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1、四、超级结构和化学反应式四、超级结构和化学反应式如何画更为复杂的结构，具体内容如下: n n如何利用2D优化画氨基酸;n n如何用 3D 3D 优化画2,2,2环己烷,三将军结构(triptycene),正六面体结构;n n如何画化学反应式.1.利用利用2D优化画环形的氨基酸优化画环形的氨基酸例111.由模板窗口(Template Windows) 选择氨基酸(Amino Acids) 。2.在氨基酸系列中，选择酪氨酸(Tyrosine)，点击工作区复制结构。3.由化学基团表(Table of Radicals) 中选择丙氨酸(Alanine) 和色氨酸(Tryptophan) ，点击指定的原
2、子，连接上相应的功能团。注意：在固定基团前，可通过按TAB键翻转原子团。4.如下图所示从NH2拖动鼠标至OH功能团。5.点击清理键 ，并 或把羟基双键旋转为垂直，得到所需结构。 2.利用利用3D 优化例12 创建双创建双2，2，2环己烷结构环己烷结构1.从选择菜单 Options/Preferences ,在Structure标签标签下，下，去掉 Add Hydrogens前面的对号, 点击 OK。2.由化学基团表 中选取环己烷结构(Cyclohexane) ，点击工作区，得到环己烷结构。4.点击正常画图工具(Draw Normal) ，通过拖动画出如下的碳氢桥：5. 点击3D优化键(3D-o
3、ptimize) ，得到优化后的3D模型。注意：如果工作区中有多个结构，先利用选择工具选取将进行3D优化的结构(可以利用选择/移动、选择/移动/调整、3D旋转工具、套索工具）6. 如果Options/Preferences/Structure/ Switch to 3D Rotation mode 被选中, 3D优化后将自动转为3D 旋转状态。如果Switch to 3D Rotation mode 没有被选中,点击3D旋转键 后,将游标放置在结构式的任何原子或者化学键上,拖动鼠标旋转结构直到得到所需结构。注意: 1.从Options / Preferences, 在Structure标签下，
4、可以选择背景键断开或者连接,如果在Bonds Intersections中的 Enable被选中, 则背景键断开,否则,背景键连接。 2.改变交叉键的位置：选择要改变的键，Tools /Bring Bond to Front或Send Bond to Back . 也可以通过激活Change Position 键后,单击即将改变位置的化学键,同时按住SHIFT 键将后面的键移到前面来。例13.创建三将军结构创建三将军结构1. 按照上例先画出2.由原子基团表中选择苯环,将光标放在a、 b和c键上分别点击，连接上苯环。得到如下结构 ： 3.如果工作区中有多个结构，先选择进行3D优化的结构，点击3D
5、优化键进行优化，并进行3D旋转。4.使用改变位置键 改变双键的位置，即可得到所需结构。例14 画如下结构1.由基团表中选择环丁烷，在工作区点击两次，生成上下两个正方形。2.选择正常画图模式，通过从一个原子到另一个原子拖动鼠标，连接环丁烷分子的角。3.选中上述结构，点击3D优化键，得到所要的3D模型。4.进行3D旋转，将鼠标放置在任意原子或键上，在工作区拖动鼠标旋转结构，得到所需要的结构。（注意交叉键为不断开，要创建新的一页绘制该结构，因例12、13均为断开）3.画化学反应式例151.从原子团表中选择苯环,按键盘上的TAB键,将悬在光标上的苯环翻转,然后在空白区点击,得到苯环,然后在苯环上的相应
