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1、微生物学第十章第十章 微生物的微生物的分类和鉴定分类和鉴定微生物横跨整个生物界的四个界，微生物横跨整个生物界的四个界，有十几万个种。有十几万个种。 所谓分类，是指对大量的微生物进展逐一的察所谓分类，是指对大量的微生物进展逐一的察看、分析与描画的根底上，按照它们的个体形状、看、分析与描画的根底上，按照它们的个体形状、培育特征、生理生化特性和细胞化学组份等一系列培育特征、生理生化特性和细胞化学组份等一系列性状的异同和主次，并根据它们的亲缘关系和运用性状的异同和主次，并根据它们的亲缘关系和运用的方便，加以分门别类。的方便，加以分门别类。 所谓鉴定，是对某一详细的微生物的性状进展所谓鉴定，是对某一详细
2、的微生物的性状进展细致的察看和测试，参照一定的，用对比的方法来细致的察看和测试，参照一定的，用对比的方法来确定该微生物的分类位置。确定该微生物的分类位置。第一节第一节 通用分类单元通用分类单元 一、分类单元一、分类单元界界门纲目目科科属属种种二、种二、种speciesspecies 微生物的种微生物的种speciesspecies，又译物种是一个，又译物种是一个根本分类单元，它是一大群表型特征高度类似、根本分类单元，它是一大群表型特征高度类似、亲缘关系极其接近、与同属内的其他物种有着明亲缘关系极其接近、与同属内的其他物种有着明显差别的一大群菌株的总称。显差别的一大群菌株的总称。三、种以下的分类
3、单元三、种以下的分类单元亚种亚种subspeciessubspecies，subsp.subsp.，ssp.ssp.变种变种varietyvariety，var.var.型型formform类群类群groupgroup菌株菌株strainstrain小种小种racerace相相phasephase态态statestate一亚种一亚种subspeciessubspecies，subsp.subsp.，ssp.ssp. 是种的进一步细分单元，普通指其某一明显是种的进一步细分单元，普通指其某一明显而稳定的特征与方式种不同的种。而稳定的特征与方式种不同的种。二变种二变种varietyvariety，v
4、ar.var. 变种是亚种的同义词，因易引起混乱，故变种是亚种的同义词，因易引起混乱，故 19751975已规定它在命名已规定它在命名法中没有位置，且不主张运用。法中没有位置，且不主张运用。 在在亚种以下的种以下的“型型formform曾用于表示曾用于表示细菌菌株，但目前已菌菌株，但目前已废除。目前尚在运用的是以除。目前尚在运用的是以“型作后型作后缀运用，例如生物运用，例如生物变异型异型biovarbiovar、化学型化学型chemoformchemoform等。等。三型三型formform 是一个在分类上没有位置的普通名词，它可是一个在分类上没有位置的普通名词，它可非正式地指定一组具有某些共
5、同性状的生物。非正式地指定一组具有某些共同性状的生物。四类群四类群groupgroup 菌株又称品系在病毒中那么称毒株或株，菌株又称品系在病毒中那么称毒株或株，表示任何由一个独立分别的单细胞或单个病毒表示任何由一个独立分别的单细胞或单个病毒粒子繁衍而成的纯种群体及其一切后代。粒子繁衍而成的纯种群体及其一切后代。五菌株五菌株strainstrain 又称种类、宗或消费小系等，它的涵义很乱，又称种类、宗或消费小系等，它的涵义很乱，在真菌学中常相当于生理型，在动物学中常指生态在真菌学中常相当于生理型，在动物学中常指生态型，而在发酵工业中，那么常指自消费中选育出来型，而在发酵工业中，那么常指自消费中选
6、育出来的自发突变菌株。的自发突变菌株。六小种六小种racerace普通指自然存在的微生物交互变异中的一定阶段。普通指自然存在的微生物交互变异中的一定阶段。七相七相phasephase 通常指微生物的菌落变异形状，如粗糙、光通常指微生物的菌落变异形状，如粗糙、光滑或粘液状等。滑或粘液状等。八态八态statestate第二节第二节 微生物的命名微生物的命名 每一种微生物都有一个本人的名字，每一种微生物都有一个本人的名字，名字有俗名名字有俗名common name和学名和学名scientific name两种。两种。俗名俗名common namecommon name 指普通的、通俗的、地域性的名字
