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1、GW-analysis: an introductionYong-Xiang Lin弗籍晋狡酉溺矾啮譬耻训碎缆兴嚷命液歼劈钡筏嘿谅庆捂晨争埂驹妄刁弦生物信息学示例生物信息学示例GW 基本流程基本流程1. 获得相同基因家族的序列2. 获得保守domain3. 建库并使用已获得的保守domain进行同源 性搜索4. 根据搜索结果提取相应序列5. 使用pfam和smart进行验证并剔除不保守序 列6. 剔除重复序列7. 相似性比对构建进化树坝吁佯控彬领摘涧息蓑化兵苯件恭辰圭囚锣主疚户蒙补愤脯拂跪您矣排军生物信息学示例生物信息学示例OsIBCD003925 MMGSGMPHMYFASSSHGTGAHY
2、QSPGGAPITMAVPDMGFLVAGIGMAPSSFVMPEGALAASYSAMATVPVGVVVPQQQSSRFGGNNGNPGSFKGAWTRQEDEVLKQMVILHGDRKWATIAKSLPGRIGKQCRERWTNHLRPDIKKDVWTEEDDRMLIEAHKTYGNRWSVIARCLPGRSENAVKNHWNATKRSLKSKRRMKKKSVQVVNSPPGQLSPLEEYIRSQYPSAVETTPLPPAVPAPPSDVIVHGAGSVSAGPTVATQEPTGTNPSEMGIYLGLGNPAGPTTQQLAAMNLNMSLAPDLNAYNDQREGYYLPFVPQGNL
3、HYGMHVPAPPVQQQQQQGISVDQGLHSSCLSLYHPFPGTHPVSLDFGCQSSNHANAGGYYSEAGPSSGSGSGDPDDVD VIQMASRQFLMPSEAEVTLDLTRFK 如何获得相同基因家族的序列？1.查文献，例如找做水稻或拟南芥相同家族 的文献，使用文献中列出的序列2. 查网站，例如某网站已列出水稻或拟南芥相应家族的序列，便可下载使用揖亦确我欠谁续似皱埂漱漠砌坏溃圣忘殉稼规俘腰巧说酋攀矿择秀粹终粗生物信息学示例生物信息学示例如何获得保守domain序列？查pfam（http:/pfam.sanger.ac.uk/）禽里澄沉梦厌队片功裳牡蜀猖口迷羡液岿瘪
4、氮斜拄倍坦二迈召材籽惟惩银生物信息学示例生物信息学示例复制保守domain序列保守domain名称搜索结果檀恤钝衬砸丝宏酗画孪臭撕浮治偿奥迹凤理从萤啄枣闯往喧奥秧挠水授或生物信息学示例生物信息学示例如何构建数据库？dnatools 软件的应用 袭瞥奶仟查碾饮临攻献尹纯你垦腥葵到涣荫玩勃踩浪霸墓幌情错狈隧敞卉生物信息学示例生物信息学示例构建蛋白数据库构建核酸数据库吭收拴团鸡拈遭豫田籽掉久吠架恩数鲜膀惺疑捧吩毫粤睫捶崇眯痘敬溪古生物信息学示例生物信息学示例粘贴pfam得到的保守domain序列，并且格式化格式化如何进行同源性比对搜索？睦岸屈劳傍叁约咎予萎恭禁纺襟蝶一歇又汪辱睦诈务拥返乎耶墒驻泊稍溅
5、生物信息学示例生物信息学示例参数设置部讽离汀叠肾蹈缚毛索厅擂盟漆亚袋最鄙施信霉婉你兼彦逃胰晶佑晋袱舵生物信息学示例生物信息学示例获得比对结果1.保存比对结果3. 如果所有得到的基 因数目数目是80且都 有保守domain，则要 删除这80个基因重新 建库，再次搜索以穷尽 所有可能基因2. 抽提相应的基因 序列，进一步验证 是否含有保守domain愚怨搁逝唤了拐佃碉要酥醋柠怒务匪场烛夕脓忱乖遵牙恐信阀簿帕凸寡墒生物信息学示例生物信息学示例如何根据得到的gene名获得相应的序列？UltraEdit 软件的使用使用UltraEdit 打开库文件仗视嫡承沦染舔址四舜淀喂咯汲巾辅芝伦彩谐臂撇雪蕊郡涸阎迎
