《肿瘤家系研究--从遗传学到基因组学课件》由会员分享，可在线阅读，更多相关《肿瘤家系研究--从遗传学到基因组学课件（14页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、肿瘤家系研究-从遗传学到基因组学从遗传学到基因组学第一阶段 收集临床资料第二阶段 家庭病史的研究第三阶段 染色体组型和连锁分析第四阶段 DNA序列分析系谱完整的系谱应有三代以上有关患者及家庭的情况关键是不可遗漏，死亡者（包括婴儿死亡）须查清死因，是否近亲婚配、有无死胎、流产史，并记录在系谱中。 研究的对象本研究的对象为核心家系和患病同胞对，核心家系是指一对夫妻及其子女，其中夫妻双方1个为患者另1个为正常人(但可伴其他的非研究疾病)，同时子女中至少有1个患者和1个正常人；患病同胞对是指直系同胞中至少有2个患者及1个正常人 鼻烟癌分子遗传学研究 Genome-wide scan for famil
2、ialnasopharyngeal carcinoma reveals evidence of linkage to chromosome 4对32个讲广州方言的鼻烟癌高发家系，进行全基因组扫描和连锁分析、精细定位及单体性分析，将鼻烟癌的遗传易感区定位在4号染色体上，为易感基因的克隆提供了基础 微卫星位点DNADNA短串联重复序列短串联重复序列(short tandem repeats,STR)(short tandem repeats,STR)即即微卫星位点，是一种广泛存在于人类基因组，以微卫星位点，是一种广泛存在于人类基因组，以2 26 6个碱基为单位、串联重复排列的序列，多存在个碱基为单
3、位、串联重复排列的序列，多存在于非翻译区及内含子中，其中以于非翻译区及内含子中，其中以(CA)n(CA)n为最多见。为最多见。一般每个微卫星位点有十几个等位片段，具有高一般每个微卫星位点有十几个等位片段，具有高度的多态性，并以孟德尔共显性遗传，具有高度度的多态性，并以孟德尔共显性遗传，具有高度的杂合度的杂合度(heterozygosity,H)(heterozygosity,H)和多态信息量和多态信息量(polymorphism information content,PIC)(polymorphism information content,PIC)，能够作，能够作为一种遗传标记。为一种遗传
4、标记。通过通过PCRPCR方法，这些微卫星位点能够广泛运用于方法，这些微卫星位点能够广泛运用于精密遗传连锁作图，单基因、多基因遗传疾病的精密遗传连锁作图，单基因、多基因遗传疾病的相关基因定位相关基因定位家系连锁(family-based linkage)分析人类世代传递时，生殖细胞减数分裂人类世代传递时，生殖细胞减数分裂(meiosis)(meiosis)中父方中父方与母方的同源染色体可发生交换与母方的同源染色体可发生交换/ /重组重组(cross-(cross-over/recombination)over/recombination)。染色体上标记位点与疾病位点间发生重组的机率取染色体上标
5、记位点与疾病位点间发生重组的机率取决于两位点间的距离。决于两位点间的距离。距离越近那么在世代传递中重组机率越小，亦即染距离越近那么在世代传递中重组机率越小，亦即染色体上两个紧密毗邻的位点一起传递给某个子代的色体上两个紧密毗邻的位点一起传递给某个子代的机率高于两远隔的位点，此即连锁不平衡机率高于两远隔的位点，此即连锁不平衡(linkage (linkage disequilibrium)disequilibrium)。关联及连锁分析均依据此原理来发现与疾病呈连锁关联及连锁分析均依据此原理来发现与疾病呈连锁不平衡的多态标记，由此确认复杂病易感基因在染不平衡的多态标记，由此确认复杂病易感基因在染色体
