name/Gene ID），进入页面并在页面找到“”“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”条目，并在其子条目中找到“mRNA and Protein(s)”，查找mRNA碱基序列点击NM，查找蛋白氨基酸序列点击NP，以下以。

5、第一节、蛋白质数据库介绍 一、蛋白质一级数据库 1、 SWISS-PROT 数据库 SWISS-PROT和PIR是国际上二个主要的蛋白质序列数据库，目前这二个数据库在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像 (mirror) 站点。 SWISS-PROT数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，这些序列经过检验和注释。该数据库主要由日内瓦大学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作。

6、表1蛋白质相互作用分析相关数据库及网站网站资源类型网址DIP蛋白质相互作用http:/dip.doe-mbi.uda.eduINTERACT蛋白质相互作用http:/bioinf.man.ac.uk/interactpr.htmProNet蛋白质相互作用http:/pronet.doubletwist.com/MIPS蛋白质相互作用http:/www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/tables/interactoin/index.htmProteome蛋白质相互作用http:/www.proteome.comBind蛋白质相互作用http:/www.binddb.orgString基因共定位http:/www.bork.embl-heidelberg.de/string/CoGs种系发生谱http:/www.ncbi.n。

7、第7章 蛋白质序列数据库一、常用的蛋白质数据库 SWISS-PROT TrEMBL PIR-PSD UniPro 1 SWISS-PROT 由瑞士日内瓦大学医学生化系于1978年创建，后来与欧 洲分子生物学实验室合作，由瑞士生物信息学研究所（ Swiss Institute of Bioinformatics，SIB）和欧洲生物信 息学研究所（EBI）共同维护和管理。UniProtKB/Swiss-Prot protein knowledgebase release 55.1 statistics UniProtKB/TrEMBL PROTEIN DATABASE RELEASE 38.1 STATISTICS Search by citation a. a. 所有序列条目都经过有经验的分子生物学家和蛋白所有序列条目都经过有经验的分子。

8、第一节 蛋白质数据库介绍 一 蛋白质一级数据库 1 SWISS PROT 数据库 SWISS PROT和PIR是国际上二个主要的蛋白质序列数据库 目前这二个数据库在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像 mirror 站点 SWISS PROT数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列 这些序列经过检验和注释 该数据库主要由日瓦大学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所 EBI 合作维护 SW。

9、蛋白质数据库与蛋白序列分析摘要：生物信息学英文 bioinformatics，是一门综合计算机科学，信息技术，数学理论与方法来研究生物信息的新兴的交叉学科。包括各种生物学数据的采集、研究、存储、传递、显示、处理与模拟，基因遗传与物理图谱的处理，核苷酸与氨基酸序列分析，新基因的发现与蛋白质结构的预测等。蛋白质序列分析是生物信息学的基本研究方法。关键词：蛋白质序列分析 蛋白质数据库 SWISS-PROT PIR TrEMBL PDB数据库 HSSP 数据库 NRL-3D 数据库 SCOP 数据库 生物信息数据与查询 序列分析 质谱 隐马尔可夫模型正文：由于人类基因。

10、蛋白质数据库和蛋白序列分析摘要：生物信息学英文 bioinformatics，是一门综合计算机科学，信息技术，数学理论和方法来研究生物信息的新兴的交叉学科。包括各种生物学数据的采集、研究、存储、传递、显示、处理和模拟，基因遗传和物理图谱的处理，核苷酸和氨基酸序列分析，新基因的发现和蛋白质结构的预测等。蛋白质序列分析是生物信息学的基本研究方法。关键词：蛋白质序列分析 蛋白质数据库 SWISS-PROT PIR TrEMBL PDB数据库 HSSP 数据库 NRL-3D 数据库 SCOP 数据库 生物信息数据与查询 序列分析 质谱 隐马尔可夫模型正文：由于人类基因。

11、4.3 蛋白质结构数据库,目录,4.3.1 PDB数据库 4.3.2 MMDB数据库 4.3.3 SCOP数据库 4.3.4 DSSP数据库,引言,4.3.1 PDB数据库,1.简介 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库PDB 蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Data Bank)。 PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织（Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB）负责。,2.数据来源 通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。 主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。,3.。

