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1、常见系统发育软件使用方法Xie Lei BJFU1 Paup MP 流程：Mac准备nex文件(in terleave和nonin terleave均可)T 存入新建文件夹T拖入 paup 或用 paup 扌丁开T execute T log file T cstatus T tstatus T hsearch T define outgroup T roottrees T savetrees T describetrees Tcontree(save to file) Tsave pictTbootstrap(save tree file) Tprint bootstrap treeTsav
2、e pict. Tstop log.PC版操作，可将附录批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。2 Paup ML 流程：Mac准备nex文件(in terleave和nonin terleave均可)T 存入新建文件夹T拖入 paup或用paup打开TexecuteT从modeltest软件中打开paupblock运算检测 模型T生成score fileT打开modeltest中的bin读取score数据T生成结果 文档T存档并打开此文档TAIC T将beg in paup的运算模块贴至原n ex数据文件 后面T重新将其拖入paup运行T选择ML运算模式ThsearchT打印
3、树图Tsave pict. Tbootstrap.PC版操作，可将附录5批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。3 Garli运算ML流程：准备nex文件(interleave) T 存入新建文件夹T拖入paup或用paup打开 Texecute T输出nonin terleave文档(若直接是nonin terleave上述过程省略， 又如果是PC机paup，无菜单操作，可在paup命令行中输入附录1*的命令回车 即可生成nonin terleave数据）。使用nonin terleave文档（数据中类群名称不得有单引号，空格，所有方括号中 内容删除）T新建文件夹存入T按照流
4、程2进行modeltestT在苹果机上打开 GarliT导入数据T把model定好Trun （切记此处不要激bootstrap选项）将上次运算数据拷贝至一新建文件夹T导入苹果版Garli T激活bootstrap选项T 定好 modelTrun所有结果用paup软件打开Tsave pictT打开bootstrap树T做50% majority rule contreeTsave pict.注：Garli苹果和PC版都有，但是操作不同。数据格式：和算PAUP 一样的n exus格式，但是这个格式有很多注意事项，一些常 见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题：1 一定要nonin terl
5、eave的数据，否则软件无法运算2 虽然在mrbayes和paup中不成问题但是在garli中有影响，里面内容在算之 前全部删除为好。3 taxo n名称中可以有下划线但是不得有空格，逗号句点等，否则无法运行。Mac版GUI的菜单界面，只要有上述正确的n exus格式的数据文件即可运算。PC版Nex format plus a command file每次使用时拷贝一个软件的文件夹，将此文件夹重新命名（尽量清楚易查询）。 将正确的数据文件拷贝到此文件夹下（与garl i运行程序在同一目录下）。编辑 命令文档（名称是garli），进行参数设置。完成后双击garli运行程序图标即可 运算。4 Ba
6、yes流程Nonin terleave文件T贴运算程序到文件后面（见附录）T将其拷贝至MrBayes 文件夹下T打开运行程序Texecute文件名扩展名T运算结束后用paup运行 源文件T从.t 文件中取树TburninT做 50% majority rule contreeTsave pict.5 r8s流程按照流程2进行modeltestT按照流程2进行ML运算T运算结束print treeT 检查这棵带枝长的树是否有分支长度为0的分支T如果有在restore和delete taxa中将这些类群去除T存储带枝长的树到file（nex格式）T将树的taxa名 称更换为实际类群名称T将树文件贴
7、至运算模版（见附录）T首先进行第一步 cross validate T得到smooth值T替换smooth值再算一遍即可。注：r8s:该软件与BEAST不同，是对已存在的树进行操作，校订分子钟。算法为PL法。 先选择模型算出一个ML树（要带枝长），注意如果要用这个树算r8s要保证该树 各个分支清晰，有较高的分辨率，没有0枝长分枝和polytomy。|在这个树的tre的n exus文件上面编辑各种命令，然后输入r8s进行运算。一定要固定root， in group最好有一个以上的con strai nts.运算两次，第一次为cross-validation得出smooth value，第二次再设