6、的位置点击,得到以下结构: 2.再绘制一个苯环，点击右键去掉阴影，点击常规画图工具,然后在苯环的双键上点击,得到三键.3.按照上面所讲的画出三将军结构如下:4.从结构工具栏中,选择 键 ,在前面两个结构之间点击,得到加号。5.点击反应箭头键 , 在反应物和生成物之间点击并拖动鼠标,得到箭头。注意:1. 点击 键右下脚的三角,可以得到一系列的不同形状的箭头。一些箭头被视为图形模式的物体,所以不能正确地输出至其他文件。2.如果要移动加号或者箭头,可以点击选择/移动键 Select/Move , 然后将光标指在要移动的物体上,拖动鼠标。五、高级画法：模型五、高级画法：模型讲解如何利用模型进行画图。主
7、要内容:n n三种模型来源;n n如何利用 功能画含有多个相同功能团的结构;n n如何自创模型; 1.ACD/ChemSketch 的的3种结构模型来源种结构模型来源1.化学基团表(Table of Radicals)2.模型窗口(Template Window)3.快速模型工具(Instant Template tool)将模型连接到结构上的三种方法： a.连接键： 将鼠标的指针指向特定的化学键，使结构的化学键和模型在光标上的影子结合，再点击鼠标。 b. 连接原子：将光标指向结构中相应的原子，产生连接键后，点击鼠标。 c. 螺旋线连接：将鼠标指向要连接的原子，按下SHIFT键，点击鼠标。注意
8、：可以通过点击TAB键使悬在光标上的模型影子翻转。例161.由原子团表中选择环戊烷(cyclopentane) ，点击空白工作区,得到环结构.2.按下SHIFT键，点击指定的原子，以螺旋方式连接第二个环戊烷。3.由化学基团表中选择苯(Benzene) ，首先点击指定的键连接苯环，并改变双键的位置，再点击指定的原子，连接苯环。 4.在左侧原子工具表中选定氧键 (注意：此时常用画图工具自动激活)，点击指定的原子，用氧取代。 5.选择连续画图工具，双击指定的原子，连接OH集团。6.点击指定的单键，使之变为双键。2.快速模型工具(Instant Template tool)快速模型工具可以更快地画出图
9、象，也可以认为它是“粘贴“命令。 例171.从化学基团表中选择苯环，在工作区的上中部点击鼠标，画出苯结构。2.从化学基团表中选择乙炔(Ethynyl) ，点击箭头所指的原子，将其连接在苯环上。 3.选择快速模型工具，点击CH，创建一个快速模型。4.点击箭头所指原子，接上模型。5.再次选择快速模型工具，将整个图象创建成模型。 6.像图示的那样，点击指定原子，连接成如图所示的模型。完成后，点击鼠标右键将模型影子隐藏。7.选择常用画图工具，拖动指定的原子，完成环。 3.如何自创模型要将一个ChemSketch文件保存为模型文件，可将其保存在模型文件夹中。操作步骤：1.将当前文件保存为SK2形式，或在
10、ChemSketch中打开SK2文件。2.由模型菜单中选择保存用户模型命令，即Templates/save user template，在保存用户模型对话框中键入模型的名字，如“ALKALOIDS”，并注意文件保存的路径，如“C：ACD50Templatesalkaloids.sk2”，再点击OK。注意：a.文件可键入任意名字，可以键入详细一些的名字，最好能从名字知道是什么模型。b.可以从任何文件创建模型文件，即使它是关闭的也可以。打开模型管理器对话框(Templates/ Template organizer)，点击新创建（New）键，找到您需要的文件，为其指定名字即可。c.一旦文件被保存为
11、用户模型，它的名字被自动加到模型管理器中和模型窗口的模型清单中，使用时可以直接从模型窗口调出来。要将其删除可以从模型管理器中点Remove。六.画图模式n n画化学反映能量图;n n画各种类型的轨道;n n画真空蒸馏装置;常用工具介绍：直线工具（Line）弧线工具（Arc）曲线工具（Curve）多线工具 （Polyline） 箭头键（Draw Arrow） 矩形工具（Rectangle）圆角矩形工具（Rounded Rectangle）椭圆工具(Ellipse) 多角(Polygon)模式 文字工具(Text) 括号工具（Bracket）注释框 （Callout） 选择/移动/调整( Sele
