《高斯(Gaussian)相关的免费软件 2nd version [2010-09-25].doc》由会员分享，可在线阅读，更多相关《高斯(Gaussian)相关的免费软件 2nd version [2010-09-25].doc（7页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、献给初学高斯并挣扎的同志们（经常总结确实能学到很多东西）Gaussian相关的免费软件（Gaussview除外） 图形分析界面(本文为免费文档，请勿将此文件强加任何收费限制 ! ) (Second edited by 废man 2010-09-25 12:39 )欢迎大家继续补充，请在上面的括号内加上自己的名字并注明修改日期，并将补充的文字用红色字体标明，谢谢！除了Gaussian使用的软件外， http:/ 提到了众多的分子模拟软件，欢迎大家去看看。1. Molden http:/www.cmbi.ru.nl/molden/ （免费）电子密度是由荷兰的G. Schaftenaar于1991年
2、开发的从头算Gamess，Gaussian和半经验Mopac/Ampac接口的电子密度显示软件，通常运行于Unix环境下，Windows下需要安装X-WinPro来支持其运行。Molden可以显示分子轨道、电子密度等值线图或3D格点图等，同时可以输出postscript、XWindows、VRML、Povray、OpenGL、tekronix4014、hpgl和hp2392格式的文件，Molden可以读取chemx、PDB、mopac/ampac以及其它一些格式的文件。Molden有方便的Z矩阵编辑器，可以方便的对构建的分子进行操作。对于高斯而言，与Molden结合使用的时候需要使用IOP(6
3、/7=3)关键字。草氨酸钠静电势的例子参考http:/www.chem.ucsb.edu/kalju/chem226/public/task2A.html2. Molekel http:/molekel.cscs.ch/ （免费）分子模型和电子结构显示的免费工具，支持的分子结构计算程序输出文件格式有：GAUSSIAN、GAMESS-US、ADF、ZINDO、MOS、HONDO, Jaguar, MOLPRO, HyperChem, Mopac, NWChem和QChem等和NBO等。支持Z-matrix格式、Chem3D直角坐标、CACAO直角坐标和XYZ等多种格式的文件。Molekel通过读
4、取相关的结果文件，可以制作分子的电子密度图、分子轨道图和静电势图等，为了显示高斯的结果，通常需要在输入文件中加入关键字“#P GFPRINT, POP=FULL, iop(6/7=3)”。支持分子轨道，电子密度，静电势等三维以及二维的切片和光谱显示等，具体操作可以参考网页的flash教程。http:/molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/ElectronDensityhttp:/molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/GridData此外，(Molkel)Molekel还支持高斯的NB
5、O结果，具体方法参考紫霞或厦大论坛Elizerbeth老鸟的教程：http:/ GaussSum http:/ （免费）支持ADF，GAMESS(US)，GAMESS-UK，Gaussian，和PC-GAMESS的结果，包括UV-Vis/IR/Raman光谱，能级和分子轨道的贡献等，可以显示SCF收敛过程，结构优化过程的能量变化等，提取分子轨道信息，包括原子对分子轨道的贡献，特别的可以绘制态密度和部分态密度谱图，晶体轨道重叠布居(COOP)谱图，可以给出成键或反键信息，也可以显示UV-Vis跃迁的信息，包括原子电荷密度的变化等。4. Arguslab, http:/ （免费）由于静电势，电子密
6、度，拉普拉斯电子密度，分子轨道的显示是大家关心的问题，而高斯手册关于这些内容的计算的说明并不是十分详细，而Arguslab提供了和Gaussian的使用接口，可以直接向高斯提交计算任务，其关于cube的计算设置非常方便，如下图所示，可以进行静电势，电子密度，拉普拉斯电子密度等计算。不熟悉的网友可以编辑好输入文件以后查看生成的gjf文件格式熟悉各种cube文件的制作。此外，也可以通过Surface下拉菜单的Make Surface选项查看当前得到的cube文件的图形，具体操作方式请参考软件的帮助。具体使用方法参考软件的说明。由于这一软件支持的基组有限，因此当前的版本还不能够用于有关的重原子的赝势
7、基组的计算。除了Gaussian，这一软件还支持HyperChem的结果。注意，Arguslab只支持*.fch和*.log格式的高斯结果文件，并不支持*.out格式的高斯结果文件。5. Gabedit http:/ （免费）这个软件提供了多种软件的使用接口，包括GAMESS(US), GAUSSIAN, MOLCAS, MOLPRO , MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess, Q-Chem和ADF，其分子图形显示窗口支持的功能和文件类型如下：6. VMD http:/www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ （免费）中文介绍http:/ VMD功能
