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1、药物基因组学数据库1、Drugbank2、dgidb3、pharmGKB4、cancercommon5、ChEMBL6、mycancergenome7、TTD8、guidetopharmcology9、clearityfoundation10、CIViC11、DoCM1 Drugbank药物和药物靶标资源库DrugBa nk是一个独特的生物信息学/化学信息学资源， 它结合了详细的药物（例如化学制品）数据和综合的药物靶点（即：蛋白质）信 息。该数据库包含了超过4100个药物条目，包括超过800个FDA认可的小分 子和生物技术药物，以及超过3200个试验性药物。此外，超过1.4万条蛋白 质或药物靶
2、序列被链接到这些药物条目。每个DrugCard条目包含超过80个数 据域，其中一半信息致力于药物/化学制品数据，另一半致力于药物靶点和蛋白 质数据。许多数据域超链接到其他数据库（KEGG、PubChem、ChEBI、 Swiss-Prot和GenBank）和各种结构查看小应用程序。该数据库是完全可搜 索的，支持大量的文本、序列、化学结构和关系查询搜索。DrugBank的潜在 应用包括模拟药物靶点发现、药物设计、药物对接或筛选、药物代谢预测、药物 相互作用预测和普通药学教育。DrugBank可以在使用。广泛应用于计算机辅 助的药物靶标的发现、药物设计、药物分子对接或筛选、药物活性和作用预测等。在
3、查询中，每一种药物对应1个DrugCard,即我们所得到的检索结果。每一个DrugCard都包含的数据信息分为药物、靶标和酶三部分。药物信息包括了该药物的CAS号、商品名、分子式、分子量、SMILES、 2D和3D结构、logP、logS、pKa、熔点、吸收性、Caco-2细胞穿透性、药 物类别和临床使用、性质描述、剂型与给药途径、半衰期、体内的生物转化、毒 性、作用于哪些生物体、食物对服用的影响、与其它药物的相互作用、作用机理、 代谢途径、药理学特征、与蛋白质的结合情况、溶解度、物质形态、同义词、关 于合成的相关文献等，还与ChEBI、GenBank、PubChem等外部数据库有链 接。靶标
4、的信息包括ID、名称、靶标基因的名称、蛋白质序列、残基数目、分 子量、等电点、功能和活性、参与的代谢途径和反应、体内分布、靶标信号、跨 膜区域、靶标基因序列及其在GenBank、HGNC等外部数据库中的ID和链接、 参考文献，以及在GenBank和Swiss-Prot中的链接。酶的信息包括名称、蛋白质序列、基因名称、在Swiss-Prot等数据库中的 链接。在DrugBank的主界面上，在Browse菜单下可以浏览数据库的内容，其 中PharmaBrowse为用户提供了分类浏览的功能。这为药剂师、医生以及寻找 潜在药物的研究人员提供了方便。在Search下拉菜单下，就是Drug Bank的 4
5、类检索方式。ChemQuery允许用户通过绘制结构图或书写SMILES、分子 式进行结构搜索。在检索过程中还可以对搜索药物类型、分子量范围、搜索结果 相似度、结果数量最大值等进行设置。TextQuery则为文本检索功能。文本检 索支持逻辑运算符连接及在特定领域内搜索。例如，在“dextromethorphan” 中检索混合物，可以键入“mixtures： dextromethorphan”，即用分号在后 面输入领域，同时可以加入逻辑运算符，例如，在“ dextrome thorpha n”和 “ doxylami ne ”2 个领域进行检索，可以键入“ mixtures:dextrometho
6、rpha n AND mixtures:doxylami ne ”。SeqSearch为用户提供了通过序列检索蛋白质的功能。Data Extractor是1 个组合检索工具。用户可以对DrugCard所包含的信息进行选择性的组合检索(1) Browse 按钮：Drug Browse、Category Browse、Ge no Browse、Reacti on Browse、 Pathway Browse、Class Browse、Target Browse；(2) Search 按钮：ChemQuery Structure Search、In terax In teracti on Searc
7、h、 Sequenee Search、Advaneed Search、MS Search、MS/MS Search、GC/MS Search、 1D NMR Search、2D NMR Search；(3) 其他 Tool 按钮：HMDB、T3DB、SMPDB、FooDB、PPT-DB、CSF、Serum Metabolome、CCDB、YMDB、BMDB、ECMDB、MarkerDB、BacMap、Ref-DB。 Drug Browse :小分子药物、生物技术药物、显示药物在DrugBank中的ID、药物名称、 分子量、化学式、化学结构、药物类型、治疗症状。Drugs :显示ID、药物名称、
8、治疗疾病Drugs and Targets :显示ID、药物名称、作用位点(靶标)、靶标类型总结：可以查找药物名称、分子量、化学式、分子结构、药物所属类型、靶标、靶标类型、 治疗疾病、代谢途径等，还可链接到相关网站。(较实用)lirDrug Browse :药名、分子量、化学式、化学结构、药物分类、药效。尺匕E B屈科K&白砸 Mpbhti DoMnuoi Abu - Halp CctuceUshfi. HLirarWui 一 IIk L1 WtiitsMTi 1 EjpanrnirisJDispbnq drugs 1 -25?11BK n EIP 23&.utii-l47n TB-S2.39
9、23叶呦离口4MAmw Q口wAnH-liy *n?r*5 Eejth卯Fr h- tn讨EkIHM Motion, nrwirwirfirtm-csESna伽価 Ehfli artirMwF 邮旳Geno Browse :药物名称，相互作用的基因/酶，SNP位点、等位基因名称、碱基变化、副 作用Bnwse - SnonzH CXwik49Hp - CotiCmCU?GenoBrowde SNP-ADR SHHAdverse Drug iReartons玉郢护我JR3 ShF-FX叩观询晴 reecikHit 1 -蛰 ort3 In i 如 科 2 Jl 4 Nldh 4jUwu口* m呻i
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12、 It 4Hf hh*Pathway Browse :可查看代谢通路PathwaysFtl! bji OjpILI rwncji Hicti 脂対彌牡rui B WariMd LPaflhiViayCarlHgorvDrut34OELh iwarvwY引 leWlIlB-lljMAElHPrugMlEnne-MtstfKnK-Chotasftn0H-EE7AJ-1 l.ai-aHTOfiOKY-PREGf-M-EhE-S 2fl-DiaHE nEFflfi) Dwk)adg Coniaet usOLSeancn如-Last*Classification Browse :药物分类L n- -S3
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