7、，具有指普通的、通俗的、地域性的名字，具有简明和群众化的明和群众化的优点，但往往涵点，但往往涵义不不够确切，确切，易于反复，运用范易于反复，运用范围局限。局限。俗名俗名学名学名结核杆菌结核杆菌结核分枝杆菌结核分枝杆菌Mycobacterium tuberculosisMycobacterium tuberculosis绿脓杆菌绿脓杆菌铜绿假单胞菌铜绿假单胞菌Pseudomonas aeruginosaPseudomonas aeruginosa金葡菌金葡菌金黄色葡萄球菌金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureusStaphylococcus aureus红色面包霉红色面包霉粗糙脉孢
8、菌粗糙脉孢菌Neurospora crassaNeurospora crassa白念菌白念菌白色假丝酵母白色假丝酵母CandidaalbicansCandidaalbicans学名学名scientific namescientific name 指一个菌种的科学称号，它是按照指一个菌种的科学称号，它是按照 命名的、国命名的、国际学学术界公界公认并通用的并通用的正式名字。正式名字。 一、双名法一、双名法binominal binominal nomenclaturenomenclature 双名法指一个物种的学名由前面一个属名双名法指一个物种的学名由前面一个属名generic name和后面一个
9、种名加和后面一个种名加词specific epithet两部分两部分组成。成。属名的词首须大写，属名的词首须大写，种名加词的字首须小写包括由人名或地名等种名加词的字首须小写包括由人名或地名等公用名词衍生的。公用名词衍生的。假假设所分所分别的菌株只的菌株只鉴定到属，而未定到属，而未鉴定到种，可用定到种，可用sp来表示。来表示。例如，例如，Bacillus sp例例1 1：大：大肠埃希氏菌埃希氏菌简称大称大肠杆菌杆菌Escherichia coliEscherichia coliMigulaMigulaCastellani et Chalmers Castellani et Chalmers 19
10、191919例例2 2：枯草芽：枯草芽孢杆杆简称枯草杆菌称枯草杆菌Bacillus subtilisBacillus subtilisEhrenbergEhrenbergCohn 1872Cohn 1872例例1 1：苏云金芽云金芽孢杆菌蜡螟杆菌蜡螟亚种种Bacillus thuringiensis Bacillus thuringiensis subspsubspgalleriagalleria例例2 2：椭圆酿酒酵母或酒酵母或酿酒酵母酒酵母椭圆变种种Saccharomyces cerevisiae Saccharomyces cerevisiae varvarellipsoideusell
11、ipsoideus由于由于细菌分菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的一致元的划分缺乏一个易于操作的一致规范，范，为了减少因采用不同了减少因采用不同规范界定分范界定分类单元所呵斥的混乱，元所呵斥的混乱，细菌系菌系统分分类也像其他生物分也像其他生物分类一一样采用采用“方式概念方式概念种和种和亚种指定方式菌株种指定方式菌株type strain；亚属和属指定方式种属和属指定方式种type species；属以上至目属以上至目级分分类单元指定方式属元指定方式属type genus；方式菌株方式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。考和索取。第三节第三节 各大类微生物各大