8、置这个 值算出最终结果。6 BEAST流程Nonin terleave文档 T BEAUTI打开T 定义节点T基本设置T化石点标定T生 成xml文档TBEAST打开运算T运算完成TTacer打开log文件TTreeAnnotator 打开树文件T生成out文件TFigtree打开out文件。7 DIVA*在数据文件中确定树形，标注分布区，然后运算1 open DIVA2 proc ;3 optimize;Batch: optimize maxareas=8 weight= bound=200 hold=10000;8 Haplotype network 简明流程：1、NETWORK用DNASP
9、软件打开fas或者nex文件 T 另存为Roehl File Format文件（rdf 格式）T用NETWORK打开 T 进行编辑（更改名称、连续的gap合并、添加删 除序列等）后保存 T 选择Median Joining进行calculate network T 在新 出现的窗口中导入rdf文件（也可以在这一步直接导入nonin terleave的nex 文件而省去以上步骤，但是不能重新编辑）T设置参数后进行计算，生成out 格式的输出文件 T 选择draw network，在新窗口中导入out文件 T 按照提 示就可以生成network图，保存fdi文件或可另存为bmp或者pdf文件。2、
10、TCS准备 nonin terleave 的 n ex 或者 phy 文件 T 导入 TCS T 设置 Parsimo ny Limit 或Fix connection Limit,并定义gap后点击run T 运行完成后就会自动生成 network图，编辑后保存GML文件或可另存为postscript或者PICT文件。9推荐使用：Mega 5.全能系统发育分析软件，从序列校对到系统发育分析、分子钟、性状演 化、居群分析全能做。Mesquite 也很全能，但是主要还是做性状演化分析。McClade是其收费版。TNT是原来的Hennig86，做系统发育分析。PAST十分强大的统计软件，居群分析，
11、分类学的morphometric分析很好。 S-DIVA川大开发的带统计功能的地理分析软件。建议访问：附录1.最大简约法分析批处理文件1.begin PAUP;log file=;set autoclose=yes;set maxtrees=100 increase=auto;hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes nchuck=200 chuckscore=1;savetrees file= br
12、lens=yes;filter best=yes permdel=yes;savetrees file= file= all/majrule=yes treefile=;log stop;end;2.】begin PAUP;log file=;set autoclose=yes;set maxtrees=100 increase=auto;hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes;savetrees
13、file= brlens=yes;filter best=yes permdel=yes;savetrees file= file= all/majrule=yes treefile=;log stop;end;2的策略较好，是hsearch中首选，而如果此程序运算时间太长则用上面一个程序。本实用方法只提供hsearch，而branch and bound和exhaustive方法省略。附录1*export format 二n exus in terleaved二 no file二 （此为生成nonin terleave 文件命 令）*附录2. ILD分析;endblock;charparti
14、tion dna=ITS:1-848,trnLF:849-3051;begin paup;set criterion=parsimony;log file=;hompart part=dna nreps=100/addseq=random;（hsearch swap=tbr;endblock;附录3. Bayes分析1.单一模型begin mrbayes;lset nst=6 rates=gamma;mcmcp ngen=2000000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 savebrlens=yes filename=P_combined;mcmc
15、;sumt filename= burnin=2000;end;Begin mrbayes;2. 多模型begin mrbayes; charset its=1-622;#charset trnlf=623-1696;charset matk=1697-3221;charset chs=3222-4406;charset psbm2trnd=4407-5506;charset psbm=5507-6279;charset gpd=6280-6972;charset LFY=6973-8426;partition Names = 8: its, trnlf, matk, chs, psbm2trnd, psbm, gpd, LFY; (end;begin mrbayes;The following lines set up a model in which all four genes have their unique GTR + gamma+ propinv modelset partition=Names;prset ratepr=variable;lset applyto=(1,2,3,4,5,6,7) nst=6;lset applyto=(8) nst