8、十分强大，可以识别很多模拟软件的分子模型文件格式和轨迹文件格式，允许用户直接生成电影文件和精美的3D分子图形。VMD支持的文件有ARMBER, CHARMM, AutoDock, CPMD, GRASP, GAMESS, Gaussian, Gromos, Gromacs, INSIGHTII, LAMMPS, NAMD, Tinker等软件的相关文件。对于高斯，支持*.cube或*.cub类型的文件，用于生成三维的曲面。7. Gopenmol http:/www.csc.fi/gopenmol/ （免费）该软件支持CHARMM, DL Poly, Gromacs, Gamess, Gauss
9、ian, HyperChem, Insight II, MPAC, Tinker等软件的相关文件，对于高斯，支持*.fch和*.cube或*.cub类型的文件。关于cube的显示请参考tangdy网友的用“gOpenMol”制作静电势立体图http:/www.mdbbs.org/redirect.php?tid=4217&goto=lastpost8. Facio http:/www1.bbiq.jp/zzzfelis/Facio.html （免费）Facio是拉丁语中的一个习语，意为”I make”，该软件可用于制作Gaussian的输入文件,同时也可以显示 Gamess, MOPAC和TI
10、NKER等软件的结果，对于高斯，支持*.chk, *.fch, *.cube, *.out或*.log，支持gamess的*.inp, *.irc, *.out或*.log，支持Mopac的*.out等。软件支持原子或特定基团的添加或删除，显示结构优化过程的能量变化等，ONIOM层的编辑，显示分子轨道，cube文件，NMR屏蔽张量等，显示指定的键长键角二面角，改变分子的原点位置等操作。Facio可视化教程可参考：http:/www1.bbiq.jp/zzzfelis/Facio.html9. Xvibs http:/ Linux下主要功能为高斯等软件计算的谱学信息显示，此外也支持Aces2，G
11、amess，PC Gamess，Dalton，Jaguar和MOPAC的计算结果，输出结果以XYZ格式对每个原子显示简正模式矢量。10. Mask http:/www.ccmsi.us/mask/ （免费）轨道1MB左右的小程序，支持Gaussian的*.out或*.log文件，从而绘制分子轨道图，但是需要在高斯的输入文件中加入”GFPRINT POP=FULL iop(6/7=3)”关键字。此外，软件也支持制作简单功能的gamess输入文件*.inp，也可以打开gamess的*.out或*.log文件。也可以添加删除原子，查询键长，键角和二面角等几何参数。11. VMOdes http:/w
12、ww.d.umn.edu/vnemykin/VMOdes/VMOdes.htm （免费）该软件主要用于提取Gaussian或Gamess的*.out文件的分子轨道信息。12. ViewmolViewmol是linux下的计算化学程序图形前端。用于计算的分子结构并显示计算结果，同时也可以创建和编辑分子，显示分子结构，跟踪几何优化或MD轨迹，动画显示简谐振动，并可保存为电影文件，绘制IR，Raman和非弹性中子散射谱，绘制MO能级或态密度，绘制基函数，分子轨道和电子密度，绘制指定格点的特性，对于某一构型，显示作用于每一原子的力，计算分子的热力学量，显示结果可保存为TIFF，PNG，HPGL或Pos
13、tScript文件，支持大量的输入输出格式，并且用户也可很容易地添加。目前支持的有：Gaussian输出，Discover文件，DMol3输出，Gamess输出，Gulp输出，Mopac输出，PDB文件，PQS输出，Turbomole文件，以及OpenBabel支持的分子结构。Viewmol可以产生的输入文件有：Turbomole文件，Accelrys.car和.arc文件，Gaussian输入文件，MDL文件，以及OpenBabel支持的分子结构。13. Yasara http:/www.yasara.org/ （免费）Python语言制作的软件包，支持高斯的*.cube, *.cub, *
14、.chk, *.fch, *.out文件，除此之外，也支持Dmol3, HyperChem, Gamess, Jaguar, Mopac, NWChem, QChem, ADF以及Viewmol等软件的相应格式文件。由于这一软件主要是针对蛋白质相关的模拟开发，因此推荐对于相关的蛋白质的分子模拟结果如研究序列，氢键，分子动力学结果等等使用，支持动力学的电影动画。14. GsGrid http:/ （免费）由sobereva老鸟编写的fortran程序用于*.cube或*.cub类型文件的处理，使用请参考：http:/www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=6550&highlight=gsgrid以及emuch论坛Zhou2009前辈量子化学图形显示手册的帖子：http:/
