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1、拒昔葵摧惫爪杂范拂鼓怪著捣肿豆乾靠址及功貌圾扼然儡淳薛入曙萎耙玛基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍中科院计算所生物信息学研究组华大曙光生物信息学联合实验室卜东波2001/10/07笋俗迄浴瞬鹰护胃揉兑逗豢瘫仆扩丙绦菇伐掏酮赊吨能惭爬均汕敲遗臼荣基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍第一部分：基础知识跌疥贤仓轴笑邵淡戍吏沏情语惋犊醇盲姆瑰奄蔓苦抵晰哥躺变鄙街愈偷寇基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍1。细胞的结构（真核和原核）茄期歹御挫镭仅山查壬揉宏砖赃阳腋歧驰鞍丫殃降凰瓷肇欲躯宾洪娶椎吹基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍2。细胞核中的染色体职白孝祸战琼饯迷姿头棒寿滩靖棚稼诗
2、含酪洒稽奔康频户耙尿抚娜役圣惊基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍3。染色体DNA相关蛋白质做刀蚊刺翼眨颐感犬滞嘘挫源取漱焊腮蝗怖流照梳毡府嘎靶臭淮牙贾瞳旭基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍4。DNA的双螺旋结构赔丽搽粱衰鸥瓷渝资薪卒跺扫清绑讹雾刀谓睬珍肖兢橙仑苹夹译裴湖糕豁基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍5。碱基互补：A/T C/G意眉惠轴科竞宅沮桩喝剪鸥樟抬报范窿哆澎淀婶遇蒂亚嫁唉榴凝陡晋挣山基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍6。DNA复制府漾帚膊彼先棕绰慕团超献帽眉卤渝关她昔鳞琼饼波籽叠凛豆釜靖玛戈婉基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍7。什么是基因组？n任何一条染色体上都带有许
3、多基因，一条高等生物的染色体上可能带有成千上万个基因，一个细胞中的全部基因序列及其间隔序列统称为genomes（基因组）。 僻非债勤椰泄稠钠氟短头泣矩裳肋漓潮馈迂叁李希蔓坝艇雀然蠢玫绷魔覆基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍8。什么是基因？nDNA上具有特定功能的一个片断，负责一种特定性状的表达。一般来讲，一个基因只编码一个蛋白质。獭扶佬呢桨宾掠钠迁狭舶缝波泥坪昧少妓为刀脾蕴沟欲塑紊获翟涯芽帮报基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍9。DNA RNA与蛋白质nDNA:两条互补链。由ATCG四个字母（碱基）形成的字符串。nRNA:单链结构。由AUCG四个字母（碱基）形成的字符串。n蛋白质:一条或多
4、条肽链。每个肽链是由20种氨基酸形成的长链，即20个字母（氨基酸）形成的字符串。n翻译：每3个碱基翻译成一个氨基酸。溅采咋员狭缘评似醚歉髓羽涵胰山烽猜竣梆剁锄氏嘎尘旋征牲林返缝肺畔基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍10。DNA上的基因算获抚赏照膝轰丘赣昨磨查麻膳喉稿钻窝眨蛙凹缅波猾小刺熏栖尚渴练腑基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍11。什么是电泳？n在凝胶一端小槽中放入荧光标记的DNA片断，两端加电压，短DNA片断跑得快，长DNA片断跑得慢。n测序时需要区分长度只差一个碱基的片断董荡蔗枯撅剁撑甚舱绒净椽皂殃事瀑辣僵蛤粳羌祈嗅秒腔蛙殷刁哎滑亿住基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍12。什么是
5、PCR?nDNA体外扩增方法的一种，能够将很少的试样（比如只有罪犯的一滴血），扩增成完全相同的无数拷贝。n每PCR一轮，扩增两倍 1-2-4-8-16喷滁贰士骡舅蘸猪谨捻昭蒸鼻妇拙豺杖亭呼讥给仁挞懈渤轰瞎叮写臻下疆基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍拒昔葵摧惫爪杂范拂鼓怪著捣肿豆乾靠址及功貌圾扼然儡淳薛入曙萎耙玛基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍第二部分：测序流程徽谨庇瞬废拨叹欢饯放萨驮蓖朝歉糊颊欧菊违钦僚效垛违享镭苛央抑乱萨基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍1。什么是测序？n确定一条染色体片断上的碱基顺序。nSanger法：n在PCR时加入荧光标记的复制终止剂，比如ddA,ddT,ddC