12、类微生物的分类系统纲要的分类系统纲要一、细菌的分类一、细菌的分类 1. 1. 细菌分类的根据细菌分类的根据1形状特征形状特征在在显微微镜下察看的个体形状特征下察看的个体形状特征在各种培育基上表在各种培育基上表现的的群体形状特征的的群体形状特征2生理生化特性生理生化特性3生态特征生态特征4血清学反响血清学反响美国美国宾夕法尼夕法尼亚大学的大学的细菌学教授伯杰菌学教授伯杰D.Bergey，1860-19372.Bergeys Manual of Determinative Bacteriology 1957年第七版后，由于越来越广泛地吸收了国年第七版后，由于越来越广泛地吸收了国际上上细菌分菌分类学
13、家参与学家参与编写如写如1974年第八版，撰稿人年第八版，撰稿人多达多达130多位，涉及多位，涉及15个国家；个国家；现行版本撰稿人多达行版本撰稿人多达300多人，涉及近多人，涉及近20个国家，所以它的近代版本反映个国家，所以它的近代版本反映了出版年代了出版年代细菌分菌分类学的最新成果，因此逐学的最新成果，因此逐渐确立了确立了在国在国际上上对细菌菌进展全面分展全面分类的的权威位置。威位置。Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 伯杰氏手册是目前进展细菌分类、鉴定的最重要伯杰氏手册是目前进展细菌分类、鉴定的最重要根据，其特点是描画非常详细，包括对细菌各
14、个属种根据，其特点是描画非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进展鉴定所需做的实验的详细方法。的特征及进展鉴定所需做的实验的详细方法。20世纪世纪80年代末期年代末期新版手册分新版手册分4 4卷：卷：第一卷：第一卷：普通医学和工业方面重要的革兰氏阴性细普通医学和工业方面重要的革兰氏阴性细菌。菌。第二卷：第二卷：放线菌以外的革兰氏阳性细菌。放线菌以外的革兰氏阳性细菌。第三卷：第三卷：古细菌、蓝细菌及其他革兰氏阴性细菌。古细菌、蓝细菌及其他革兰氏阴性细菌。第四卷：第四卷：放线菌。放线菌。Bergeys Manual of Systematic Bacteriology第八版有中文版，把第八版有中文版
15、，把细菌分十九个部分。菌分十九个部分。二、霉菌的分类二、霉菌的分类 1. 1. 霉菌的分类原那么霉菌的分类原那么丝状真菌划分各状真菌划分各级分分类单位的根本原那么：位的根本原那么：以形状特征以形状特征为主，主，生理生化、生理生化、细胞化学和生胞化学和生态特征特征为辅。2. 2. 真菌的分类系统真菌的分类系统1950年年Martin的的4纲分类系统纲分类系统1973年年Ainsworth的分类系统的分类系统 Martin是根据真菌营养体的形状特征和繁衍方式的是根据真菌营养体的形状特征和繁衍方式的不同将之分为不同将之分为4个纲。个纲。藻状菌纲：菌丝体无分隔，或者不构成真正的菌丝体。藻状菌纲：菌丝体
16、无分隔，或者不构成真正的菌丝体。子囊菌纲：菌丝体有分隔，有性阶段构成子囊孢子。子囊菌纲：菌丝体有分隔，有性阶段构成子囊孢子。担子菌纲：菌丝体有分隔，有性阶段构成担孢子。担子菌纲：菌丝体有分隔，有性阶段构成担孢子。半知菌纲：菌丝体有分隔，未发现有性阶段。半知菌纲：菌丝体有分隔，未发现有性阶段。 Ainsworth从从1966年起，就把真菌界分为两大门年起，就把真菌界分为两大门粘菌门和真菌门，并把真菌门再分成五个亚门。粘菌门和真菌门，并把真菌门再分成五个亚门。目前，该系统已为各国宽广真菌分类学者所普遍采目前，该系统已为各国宽广真菌分类学者所普遍采用，影响较大。用，影响较大。三、酵母菌的分类三、酵母
17、菌的分类 酵母菌的分酵母菌的分类普遍采用荷普遍采用荷兰的的LoddovLoddov在在19701970年提出的分年提出的分类系系统。 在这个分类系统中，以能否构成各类有性孢子在这个分类系统中，以能否构成各类有性孢子作为分类的起点，作为分类的起点，属以上的分类主要根据形状；属以上的分类主要根据形状；种的划分主要根据生理特性。种的划分主要根据生理特性。在这个系统中有三个亚门在这个系统中有三个亚门属以上的分类主要根据形状；属以上的分类主要根据形状；种的划分主要根据生理特性。种的划分主要根据生理特性。能构成子囊孢子的酵母属于子囊菌亚门，共有能构成子囊孢子的酵母属于子囊菌亚门，共有4个科个科22个个属种
