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1、计算机在生物学上的应用实验项目设置及要求一、 实验项目序号实 验 项 目 名 称实验学时每组人数实验类型开出要求1主要生物信息网站资源32综合必做2生物实验数据的计算机辅助处理32综合必做3蛋白质结构分析基础42综合必做4生物文献检索42综合必做合 计14二、 每项实验的内容和要求1.绪论及主要生物信息网站资源：了解相关生物信息学网站资源和主要应用软件。熟悉生物数据的分类，了解相关生物信息学网站资源和主要应用。通过上机，学习和了解生物信息学主流门户和网站资源上机实习作业：列出5个主要的中文或英文生物门户网站（包括网址、服务对象、提供的服务、主要功能、你的评价）。实验报告应包含以下表格所列出的内
2、容。门户网址服务对象提供的服务主要功能你的评价2.生物实验数据的计算机辅助处理：生物实验数据的获取；Excel，Origin辅助生物数据处理；电泳图谱分析。了解通过计算机获取生物实验数据的过程和特点；掌握Excel，Origin辅助生物数据处理的基本技能；掌握利用相关软件处理和分析蛋白质和DNA电泳图谱的基本技巧。通过上机，学习和掌握Excel，Origin软件辅助生物数据处理。上机实习作业：利用Excel计算本课Slide66的数据的Km，Vmax，比较同利用Orgin的计算结果。提示：将公式v=VmaxU/(Km+U)转换成线性表示方式计算。Uridine (uM)Uptake MeanC
3、ontrol Mean00053.95 2.17 108.24 2.09 2015.87 3.08 3018.37 2.55 5018.59 2.57 7519.69 2.83 12519.78 3.15 3.蛋白质结构分析基础：模拟蛋白质结构，显示和修改分子结构。熟悉通过蛋白质序列获取蛋白质一级结构的特点，预测二级结构，并结合同源分析的数据构建蛋白质拓扑学模型。利用专业软件显示和修改蛋白质分子结构。通过上机，学习利用专业软件RasMol软件显示和修改蛋白质分子结构。 上机实习作业：（1）下载和安装RasMol软件；（2）从PDB数据库查找和下载蛋白质的结构数据；（3）利用RasMol显示结构；（4）完成实验报告。4.生物文献检索：中文文献的检索-中国期刊网等；英文文献的检索-PubMed等；如何利用搜索引擎google和百度检索文献。掌握利用中国期刊网等进行中文文献检索的技巧；熟悉和利用PubMed等检索英文文献；利用搜索引擎google和百度检索文献。通过上机，搜索指定专题生物文献。上机实习作业：（1）设计和确定有关 “膜蛋白跨膜螺旋的研究”或有关“生物活性肽的研究和应用”的检索策略；（2）利用至少两种检索工具或文献库完成检索。
