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1、高通量基组测序中测序深度覆盖度文稿归稿存档编号：KKUY-KKIO69-OTM243-OLUI129-G00I-FDQS58-高通量基因组测序中，什么是测序深度和覆盖度1G=1O24M测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个 基因大小为2M，测序深度为10X,那么获得的总数据量为20M。(测序深度二总数据量20M/基因组大小2M=10X)覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无 法覆盖有所的区域，这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌基 因组测序，覆盖度是98%,那么还有2%的序列
2、区域是没有通过测序获得 的。1、全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测 序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。全基因组重测序的个 体，通过序列比对，可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP)，插入缺 失位点(inDel，Inser tion/Dele tion)、结构变异位点(SV，St rue ture Variation)位点。SBC可以协助客户，通过手段，分析不同间的结构差 异，同时完成注释。技术路线提取基因组DNA，利用Covaris进行随机打断，电泳回收所需长度的 DNA 片段(0.25Kb)，加上接头，进行 eluster 制备(Solexa)或 E-P
3、CR (SOLiD)，最后利用 Paired-End(Solexa)或者 Mate-Pair(SOLiD)的方法 对插入片段进行重测序。图1T,以SOLiD为例，说明整个实验方案。2、外显子测序也称目标组捕获，是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA 捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。是一种选择基因组的 的高效策略，外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究已知基 因的SNP、Indel等具有较大的优势。外显子(expressed region)是真核生物基因的一部分，它在剪接 (Splicing)后仍会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为 蛋白质。外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列，又称表达序列。 既存在于最初的产物中，也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列。在 人类基因中大约有180,000,占人类基因组的1%,约30MB。