18、酵母；属种酵母；能产生冬孢子和担孢子的酵母菌，属于担子菌亚门、冬能产生冬孢子和担孢子的酵母菌，属于担子菌亚门、冬孢菌纲、黑粉菌目、黑粉菌科，共孢菌纲、黑粉菌目、黑粉菌科，共9个科；个科；能产生掷孢子的酵母菌，属于担子菌亚门、冬孢子纲、能产生掷孢子的酵母菌，属于担子菌亚门、冬孢子纲、掷孢酵母科，科内有掷孢酵母科，科内有3个属；个属；不能产生有性孢子，上未发现有性过程的酵母属于半知不能产生有性孢子，上未发现有性过程的酵母属于半知菌亚门，共菌亚门，共12个属个属170个种。个种。许多重要的有经济意义的酵母菌都在这个亚门中。许多重要的有经济意义的酵母菌都在这个亚门中。第四节第四节 微生物的分类和鉴定微
19、生物的分类和鉴定 微生物分类学是已们按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群的科学。一微生物分类学的义务是： 分类、鉴定和命名二微生物的分类鉴定方法二微生物的分类鉴定方法 微微生生物物的的分分类类鉴鉴定定是是微微生生物物学学中中的的根根底底性性任任务务。不论对象属于哪一类，其任务步骤离不开以下三步：不论对象属于哪一类，其任务步骤离不开以下三步：获得该微生物的纯种培育物获得该微生物的纯种培育物pure culture)pure culture)； 测定一系列必要的鉴定目的；测定一系列必要的鉴定目的； 查找权威性鉴定手册。查找权威性鉴定手册。经典的分类鉴定方法经典的分类鉴定方法
20、现代的分类鉴定方法现代的分类鉴定方法 经典分类鉴定方法：经典分类鉴定方法： 微微生生物物分分类类是是在在对对大大量量单单个个微微生生物物进进展展察察看看、分分析析和和描描画画的的根根底底上上，以以它它们们的的形形状状、构构造造、生生理理生生化化反反响响和和遗遗传传性性等等特特征征的的异异同同为为根根据据，并并根根据据生生物物进进化化的的规规律律和和运运用用方方便便，将将微微生生物物分分门门别别类类地地陈陈列列成成一一个个系系统统。因因此此，对对分分类类根根据据的的研研讨讨和和讨讨论论极极其其重重要要。传传统统的的分分类类方方法法的的分分类类根根据据主主要要有有以以下下几几个个方方面面：形形状状
21、、生生理理、生生化化、生生态态、生生活活史史、血血清清学学、 对噬菌体敏感性等。对噬菌体敏感性等。 1 形状特征形状特征菌体形状特征包括个体特征和群体特征。菌体形状特征包括个体特征和群体特征。个个体体特特征征包包括括在在显显微微镜镜下下的的细细胞胞大大小小、外外形形、陈陈列列方方式式、能能否否运运动动、鞭鞭毛毛着着生生部部位位和和数数目目、有有无无芽芽孢孢及及其其着着生生部部位位和和外外形形、有有无无荚荚膜膜，放放线线菌菌和和真真菌菌繁繁衍衍器器官官的的外外形形、构构造造、孢孢子子数数目目、外外形形、大大小小、颜颜色色和和外外表特征等。表特征等。 2) 2) 生理和生化特征生理和生化特征a)a
22、)营营养来源养来源 b) b) 代代谢产谢产物物c) c) 与温度和氧气的关系与温度和氧气的关系 3)血清学反响血清学反响 有有时时确确定定微微生生物物的的种种，尤尤其其是是亚亚种种，仅仅根根据据形形状状、生生理理生生化化等等特特征征很很难难区区分分开开，因因此此，常常需需借借助助血血清清学学反反响响。就就是是将将知知菌菌种种、型型或或菌菌株株制制成成抗抗血血清清，根根据据它它能能否否与与待待鉴鉴定定对对象象发发生生特特异异性性血血清清反反响响鉴鉴别别未未知知菌菌。此此反反响响也也用用于于病病毒分类，尤其是噬菌体分类。毒分类，尤其是噬菌体分类。4生态特性生态特性 微微生生物物与与其其它它生生物
23、物的的寄寄生生或或共共生生等等关关系系往往往往有有一一定定专专注注性性，经经常常也也作作为为分分类类的的根根据据。如如根根瘤瘤菌菌属属的的分分类类主主要要以以其其共共生生对对象象作作根根据据。细细菌菌的的致致病病性性在在分分类类上上也也有有一一定定的的重重要要性性。另另外外，微微生生物物在在自自然然界界的的分分布布，能能否否耐耐高高渗渗、能能否否嗜嗜盐盐性性等等，有有时时也也作作为为分类的参考根据。分类的参考根据。5 生活史生活史life cycle 上上代代个个体体经经一一系系列列生生长长、发发育育阶阶段段而而产产生生下下一一代代个个体体的的全全部部阅阅历历，就就称称为为该该生生物物的的生生