12、ct/Move/Resize) 编辑交点（编辑交点（Edit Nodes） 选择/移动/旋转工具(Select/Move/Rotate) 编辑文字(Edit Text ) 转换到背面(Send to Back) 转换到前面（Bring to front）群按钮(Group) 左右翻转键(Flip Left to Right) 上下翻转(Flip Top to Bottom)键 旋转90 (Rotate 90) 水平中心对齐 (Center Horizontally) 垂直中心对齐 (Center Vertically) 左对齐（Align Left）右对齐（Align Right）底部对齐（A
13、lign Bottom）顶部对齐（Align Top）1.画化学反映能量图三步：u画出一条曲线u修改曲线u画X轴Y轴a.画出一条曲线n n1.1.在绘图模式下在绘图模式下 ，选择多线工具，选择多线工具 ，从曲线起点向右，从曲线起点向右拖拽拖拽鼠标鼠标画出控制线。画出控制线。n n2.2.拖拽到合适长度拖拽到合适长度释放释放鼠标。鼠标。n n3.3.向上向上移动移动鼠标画出曲线的第一部分（不要点击鼠标）。鼠标画出曲线的第一部分（不要点击鼠标）。n n4.4.直接拖拽直接拖拽鼠标向右水平延长控制线。通过改变控制线的长度可以鼠标向右水平延长控制线。通过改变控制线的长度可以改变曲线的形状。改变曲线的形
14、状。n n5.5.拖拽到合适长度拖拽到合适长度释放释放鼠标。鼠标。n n6.6.向下向下移动移动鼠标画出下一部分。鼠标画出下一部分。7.7.重复以上步骤画出第二个峰。重复以上步骤画出第二个峰。8.8.点击鼠标右键结束点击鼠标右键结束画曲线。画曲线。注意注意: : 当应用多线工具键时当应用多线工具键时(polyline tool), (polyline tool), 点击将产生一点击将产生一个点或者一个尖锐角度个点或者一个尖锐角度, ,但是拖动鼠标将产生曲线但是拖动鼠标将产生曲线. .b.修改曲线第一次画的曲线，曲线的形状一般不令人满意第一次画的曲线，曲线的形状一般不令人满意, ,可对其进行修改
15、：可对其进行修改：1.1.选定选择选定选择/ /移动键移动键( ( Select/Move)Select/Move) , ,然后点击要修改的曲线。然后点击要修改的曲线。2.2.点击点击 Edit NodesEdit Nodes键键 , ,将显示曲线上所有能够被修改的点将显示曲线上所有能够被修改的点3.3.点击第四个点点击第四个点, ,则那个点显示被选中则那个点显示被选中, ,并且显示相应的控制线并且显示相应的控制线. .4.4.移动控制线（长度和方向）和点对曲线的形状进行修改。移动控制线（长度和方向）和点对曲线的形状进行修改。5.5.选择并修改曲线上其他的点选择并修改曲线上其他的点, ,直到曲
16、线形状令人满意为止。直到曲线形状令人满意为止。c.画X轴和Y轴选定画多线工具选定画多线工具 PolylinePolyline 。选择画箭头键选择画箭头键DrawDraw Arrow Arrow 。从箭头种类。从箭头种类( (ArrowArrow Type) Type) 的下拉菜单中选择双向箭头的下拉菜单中选择双向箭头 。1.1.点击点击Y Y轴的终点。轴的终点。2.2.竖直向下移动鼠标竖直向下移动鼠标, ,画出画出Y Y轴。轴。3.3.点击点击得到原点。得到原点。4.4.水平向右拖动鼠标得到水平向右拖动鼠标得到X X轴。轴。5.5.在在X X轴终点轴终点点击点击鼠标。鼠标。6.6.右击右击鼠标
