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1、50天接收的4分+单基因单癌种分析大家好，今天要和大家分享的是 2021 年 2 月发表的一篇文章： “SLC7A7 is a prognostic biomarker correlated with immune infiltratesin non-small cell lung cancer”。在本研究中，作者使用On comi ne数据库分析SLC7A7在泛癌中 的表达、DAVID做GO和KEGG富集分析、PrognoScan数据库评估 临床预后、cancerSEA分析泛癌功能状态、TIMER和GEPIA数据库分 析基因与免疫浸润相关关系。最后利用GEO数据集和免疫组化对结果 进行验证。
2、发表杂志：Can cer Cell I nt.影响因子：4.175， 即时影响因子：5.52对于单基因的分析，挑选基因最为关键。小编认为容易发表的基 因要符合以下几点（符合条件越多越好）：1在多种肿瘤中该基因高表达2在多种肿瘤中该基因高表达的患者预后差3在多种肿瘤中该基因在高分期表达较高4不同肿瘤中的富集分析有比较集中的几种结果5在一种或者多种肿瘤中与特定免疫细胞浸润相关，如巨噬细胞， CD8T细胞等6最好用不同的方法证明5中的结论7在某一种或者几种肿瘤中集中于一些免疫相关基因相关性高8该基因最好报道过，但是又研究较少，有一定新颖性如果能筛选到这样的基因，再添加单基因的各种层面分析，肯定 是比
3、较容易接收的。能再加一些实验验证就更好不过了。另外，我们也推出了最新的单基因泛癌高阶套路。详见: 单基因泛癌高阶套路模板 单基因泛癌生信高阶模板结果展示精心挑选的基因： 每日基因ID006需要了解的话请扫描下面二维码添加微信联系。另外还有免费的生信福利送给大家，详见：福利专用贴请扫描下方二维码SLC7A7 种与非小细胞肺癌的免疫浸润相关的预后生物标志物一、研究背景肺癌（LC）是最普遍的癌症，也是导致全球五分之一癌症相关死 亡的主要原因。非小细胞肺癌（NSCLC ）约占所有肺癌诊断的80- 85%，5 年总体存活率仍然低于 20%。免疫疗法近些年被誉为国家安 全委员会的创新治疗策略。但缺乏有效的
4、预测生物标志物。SLC7A7基 因编码了 yLATI光链系统yL，该链与4F2hc结合，用于转膜氨基酸传 输。诸多研究皆指出了 SLC7A7 在癌症启动和进展中的关键作用。然 而，SLC7A7在肿瘤进展和肿瘤免疫学中的基本功能和机制尚不明确。二、流程图5 L匚7 A升乏癌题免便粮关性好析三、分析解读1、不同类型癌症中 SLC7A7 的表达水平 利用 Oncomine 数据库查询了 SLC7A7 在泛癌中的表达特征 （下图 a）。 利用 TCGA 数据库泛癌 RNA-seq 研究 SLC7A7 的表达（下图 b）。.W3 弟 nS.D一一 Ena-M-s&UJh-cJOTfsx3r- 5S ss
5、a* 3-vtnlx_FLiDn口nJ3JEL：dH 呈muziudan ldson&3r f E-UFSr-ST-Jh3H U3BP et3、分析SLC7A7在癌症中的预后潜力 STRING数据库构建PPI （蛋白质-蛋白质相互作用）网络（下 图 a）。 DAVID数据库做了 GO和KEGG富集分析（下图b）。结果表 明：SLC7A7及相关基因富集在血浆膜上，并高度聚集在“蛋白质消化 吸收”、“谷氨酸代谢”、“精氨酸生物合成”和“Fc epsilon RI信 号通路”中。作者使用PrognoScan数据库调查了 SLC7A7 mRNA表达水平与 癌症患者预后之间的相关性。结果表明：SLC7A
6、7表达与六种类型的癌症的预后显着相关（下图a-h ）。C; CEAiRiaiwa* MTT?jmi |WJ1 何=WbQ - 1 M-3l GO P-DOiraM I -p.1 m I Hi - Htfr IKipnitaltanl-Az-Kiilfd軋和 w-Maor4、眄 LI - -I i S i4. ie- I卿,s 5 細 tfwaTds VD鼻 諦 4D Ci M- WQ W 1d“Iu不同癌症类型的SLC7A7功能状态分析n= jit- r :plaj:5U W25BO厲 aDUr-Mi.nz Ki.作者调查了 cancerSEA数据库中不同癌症类型的SLC7A7的功能 状态。结