24、活活史史或或生生命命周周期期。微微生生物物个个体体发发育育的的阶阶段段变变化化也也是分类鉴别的重要根据。是分类鉴别的重要根据。6 对噬菌体的敏感性对噬菌体的敏感性 与与血血清清反反响响类类似似，各各噬噬菌菌体体有有严严厉厉的的寄寄生生范范围围，所所以以根根据据菌菌体体对对噬噬菌菌体体的的敏敏感感性性，可可以以区分不同类型的微生物。区分不同类型的微生物。二微生物的微型、简便、快速或自动化鉴定技术二微生物的微型、简便、快速或自动化鉴定技术 1.API 1.API细菌数值鉴定系统细菌数值鉴定系统菌种菌种根本培育基根本培育基液体液体 菌悬液菌悬液检测、编码、查表、鉴定检测、编码、查表、鉴定适用于适用于
25、APIAPI鉴定细鉴定细菌有菌有700700多种多种2、Enterotube 系统系统 不同培育基分装不同小槽中，同不同培育基分装不同小槽中，同步接种，培育后检测、查表、鉴定。步接种，培育后检测、查表、鉴定。3 3、BiologBiolog全自动或手动细菌鉴定系统全自动或手动细菌鉴定系统 在在96孔的细菌培育板上检测微生物对孔的细菌培育板上检测微生物对不同发酵性碳源利用情况进展的分类鉴定。不同发酵性碳源利用情况进展的分类鉴定。自动化、快速自动化、快速 可鉴定细菌有可鉴定细菌有11401140多多种、酵母菌种、酵母菌267267种、目前曾种、目前曾经可用于丝状真菌。经可用于丝状真菌。每个孔中含有
26、每个孔中含有不同的底物不同的底物菌悬液或菌悬液或无菌水无菌水2 现代微生物分类方法现代微生物分类方法 随随着着分分子子生生物物学学的的开开展展，许许多多新新技技术术、新新方方法法用用于于微微生生物物的的分分类类，这这些些方方法法不不再再局局限限于于外外部部形形状状、生生理理生生化化反反响响，而而是是深深化化研研讨讨细细胞胞内内部部，如如核核酸酸、蛋蛋白白质质、脂脂肪肪和和糖糖类类。触触及及生生物物的的化化学学本本质质问问题题。但但是是其其手手续续繁繁杂杂，代代价价高高昂昂，在在发发现现规规律律性性方方面面还还有有待待于于进进一一步步研研讨讨。目目前前还还不不能能在在微微生生物物分分类类中中普普
27、遍遍运运用用。现现代代分分类类法法的的分类根据主要有以下几方面。分类根据主要有以下几方面。 1 1 经过经过核酸分析核酸分析鉴鉴定的微生物定的微生物遗传遗传型：型： 1 1 DNADNA碱基比例的碱基比例的测测定：定： DNADNA是是遗遗传传物物质质的的携携带带者者，它它决决议议生生物物的的表表型型。遗遗传传信信息息在在DNADNA中中的的存存在在方方式式表表现现为为DNADNA的的碱碱基基数数目目及及其其陈陈列列顺顺序序。亲亲缘缘关关系系越越远远的的种种，其其碱碱基基数数目目和和陈陈列列顺顺序序相相差差越越大大。所所以以确确定定了了碱碱基基的的数数目目和和序序列列即可确定即可确定“种。种。
28、 同种生物的同种生物的DNA碱基对的顺序和数量，在碱基对的顺序和数量，在细胞中比例是稳定的，不受年龄和外界影细胞中比例是稳定的，不受年龄和外界影响，所以经过测定响，所以经过测定DNA的碱基比例的碱基比例G+C的百分比值，可以判别微生物种属间的的百分比值，可以判别微生物种属间的亲缘关系的远近。各类微生物的亲缘关系的远近。各类微生物的G+C比值比值变化幅度为变化幅度为2775克分子克分子%。任何两种微生。任何两种微生物的物的G+C含量相差含量相差10%以上，这两种微生以上，这两种微生物就一定不属于同一个种。物就一定不属于同一个种。 一些微生物的一些微生物的G+C含量含量菌种菌种 G-C含量含量mo
29、l%细菌细菌大肠杆菌大肠杆菌 5052伤寒沙门氏杆菌伤寒沙门氏杆菌 5053短乳杆菌短乳杆菌 45.5铜绿假单胞菌铜绿假单胞菌 6467放线菌放线菌灰色链霉菌灰色链霉菌 69.573丙酸放线菌丙酸放线菌 66.5星状诺卡氏菌星状诺卡氏菌 6469.5霉菌霉菌米曲霉米曲霉 52.5产黄青霉产黄青霉 5154.5大毛霉大毛霉 29.5二孢蘑菇二孢蘑菇 44 *DNA 碱基中G+C比例：同种微生物，其种内各菌株间的G+Cmol%值可差2.54.0%，相差过少低于2%无分类学上的意义；假设相差在5%以上，可以为是不同的种，相差超越10%应属于不同的属。G+C%=Tm-69.3)2.44 Tm：在DNA
