《引物设计保护碱基列表》由会员分享，可在线阅读，更多相关《引物设计保护碱基列表（3页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、在分子克隆实验中，有时我们会在待扩增的目的基因片段两端加上特定的酶切位点，用于后续的酶切和连接反应。由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，因此在设计PCR 引物时，人为的在酶切位点序列的5端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。添加保护碱基，需要考虑两个因素：一是碱基数目，一是碱基种类。添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数目，而不是种类。什么样的酶切位点，添加几个保护碱基，是有数据可以参考的，见附表。添加什么保护碱基，如果严格点，是根据两条引物的Tm值和各引物的碱基分布及GC含量。如果某条引物Tm值偏小， GC% 较低，添加时多加G或 C
2、，反之亦反。保护碱基列表Enzyme Oligo Sequence Chain Length % Cleavage 2 hr 20 hr AccIGGTCGAC C CGGTCGAC CG CCGGTCGAC CGG 8 10 12 0 0 0 0 0 0 AflIIICACATGT G CCACATGT GG CCCACATGT GGG 8 10 12 0 90 90 0 90 90 AscIGGCGCGCCAGGCGCGCC T TTGGCGCGCC AA 8 10 12 90 90 90 90 90 90 AvaICCCCGGG G CCCCCGGG GG TCCCCCGGG GGA 8
3、 10 12 50 90 90 90 90 90 BamHICGGATCC G CGGGATCC CG CGCGGATCC GCG 8 10 12 10 90 90 25 90 90 BglIICAGATCT G GAAGATCT TC GGA AGATCT TCC 8 10 12 0 75 25 0 90 90 BssHIIGGCGCGC C AGGCGCGC CT TTGGCGCGC CAA 8 10 12 0 0 50 0 0 90 BstEIIGGGT(A/T)ACC C 9 0 10 BstXIAACTGCAGAACCAATGCATTGGAAAACTGCAG CCAATGCATTGG
4、AA CTGCAGAA CCAATGCATTGG ATGCAT 22 24 27 0 25 25 0 50 90 精选文档2 ClaICATCGAT G GATCGAT C CCATCGAT GG CCCATCGAT GGG 8 8 10 12 0 0 90 50 0 0 90 50 EcoRIGGAATTC C CGGAATTC CG CCGGAATTC CGG 8 10 12 90 90 90 90 90 90 HaeIIIGGGGCC CC AGC GGCC GCT TTGC GGCC GCAA 8 10 12 90 90 90 90 90 90 HindIIICAAGCTT G CCA
5、AGCTT GG CCCAAGCTT GGG 8 10 12 0 0 10 0 0 75 KpnIGGGTACC C GGGGTACC CC CGGGGTACC CCG 8 10 12 0 90 90 0 90 90 MluIGACGCGT C CGACGCGT CG 8 10 0 25 0 50 NcoICCCATGG G CATG CCATGG CATG 8 14 0 50 0 75 NdeICCATATG G CCCATATG GG CGCCATATG GCG GGGTTT CATATG AAACCC GGAATTC CATATG GAATTCC GGGAATTC CATATG GAAT
6、TCCC 8 10 12 18 20 22 0 0 0 0 75 75 0 0 0 0 90 90 NheIGGCTAGC C CGGCTAGC CG CTAGCTAGC TAG 8 10 12 0 10 10 0 25 50 NotITTGCGGCCGC AA ATTT GCGGCCGC TTTA AAATAT GCGGCCGC TATAAA ATAAGAAT GCGGCCGC TAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGC AAAAGGAAAA 12 16 20 24 28 0 10 10 25 25 0 10 10 90 90 NsiITGCATGCAT GCA CCA ATGC
7、AT TGGTTCTGCAGTT 12 22 10 90 90 90 PacITTAATTAAGTTAATTAA C CCTTAATTAA GG 8 10 12 0 0 0 0 25 90 PmeIGTTTAAACGGTTTAAAC C GGGTTTAAAC CC AGCTTT GTTTAAAC GGCGCGCCGG 8 10 12 24 0 0 0 75 0 25 50 90 精选文档3 PstIGCTGCAG C TGCA CTGCAG TGCA AA CTGCAG AACCAATGCATTGG AAAA CTGCAG CCAATGCATTGGAA CTGCAG AACCAATGCATTG
8、GATGCAT 8 14 22 24 26 0 10 90 90 0 0 10 90 90 0 PvuICCGATCG G ATCGATCG AT TCGCGATCG CGA 8 10 12 0 10 0 0 25 10 SacICGAGCTC G 8 10 10 SacIIGCCGCGG C TCCCCGCGG GGA 8 12 0 50 0 90 SalIGTCGAC GTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC GCGTCGAC GTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG ACGC GTCGAC GTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA 28 30 32 0 10 10 0 50
9、75 ScaIGAGTACT C AAA AGTACT TTT 8 12 10 75 25 75 SmaICCCGGGCCCCGGG G CCCCCGGG GG TCCCCCGGG GGA 6 8 10 12 0 0 10 90 10 10 50 90 SpeIGACTAGT C GGACTAGT CC CGGACTAGT CCG CTAG ACTAGT CTAG 8 10 12 14 10 10 0 0 90 90 50 50 SphIGGCATGC C CATGCATGC ATG ACAT GCATGC ATGT 8 12 14 0 0 10 0 25 50 StuIAAGGCCT T GAAGGCCT TC AAA AGGCCT TTT 8 10 12 90 90 90 90 90 90 XbaICTCTAGA G GCTCTAGA GC TGCTCTAGA GCA CTAG TCTAGA CTAG 8 10 12 14 0 90 75 75 0 90 90 90 XhoICCTCGAG G CCCTCGAG GG CCGCTCGAG CGG 8 10 12 0 10 10 0 25 75 XmaICCCCGGG G CCCCCGGG GG CCCCCCGGG GGG TCCC CCCGGG GGGA 8 10 12 14 0 25 50 90 0 75 90 90