7、果表明：SLC7A7在九种癌症的单细胞水平上存在差异（下 图），但与 NSCLC 中的 14 个功能状态中的任何一个都没有显著相关 Pwtri Nepike I 0 I I 贞启 o.a 乂脣 D5 取却 * 03 Q.o- OdCnrrvlah 口 n作者调查了 SLC7A7 表达是否与肺癌中的免疫浸润水平有关。结 果表明：SLC7A7在NSCLC的免疫浸润中起着重要作用，特别是中性 粒细胞、巨噬细胞和DC的浸润（下图）。rE I- USJ isal6、SLC7A7表达与免疫标记集的相关性分析pel 利 Q - ft i.i y 匚-* i彗F=l作者分析了 SLC7A7表达与不同免疫细胞（
8、包括CD8+T细胞， T细胞（常规），B细胞，单核细胞，TAM，M1和M1）的免疫标记 基因之间的相关性。结果表明：SLC7A7与NSCLC中各种免疫细胞和 不同T细胞的大多数免疫标记集显着相关。W2JAMMl作者还验证了 SLC7A7表达与GEPIA中单核细胞和TAM的上述标记之间的关系。结果表明，SLC7A7与单核细胞和TAM标记的相作者还发现SLC7A7的表达与SCLC配体（CCL）-2、CD68、 IL10 的 TAM、M1 表型的 IRF5、 CD163、 VSIG4 和 MS4A4A 在关性与TIMER中的相关性非常相似。因此，应更加关注SLC7A7作为 调解直流浸润和肿瘤转移的关
9、键因素。作者还发现 SLC7A7 与 T 细胞衰竭的标志物基因特别是 TIM-3 之间有很强的正相关性。这些结果进一步证实SLC7A7与NSCLC中的 免疫浸润细胞特别相关，表明 SLC7A7 在肺癌微环境中的免疫逃逸中起着至关重要的作用（见下表）。DeiicripftioinCent rrorlwraLUADLU5CTumorMonmalTumorNcvmMlnPRPRPPMonocyieCDS6077”曲313占驴o.a?on4心COH5(C1A)0 73Ml。的0314曲TAMCCL2047-021Qll0&3一 0.32*CD6B077*+0J50J50.67IL1D0.63M-l*0
10、.012询-G.120.4.M1 MacrophageINOS (NO対024W44cm一 7E-D4妙0.120.39IRF5Cl.51106肛“CI120.51MCOX2 (PTG52)-0.0610.074-0.16GJ 8O.Q530.25-ftH0.3*M2 MdcrophageCD1630.71*440.444440.414-4V5K540760.65q 申Q.74qhAMMA0.764-W0.55a-irOJ87*4* L J巔呈! ：*T苜ibl电2 Correlation snalyik betw电电m SLC7A7 and relate g电nej and rnarkfi
11、of mdncyt and maroph吉专m in GEPIA7、SLC7A7表达验证作者利用 GEO 数据集进行验证。结果表明，在 666 例 NSCLC中，SLC7A7的表达明显低于对照组中的479例（下图a-h ）。免疫组化实验分析了 34对LUAD组织和相应的正常肺组织，以 验证SLC7A7的表达。结果表明：LUAD中SLC7A7显着下调（下图小结在本文中，作者使用多数据库联合分析了 SLC7A7 在各种类型癌症中的表达和预后价值，以及与免疫浸润相关关系。结果表明：在 BRCA，CHOL，ESCA，HNSC 和 STAD 组织中 SLC7A7 的表达高于 相应的正常组织，但在 KICH，KIRC，KIRP，LIHC，LUAD 和 LUSC 癌中则较低。另外，在不同数据库中不同癌症类型中 SLC7A7 表达水 平的差异可能反映了数据收集方法以及与不同生物学特性有关的潜在 机制。对PrognoScan数据的分析和免疫组化染色也表明了，SLC7A7 表达增加与多种肿瘤类型的不良预后相关，且与免疫浸润水平和不同 的免疫标记物密集相关，证实高SLC7A7的表达可作为NSCLC预后不 良的独立危险因素.
