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1、在NAMD下利用Amber力场计算MD模拟的方法曾经也是费了好的精力, 研究出了在NAMD中用Amber力场的方法. 呵呵，想起来也过去有些时候了，应winner_dk兄弟的要求， 我把这一过程在这里原原本本的呈献给大家，希望做过的朋友给挑挑毛病，正在做的朋友参考一下，准备做朋友借鉴一下，不会做的朋友学习一下，我也就不算白费功夫了！本贴不要钱，不设权限！好，废话少说，教程开始：我的实验条件：前端机 （自己的烂PC.巨烂，512的内存）XP系统， Cluster（46-cpu）Linux系统，提交作业用小企鹅，NAMD2.6, Amber 8实验对象：咱们在这里用HIV-1整合酶来说明操作过程1
2、. 用Amber的tleap/xleap去生成top和 crd文件， 这两个文件的地位相当于我们在NAMD中熟悉的psf和pdb，所以呢，在计算之前一定要确保它们的正确性！否则后面的一切都是瞎扯！关于leap的使用请大家去自行研究AMber的手册。在这里只有一点提醒大家注意，Amber力场和Charmm对于原子的命名原则不同，所以最好不要用Charmm处理过的pdb去生成top/crd，否则是自讨苦吃，老手还好，新手可能搞好几天也过不去，决不是危言耸听。2. 结构优化，本来有两步的， 我只贴出第一步带约束的，第二步大家自己改吧。 咱们看配置文件吧， 以下的都是我的配置文件，久经考验，肯定能用，
3、大家直接拿去贴到文件中就能用了，有一点说一下，我这文件中很多注释文不对题，我懒得改了，大家以鉴赏的眼光去看吧。# 结构优化 # this simulation do a 3 steps minimization#step1 fix all non-water,minimize water# ADJUSTABLE PARAMETERS #amber onparmfile ./IN_2B4J_loop_adjusted_MG.topambercoor ./IN_2B4J_loop_adjusted_MG.crd 看这里，这里要改成Amber的参数啊outputName ./outputs/IN_2
4、B4J_loop_adjusted_MG_min_1set temperature 300firsttimestep 0# SIMULATION PARAMETERS # Input#paraTypeCharmm on#parameters ./pars/par_all27_prot_na.inp # NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you 把Charmm的部分注释掉，或者干脆不写# have also specified a .vel restart file!temperature $temperature# Per
5、iodic Boundary conditionsprecise values 82.4379997253 57.8550033569 69.1809976101,however well set the box a little bit bigger than it.# NOTE: Do not set the periodic cell basis if you have also # specified an .xsc restart file! 121.847000122 95.2819976806 88.0310020447if 1 cellBasisVector1 82.68 0.
6、 0. cellBasisVector2 0. 74.47 0. cellBasisVector3 0. 0. 69.33 cellOrigin 42.4445991516 38.8152618408 36.2214126587wrapWater onwrapAll on# Force-Field Parametersexclude scaled1-41-4scaling 1.0#Attention#cutoff 12.cutoff 10.# Attention! #switching on 还有这里，注意要把switchingoff了， Amber的要求switching off#switc
7、hdist 10.pairlistdist 13.5# Integrator Parameterstimestep 2.0;# 2fs/steprigidBonds all;# needed for 2fs stepsrigidTolerance 0.00001 ;# for Amber, 0.00000001 for Charmm 还有这里nonbondedFreq 1fullElectFrequency2stepspercycle 20#PME (for full-system periodic electrostatics)if 1 PME yesPMEGridSizeX 80PMEGr
8、idSizeY 80PMEGridSizeZ 72#Constant T/P contrl, useless here # Constant Temperature Control #langevin on ;# do langevin dynamics #langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps #langevinDamping 1langevinTemp $temperature #langevinHydrogen no ;# dont couple langevin bath to hydrogens # # # Constant Pressure Control (variable volume) # #useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps #useFlexibleCell no;# no for water box, yes for membrane #useConstantArea no;# no for water box, yes for membrane