12、3.1 蛋白质数据库及蛋白质序列分析生物信息学 2010-12-21 11:09:05 阅读 29 评论 0 字号：大中小 订阅 http:/hznusw.spaces.live.com/blog/cns!73F6908582B81E1B!456.entry3.1 蛋白质数据库及蛋白质序列分析第一节、蛋白质数据库介绍 一、蛋白质一级数据库 1、 SWISS-PROT 数据库 SWISS-PROT 和 PIR 是国际上二个主要的蛋白质序列数据库，目前这二个数据库在 EMBL 和 GenBank 数据库上均建立了镜像 (mirror) 站点。 SWISS-PROT 数据库包括了从 EMBL 翻译而来的蛋白质序列，这些序列经过检验和注释。该数据库主要由日内瓦大学医学生物化学。

13、4.3 蛋白质结构数据库,目录,4.3.1 PDB数据库 4.3.2 MMDB数据库 4.3.3 SCOP数据库 4.3.4 DSSP数据库,引言,4.3.1 PDB数据库,1.简介 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库PDB 蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Data Bank)。 PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织（Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB）负责。,2.数据来源 通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。 主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。,3.。

14、PDB数据库 1.简介 美国Brookhaven实验室1971年建立的大 分子结构数据库PDB 蛋白质晶体结构 资料数据库 (Protein Data Bank)。 PDB数据库的维护由结构生物信息学 研究合作组织（Research Collaboration for Stru。

15、第三讲 Uniprot蛋白数据库及其他蛋白质 分析工具 2013/03/19 Uniprot数据库 Uniprot（Universalproteinresource)是蛋白 质序列的联合数据库。 SIB:SwissInstituteofBioinformatics EBI:EuropeanBioinformaticsInstitute PIR:ProteinInformationResource 。

16、Uniprot蛋白数据库 之前 世界上最广泛使用的蛋白数据库为瑞士的SWISS PROT计划建立的数据库 NHGRI的项目主任PeterGood介绍说 但由于编辑详细蛋白结构数据库时间紧迫 再加上资金短缺 SWISS PROT无法跟上基因组学飞速前进的步伐 Good说 这种形势导致了TrEMBL的产生 这是计算机注释的SWISS PROT分支数据库 目的是暂时储存日益增多的蛋白质结构信息 另外 美。

17、Uniprot蛋白数据库,之前，世界上最广泛使用的蛋白数据库为瑞士的SWISS-PROT计划建立的数据库，NHGRI的项目主任Peter Good介绍说。但由于编辑详细蛋白结构数据库时间紧迫，再加上资金短缺，SWISS-PROT无法跟上基因组学飞速前进的步伐，Good说。这种形势导致了TrEMBL的产生，这是计算机注释的SWISS-PROT分支数据库，目的是暂时储存日益增多的蛋白质结构信息。另外，美国的蛋白信息资源（Protein Information Resource ，PIR)也独立编辑其自己的数据库。后来，这三个计划的领导人将展开合作，将三大数据库合并为一个。联合起来的力量将“减少。

18、Uniprot蛋白数据库,之前，世界上最广泛使用的蛋白数据库为瑞士的SWISS-PROT计划建立的数据库，NHGRI的项目主任Peter Good介绍说。但由于编辑详细蛋白结构数据库时间紧迫，再加上资金短缺，SWISS-PROT无法跟上基因组学飞速前进的步伐，Good说。这种形势导致了TrEMBL的产生，这是计算机注释的SWISS-PROT分支数据库，目的是暂时储存日益增多的蛋白质结构信息。另外，。

19、Uniprot蛋白数据库,之前，世界上最广泛使用的蛋白数据库为瑞士的SWISSPROT计划建立的数据库，NHGRI的项目主任Peter Good介绍说。但由于编辑详细蛋白结构数据库时间紧迫，再加上资金短缺，SWISSPROT无法跟上基因组学。

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