30、加热变性过程中，紫外吸收添加的中点值对应的温度。 2 2 DNA DNA杂交实验杂交实验 将将不不同同来来源源的的DNADNA在在体体外外加加热热解解链链，并并在在适适宜宜条条件件下下，使使互互补补的的碱碱基基配配对对结结合合成成双双链链DNADNA，然然后后根据能生成双链的情况，测定杂合百分率。根据能生成双链的情况，测定杂合百分率。 核核酸酸分分子子杂杂交交同同源源性性60%60%，属属于于同同种种；同同源源性性70%70%，属属于于同同一一亚亚种种；同同源源性性在在20%60%20%60%范范围围内时，属于同一个属。内时，属于同一个属。3 rRNA寡核苷酸顺序寡核苷酸顺序 rRNA核苷酸序
31、列的变化要比核苷酸序列的变化要比DNA的相应变的相应变化慢而且保守得多。化慢而且保守得多。 16SrRNA和和18rRNA不但核苷酸数量适中，而且信息量大，易不但核苷酸数量适中，而且信息量大，易于分析。于分析。 缔合系数缔合系数SAB=2NAB/NA+NB4微生物全基因组序列的测定微生物全基因组序列的测定2 2细胞化学成分的鉴定细胞化学成分的鉴定1 1细胞壁成分分析细胞壁成分分析2 2全细胞水解糖型全细胞水解糖型3 3磷酸类脂成分分析磷酸类脂成分分析4 4枝菌酸的分析枝菌酸的分析5 5醌类的分析醌类的分析6 6气相色谱技术的运用气相色谱技术的运用3 3数值分类法：数值分类法：数数值值分分类类法
32、法Numerical Numerical taxonomy)taxonomy)，又又称称统统计计分分类类法法TaxonometricsTaxonometrics。是是根根据据与与林林奈奈同同代代人人M.Adanson(17271806,M.Adanson(17271806,法法国国植植物物学学家家200200年年前前发发表表的的分分类类原原理理根根底底上上借借助助现现代代的的计计算算机机技技术术而而开展起来的。开展起来的。它与它与传统分分类法的区法的区别主要是：主要是：a) a) 传统法采用的分法采用的分类特征有主次之分，而数特征有主次之分，而数值法法根据根据“等重要原那么，不分主次，等重要原
33、那么，不分主次，经过计算菌株算菌株间的的总类似似值来分群来分群归类；b) b) 传统法根据少数几个特征，采用双岐法整理法根据少数几个特征，采用双岐法整理实验结果，果，陈列出一个个分列出一个个分类群，而数群，而数值法采用的法采用的特征特征较多，普通是多，普通是50605060个，多的那么到达个，多的那么到达100100个个特征以上，特征以上，进展菌株展菌株间两两比两两比较，数据，数据处置量置量较大，需借助于大，需借助于计算机才干算机才干实现。 该方法的根本步方法的根本步骤是：是：a)a)搜集搜集5050个以上，甚至几百个数据。个以上，甚至几百个数据。b)b)按按如如下下公公式式分分别计算算简单匹
34、匹配配类似似系系数数Ssm Ssm 和和JaccardJaccard类似系数似系数SJ SJ ： Ssm = Ssm = a+ d a+ d/ /a+b+c+da+b+c+d Sj = a/ Sj = a/a+b+ca+b+c a a为两菌株均呈正反响的性状数两菌株均呈正反响的性状数 b b为菌株甲呈正反响而菌株乙呈菌株甲呈正反响而菌株乙呈负反响的性状数反响的性状数 c c 为菌株甲呈菌株甲呈负反响而菌株乙呈正反响的性状数反响而菌株乙呈正反响的性状数 d d为两者均呈两者均呈负反响的性状数。反响的性状数。c) c) 出类似度矩阵出类似度矩阵similarity metrices)similarity metrices)d) d) 将矩阵图转换成树状谱将矩阵图转换成树状谱dendrogramdendrogram 矩矩阵阵图图转转换换成成树树状状谱谱后后，为为根根据据数数值值关系判别分类关系提供了更直观的资料。关系判别分类关系提供了更直观的资料。 10 10个菌株间类似度矩阵个菌株间类似度矩阵 10 10个菌株间类似关系的树状谱个菌株间类似关系的树状谱