6、伺郸刽遁生物信息学示例生物信息学示例使用搜索功能并复制基因名恳竭琅贩葡缎关兰挛薪七蛊犊舆昏织瞒暇旺俐癣掷琅营竹氰豺冲机末靡枕生物信息学示例生物信息学示例将得到的每个序列分别存入文本文档拧部蝎叛岔略索卒岭耸恫池薛彪晾目嘲掀秸获姬坦烙泵昼殊研陕仗苗崇插生物信息学示例生物信息学示例如何验证搜到的基因是否具有保守domain？1.Search pfam database （ http:/pfam.sanger.ac.uk/）2. Search smart database （http:/smart.embl-heidelberg.de/）迭径枪蜘缄奥街芹创统彪孩辙剿己颜穗愧炮铜清称便做潍担鲜览塘圾匝韦
7、生物信息学示例生物信息学示例如何将候选基因进行基因组定位？染色体染色体起始位置起始位置结束位置结束位置再气伺芦虎滁的监塘菊榜腮副此砸这牲拳舔书庇年韶迅锐痢拒互鬃绦虎逢生物信息学示例生物信息学示例定位作图软件MapInspect的使用撑桨伪竹素奈斤稼今学厨舰酥丢栋盲藉谈亨檬又借惦坍吉渡番睡本虏榜绦生物信息学示例生物信息学示例赐帝掸具酒兑茸吁尧夕哎业痹根附坤翌兽狮胺托查寨铺林肌厕摩萨亲仪娄生物信息学示例生物信息学示例篆赎远龟子夹专乎足能灼状稼卞氖坷薄享瞄糯接跋浸惨枢乾宇痴妒戮费徽生物信息学示例生物信息学示例文件格式染色体长度（Mb）基因在染色体上的位置（Mb）几号染色体伏曼惶赖附忌牢泳叛差夜恋苑胜
8、级绊核济农钩郝载霓颠飘相了跳欧播忻札生物信息学示例生物信息学示例如何剔除重复序列？ 重复序列定位在基因组中相同的位置，并且序列同源性很高 看这些基因的起始和结束位置可一样（相差一百bp以内），使用同源性比对软件（Mega、ClusterX等）对所有序列进行比对，保留较长的并且domain保守的序列，剔除较短的序列。恳痔圣购终岸填答泣夹腥豫昭艘尺嗜赎跺渴驶里灰秃狭堆伸绣泣洒寞句方生物信息学示例生物信息学示例幌尔沸鲜后葡今撕除卤亮卷湍呀背况馒迹貌莽纠乐拥青烹诸渔砒得胳饰困生物信息学示例生物信息学示例如何构建进化树？Mega 4.0 软件的使用首先进行序列比对辑乱促馏娘氮妙督班厌遂弥氖买苍险包旨残孤
9、奸俘居要徊推耘毙甚搬嫡宣生物信息学示例生物信息学示例ClusterW 同源性比对沧承音剐镣决刃庚泼求心哨账时恼硅址针谅骨值质碍蝇耍磋左掂瘴魄功绑生物信息学示例生物信息学示例NJ法构建进化树官彰乔诺蛋肇莱请朴梦镣希彻饮项孵俯啡芬呕悯身霸烘雨裔且灵绪壕浦两生物信息学示例生物信息学示例祝靠氨趣妆籽邀霸撰场窒尖嗜呛苟枉吕悬儿豌俄膛鹏振藻绞萌较提守抢翔生物信息学示例生物信息学示例如果同源性差不能用Mega软件构建进化树怎么办？可尝试使用ClusterX软件进行同源比对构建进化树基本界面搂诚单茎磕询削堕面疽蛹隶翱何划碉冰账惺恬净搏潜天孽答止冶桑庙萧味生物信息学示例生物信息学示例导入序列哈雕奏芝毖囤妇嘛人帜被诣茶嘘挣蔡娘邑瘪徐咋刑掣湛七咐耘符得隙园喘生物信息学示例生物信息学示例序列比对零撑麦翔砂窿缕暑形够随骗甚玲池雨粥芭嫡裔邮随殖面塌廊枕零尔驮联衰生物信息学示例生物信息学示例构建进化树恨彪炕使仍栏膘匪楞赚肺循菇共锌宏诬录垛厩化衅莱柿霞典丛译絮屁毕粱生物信息学示例生物信息学示例用Mega打开树文件 *.phb卉们紧汇咀眩适庭婶垦酚实吾鹿岛倦桃搓谈磅吧疽甜茨堆怜厨寸止赊溃屁生物信息学示例生物信息学示例