17、完成整个画鼠标完成整个画X X 和和Y Y轴工作。轴工作。7.7.利用利用 TextText 和和 旋转旋转9090 ( (RotateRotate 90)90) 工具键入文工具键入文字。字。2.画各种类型的轨道n n画p轨道n n画d轨道n n画pi轨道a.画p轨道选定多角选定多角(Polygon)(Polygon)模式模式 。1.1.由起点向右由起点向右拖拽拖拽鼠标，以画出轨道的控制线。鼠标，以画出轨道的控制线。2.2.释放释放鼠标。鼠标。3.3.向下向下移动移动鼠标，画出轨道的上半部分。鼠标，画出轨道的上半部分。4.4.点击点击得到轨道。点击鼠标右键结束画轨道。得到轨道。点击鼠标右键结束
18、画轨道。5. 5. 切换到选择切换到选择/ /移动移动/ /调整大小调整大小(Select/Move/Re-size) (Select/Move/Re-size) 工具。工具。将光标放在选定的轨道上，按下将光标放在选定的轨道上，按下CTRLCTRL键，向下拖动鼠标复制键，向下拖动鼠标复制轨道的下半部分。轨道的下半部分。6.6.选择上下翻转选择上下翻转(Flip Top to Bottom)(Flip Top to Bottom)键键 ，将复制的轨道翻，将复制的轨道翻转转, ,然后移动轨道将两个轨道如下图所示安放在一起。然后移动轨道将两个轨道如下图所示安放在一起。7. 7. 选定轨道的下半部分选
19、定轨道的下半部分, ,在调色盘中点击灰色键，将轨道颜色在调色盘中点击灰色键，将轨道颜色改为灰色。改为灰色。 注意注意: :选定两个轨道选定两个轨道，选择水平中心按钮，选择水平中心按钮(Center Horizontally) (Center Horizontally) ，可快，可快速确定轨道的中心。速确定轨道的中心。8.8.选定轨道的两个部分，点击群按钮选定轨道的两个部分，点击群按钮(Group) (Group) ，将两个轨道，将两个轨道变成一个整体变成一个整体, ,就可以像处理一个轨道一样处理它们就可以像处理一个轨道一样处理它们. .b.画画d 轨道轨道选择多角工具选择多角工具(Polygo
20、n) (Polygon) 。1.1.由起点水平向右由起点水平向右拖拽拖拽鼠标画出轨道的控制线。鼠标画出轨道的控制线。2.2.释放释放鼠标。鼠标。3.3.向下向下移动移动鼠标画出轨道（不要点击鼠标）。鼠标画出轨道（不要点击鼠标）。4.4.直接向右水平直接向右水平拖拽拖拽鼠标画出控制线，为了使轨道的两部分完全相同，鼠标画出控制线，为了使轨道的两部分完全相同，您必须使左右控制线长度相同。可以使用编辑点您必须使左右控制线长度相同。可以使用编辑点 来调整。来调整。5.5.释放释放鼠标。鼠标。6.点击鼠标右键完成画轨道，并选定选择/移动/调整大小工具(Select/Move/Re-size) 。选定轨道，
21、按下CTRL 键对轨道进行复制。7.选择旋转90度按钮(Rotate 90) ，将复制的轨道进行旋转。8.当复制的轨道被选中后, 在调色板(Color Palette)中选择灰色按钮(gray)，将轨道颜色改为灰色。9.选定轨道的两个部分，点击群按钮(Group) ，将以上轨道组合成一个物体。c.画pi轨道1.1.选择椭圆工具选择椭圆工具(Ellipse) (Ellipse) 在工作区划出一个椭圆。在工作区划出一个椭圆。2.2.由对象菜单由对象菜单(Objects)(Objects)中选择转换为多线命令中选择转换为多线命令(Convert to (Convert to Polyline)Pol
22、yline)。3.3.选择编辑点工具选择编辑点工具(Edit Nodes) (Edit Nodes) 。4.4.将最低点向上拖。将最低点向上拖。5.点击鼠标右健选定选择点击鼠标右健选定选择/ /移动移动/ /调整调整(Select/Move/Re-size) (Select/Move/Re-size) 工具工具 ，点击刚才的图形选中它，按下CTRL键将其复制。6.选择上下翻转键(Flip Top to Bottom) 将下面的图形翻转。7.在调色板(Color Palette)中选择灰色按钮(Gray)，将轨道颜色改变。8. 选定轨道的两个部分，点击群按钮(Group) ，将以上轨道将成为一个
