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1、蛋白相互作用分析和蛋白相互作用分析和预测预测1精选课件蛋白相互作用预测机理：蛋白相互作用预测机理：n nexpression, n northology, n ndomain co-occurrence, n npost-translational modifications,n nsub-cellular location n nidentified by experimental methods 2精选课件Gene Ontology 基因功能分类标准体系Gene Ontology Consortium（GO的发起组织）的数据库中有3大独立的ontology被建立起来：biological
2、process生物过程, molecular function分子功能及cellular component细胞组分。而这三个ontology下面又可以独立出不同的亚层次，层层向下构成一个ontologies的树型分支结构。可以说， GO是生物学的统一化工具。 3精选课件4精选课件5精选课件6精选课件7精选课件信号传导通路查询信号传导通路查询8精选课件9精选课件10精选课件11精选课件12精选课件13精选课件14精选课件15精选课件已发表蛋白相互作用数据库分析已发表蛋白相互作用数据库分析n n IntAct n n HPRD n n DIP n n BioGRID n n MINT n n s
3、tring16精选课件17精选课件18精选课件19精选课件20精选课件21精选课件22精选课件23精选课件24精选课件25精选课件26精选课件27精选课件28精选课件29精选课件PIPs 人的蛋白相互作用预测人的蛋白相互作用预测30精选课件31精选课件32精选课件33精选课件34精选课件35精选课件36精选课件37精选课件38精选课件39精选课件40精选课件41精选课件n nAPID: n nAgile Protein Interaction DataAnalyzer 42精选课件43精选课件44精选课件45精选课件46精选课件47精选课件48精选课件49精选课件stringn nhttp:/
4、string-db.org/50精选课件51精选课件52精选课件53精选课件54精选课件55精选课件56精选课件57精选课件58精选课件59精选课件60精选课件61精选课件62精选课件63精选课件64精选课件65精选课件66精选课件67精选课件68精选课件69精选课件70精选课件71精选课件72精选课件73精选课件74精选课件75精选课件76精选课件77精选课件78精选课件79精选课件基因表达分析（基因表达分析（GEO）n n近年来，利用高通量方法检测基因表达越来越普近年来，利用高通量方法检测基因表达越来越普及，诸如微阵列杂交和基因表系列分析（及，诸如微阵列杂交和基因表系列分析（SAGESAG
5、E）可以同时测量数以万计的基因转录子（可以同时测量数以万计的基因转录子（genegenetranscripttranscript）。基因表达大棚车（）。基因表达大棚车（GEOGEO：GeneGeneExpressionOmnibusExpressionOmnibus）则是归档和自由分发科研）则是归档和自由分发科研人员提交的高通量基因表达数据的公共仓库。目人员提交的高通量基因表达数据的公共仓库。目前，前，GEOGEO存储了大约存储了大约1010亿单个基因表达的数据，亿单个基因表达的数据，来自于来自于100100多种生物，内容广泛涉及到各种生物学多种生物，内容广泛涉及到各种生物学问题。这些大容量的
6、数据可以使用用户友好的以问题。这些大容量的数据可以使用用户友好的以WebWeb为基础的工具进行有效的挖掘，检索和可视为基础的工具进行有效的挖掘，检索和可视化表达。化表达。GEOGEO的网址是的网址是www.ncbi.nih.gov/geowww.ncbi.nih.gov/geo。 80精选课件81精选课件82精选课件83精选课件84精选课件85精选课件86精选课件87精选课件88精选课件89精选课件90精选课件91精选课件癌基因组表达差异分析癌基因组表达差异分析n n CGAPCGAP计划是一项由计划是一项由NCINCI建立和主持的交叉学科的建立和主持的交叉学科的计划，用来产生用于解码肿瘤细胞
7、的分子结构所需计划，用来产生用于解码肿瘤细胞的分子结构所需的信息和技术工具。的信息和技术工具。CGAPCGAP被分为五个互补的自主被分为五个互补的自主部分，每一个都有它自己的目的，信息学工具和资部分，每一个都有它自己的目的，信息学工具和资源。源。TheHumanTumorGeneIndex(hTGI)TheHumanTumorGeneIndex(hTGI)人类肿人类肿瘤基因索引指明了在人类肿瘤发生过程中的基因表瘤基因索引指明了在人类肿瘤发生过程中的基因表达。达。MolecularProfiling(MP)MolecularProfiling(MP)分子表达谱展示了用分子表达谱展示了用前列腺作为
8、例子来从分子水平分析人类组织样品的前列腺作为例子来从分子水平分析人类组织样品的概念。概念。TheCancerChromosomeAberrationTheCancerChromosomeAberrationProject(CCAP)Project(CCAP)癌症染色体变异计划（癌症染色体变异计划（CCAPCCAP）描）描述了同恶性转移相关的染色体改变。述了同恶性转移相关的染色体改变。TheGeneticTheGeneticAnnotationIndex(GAI)AnnotationIndex(GAI)遗传注解索引指明和描绘了遗传注解索引指明和描绘了同癌症相关的多态性。同癌症相关的多态性。The
9、MouseTumorGeneTheMouseTumorGeneIndex(mTGI)Index(mTGI)小鼠肿瘤基因索引（小鼠肿瘤基因索引（mTGImTGI）确定了在）确定了在小鼠肿瘤发生过程中的基因表达。小鼠肿瘤发生过程中的基因表达。 92精选课件n n为什么要有为什么要有CGAP？n n在过去的二十年中，我们已经了解到遗传学改变是所有癌症的根结所在。为此，CGAP将统一最新的技术，以及那些又节约经费又有很高的通量的技术，来确定所有与癌症的产生和发展有关的基因。n n计划的目标计划的目标n n获得关于正常，癌前，和恶性细胞的全面的分子学特征。93精选课件94精选课件95精选课件96精选课件97精选课件98精选课件99精选课件100精选课件101精选课件102精选课件103精选课件104精选课件105精选课件106精选课件107精选课件108精选课件109精选课件110精选课件111精选课件112精选课件