6、上的位置色体上的位置 遗传标记物微卫星标记引物分别标有FAM、HEX、NED三种不同的荧光标记物，在激光扫描下分别显示蓝、绿和黄色，并依照其所扩增片段的大小及荧光标记的不同分成不同的组，每组5至14对引物，分别进行PCR扩增和凝胶电泳微卫星DNA扩增方法我们采用多重PCR方法扩增微卫星DNA，PCR反应体系总体积为5 l，包含50 ng人基因组DNA，10PCR缓冲液0.5 l，25 mmol/L MgCl2 0.6 l，10 mmol/L dNTP 0.1 l,10 mol/L引物0.025 l/对，5 U/l Taq酶0.05 l，1.1 g/l Taq StartTM抗体0.05 l，抗
7、体缓冲液10 mmol/L Tris-HCl(pH 7.0),50 mmol/L KCl, 50% glycerol0.2 l。PCR反应在96孔薄壁板中进行，PCR仪为Perkin-Elmer-Cetus 9600。基因扫描和基因分型在在0.5 l PCR0.5 l PCR反应产物中加入反应产物中加入1 l1 l变性缓冲液变性缓冲液( (甲酰胺甲酰胺70%70%，上样缓冲液，上样缓冲液15%15%，分子量标记，分子量标记15%)15%)，9494变性变性2 2分钟，立即放入冰浴，取分钟，立即放入冰浴，取0.6 l0.6 l上样上样液，在液，在ABI 377ABI 377测序仪上用测序仪上用6
8、%6%聚丙烯酰胺聚丙烯酰胺/7mol/L/7mol/L尿素电泳，电泳条件为电压尿素电泳，电泳条件为电压2500V2500V，电泳时间，电泳时间2.52.5小时。小时。含有荧光标记物的电泳条带经含有荧光标记物的电泳条带经ABI 377ABI 377测序仪激光测序仪激光扫描后将数据存入电脑，经扫描后将数据存入电脑，经GENESCAN 3.0GENESCAN 3.0软件软件处理后转换成图像文件，再通过处理后转换成图像文件，再通过GENOTYPER 2.1GENOTYPER 2.1软件分析后得到每个样本不同位点的基因型结果。软件分析后得到每个样本不同位点的基因型结果。连锁分析将每个样本不同位点的基因型
9、结果按其在染色体上的位置依次排列，并结合其表型做成数据文件，通过SUN工作站上的GENEHUNTER(Version 2)分析软件进行连锁分析。 结果Our findings provide evidence of a major susceptibility locus for NPC on chromosome 4 in a subset of families. 肝癌遗传学研究进展肝癌的遗传学背景的研究，正在国家重点实验室肝癌的遗传学背景的研究，正在国家重点实验室加紧进行加紧进行有关专家开始在高发地区收集有关家系血液样品，有关专家开始在高发地区收集有关家系血液样品，了解肿瘤的遗传背景、寻
10、找包括当地长期的饮食了解肿瘤的遗传背景、寻找包括当地长期的饮食和生活适应及水土等相关环境因素，取得了阶段和生活适应及水土等相关环境因素，取得了阶段性成果性成果 全基因组扫描、遗传连锁分析等工作差不多全面展全基因组扫描、遗传连锁分析等工作差不多全面展开，目标是定位那个肿瘤的遗传性易感基因开，目标是定位那个肿瘤的遗传性易感基因 总结一一. .疾病基因与遗传标记进行连锁分析以诊断疾病，疾病基因与遗传标记进行连锁分析以诊断疾病，然而要认识这种关系就需要：然而要认识这种关系就需要：有足够数量家系来确定这种连锁；有足够数量家系来确定这种连锁；有适当可提供信息的有适当可提供信息的DNADNA标记。标记。二二. .尤其是稀少的疾病，患者在年幼时死亡。这时尤其是稀少的疾病，患者在年幼时死亡。这时采取两种方法采取两种方法(1)(1)是少数的大家系，并从此家系成员中获得是少数的大家系，并从此家系成员中获得DNADNA信信息，其优点是所有患者基本上一个遗传病，并由息，其优点是所有患者基本上一个遗传病，并由单一基因突变引起；单一基因突变引起；(2)(2)是收集大量的小家系。是收集大量的小家系。