23、物体。注意：在模板窗口中的注意：在模板窗口中的Orbitals中有一些已经绘制好的中有一些已经绘制好的模板，可以直接调用，也可以将自己绘制的轨道保存在模板，可以直接调用，也可以将自己绘制的轨道保存在模板中。模板中。3、画真空蒸馏装置、画真空蒸馏装置1.在画图模式下，由模型窗口中的模型列表中选定实验室用品(Lab Kit)。点击选定圆底烧瓶，再点击工作区得到圆底烧瓶。2.打开模型窗口，选定带连接器的格氏蒸馏管，将其连接到烧瓶。3.由模型窗口中选定温度计(thermometer)，如图连接。4.在模型窗口中选定冷凝管(distillation column)，点击工作区得到冷凝管。5. 选定 ，选
24、中冷凝管,点击 。拖动冷凝管,将其逆时针旋转73度,游标将显示旋转的角度。6.移动冷凝管使其接近装置。7.由模型窗口中选择真空接液器(adapter)并连接到装置。8.连接接收瓶(receiving flask)结束工作。文字注释文字注释 1.1.选择选择 ( (Text)Text) , ,并在温度计的左边点击并在温度计的左边点击, ,然后在出现的然后在出现的文字方框中打出文字方框中打出Thermometer Sign out from instructorThermometer Sign out from instructor。如果要将文字框变小如果要将文字框变小, ,拖动右边的边线拖动右边
25、的边线. .注意注意:a. :a. Tools/Tools/ Font PanelFont Panel和和和和Paragraph Panel,Paragraph Panel,在打开的窗口中可设在打开的窗口中可设定字体和段落。定字体和段落。 b.b.要对文字进行编辑要对文字进行编辑, ,可选择编辑文字可选择编辑文字( (Edit TextEdit Text ) ) 键。键。2.2.点击文字框以外的区域点击文字框以外的区域, ,完成文字输入。完成文字输入。3.3.重复以上第二和第三步骤重复以上第二和第三步骤, ,完成其他的注释。完成其他的注释。插入注释框插入注释框n n画图工具栏中点击Callou
26、tCallout 键的右下脚的小三角形,得到更多的注释框的形状,选择需要的注释框。n n注释框总是在物体周围并且箭头指向物体,当文字框位置适合时,点击得到注释框。n n用相同的方法得到其他的注释框。修改注释框的形状修改注释框的形状1.1.选中注释框选中注释框, ,选择编辑点选择编辑点( (Edit Nodes)Edit Nodes) 键，出现控制键，出现控制点。点。2.2.拖动注释框最低处的点将注释框箭头指向合适的物体。拖动注释框最低处的点将注释框箭头指向合适的物体。注意注意: : 拖动注释框四角上的点拖动注释框四角上的点, ,可以改变注释框的大小。可以改变注释框的大小。3.3.重复第二步骤重
27、复第二步骤, ,对其它注释框进行修改。对其它注释框进行修改。4.4.修改了所有的注释框后修改了所有的注释框后, ,右击鼠标右击鼠标, ,结束修改注释框。结束修改注释框。5.5.用用 Draw ArrowDraw Arrow 键键, ,将箭头加在水入口和出口处。将箭头加在水入口和出口处。6.6.在选择工具下在选择工具下 ，同时选择两个箭头，同时选择两个箭头( (按住按住shiftshift键）键）, ,双击双击鼠标鼠标, ,得到得到 Objects PanelObjects Panel窗口窗口, ,选择红色选择红色, ,点击点击 ApplyApply。将元素编组将元素编组/拆开拆开n n编组(Group)Group) 功能键是将多个物体通过编组键,使其成为一个物体。选择所有的物体,点击编组(Group)Group) 键,可以对此物体进行修改而不会丢失任何部分。如果要将物体拆为不同的物体,选择整个物体,重新点击GroupGroup键。