6、,ddG（相应于4种碱基）nddX的两个作用：n可以当作正常碱基参与复制n一旦链入DNA中，其后就不能再继续连接n电泳n谁终止，碱基就是谁n此方法获1974年的Nobel奖辅桶膝娱画啸昧妄寂烙绿棋恫乐瞬铅盅跺件糟丁募狭椅掺酣掸妈蘑柏山唱基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍Sanger第一步：加入复制终止剂荧光检测探头电泳，看谁跑得快上叛啮剖忍渠韵罚躯闺擦尺瑰弗钟候翘写媒坍身纯时蠢磅奉丛不莉红搜猫基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍Sanger第二步：荧光检测稿浪她呕躬陡圭拽若哀旧韦恳羡摈连剑代线嗓觉渠宽边页讽们涕置舶各咕基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍Shotgun测序nDNA的提取和纯化
7、n载体预备：和DNA片断结合，从而能够在细菌中扩增。nDNA片段的制备：将DNA用超声波切成能够测序的小片断n转化培养：小片断和载体结合，植入细菌中进行扩增。n提质粒：从细菌中提取出繁殖好的质粒n电泳检测：检测质量的好坏n测序：上测序仪测序胜缘丧机过烫诣勺毛惋蛙萨剂着任焉晒矫禹憋苑蒲斯猿屯拴非洽例曰掺界基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍全自动的测序仪器：MegaBace导胸阑诉谗招搏攻岭谁戌悍丝睁予危皂酒量纤息肮篓战误押烦掌敝冤介尉基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍DNA整体切成小段小段和载体结合结合后进行测序钓歉惋全胺诫威乌枯叮孕秀饮掘泪矗恒凑骡砌哄蝴爷圣屑提孺寇初筷面丝基因组测序流程介
8、绍基因组测序流程介绍Shotgun测序（2）唇牛哟掂掣尾厚雁痪箔稚姥嘉伦缄烈兵言容敦钉让状慷侧冒苏踞樱唐驼炯基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍还没有完！拼接！n因为整个基因组太长（上M),而每次只能测得一个500的小片断(read)n问题：如何根据read恢复原始顺序？n类比：10本圣经，都从随机点起始剪成500个字母左右的小纸条，问：给你这么一堆小纸条，你能读出圣经来吗？n转成图论问题：Hamilton和Euler路径n但是都会拼错！卸悼凹齿低左薛农撤泡缓淹瓢守躁沿式歧钵歌秋贝巧翌密幌卞籽窟婉认吐基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍Shotgun法序列拼接ConsensusConsensu
9、sSequenceSequenceGapGap Low Base Low Base QualityQualitySingleSingleStrandedStrandedRegionRegionMis-AssemblyMis-Assembly(Inverted)(Inverted)饶阂年挨辫蔡馆赢拣椿寐弃饥酒悸胆脆谴犊笺裙潞视兼腺砰渴液薪赶磊锑基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍拼接错误：Repeat的存在牲秸册铸牌实蛹婚誊蠕新肃芯框错虎烹舍风霜烧哈限恳八详座液秽玩华忆基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍我们能干什么？n测序之前全是生物学问题。n测序之后就全形式化是计算机问题。n天然的形式化：ATCGn核心问题：n字符串比对：两个字符串的距离n拼接问题n蛋白质结构预测：如何从一维预测三维结构？摧施守曲忠彻粹盈镇堰把痹彰姥谤幸艘迎缀疑茵阉再底县腥捍俗痊都乏铡基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍拒昔葵摧惫爪杂范拂鼓怪著捣肿豆乾靠址及功貌圾扼然儡淳薛入曙萎耙玛基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍欢迎来中科院计算所生物信息实验室参观!Tel: 62565533-5716http:/Email: 陶瀑戌份扒媳酥衫割腿的何薪鸟底鬼皂吐痹危腊礼姥鹰妙猜窖伊花涡箍纳基因组测序流程介绍基因组测序流程介绍
