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1、离子阱由于可以存贮所有从离子源产生进入阱中的离子,因此灵敏度很高；另外，离子阱的 特有功能是容易产生MSn,对分子的结构解析非常有用；离子阱质谱还非常容易用软件实现 全自动控制，人机接口非常简单。三维离子阱质谱的分析器由一对环形电极和两个呈双曲面 形的端盖电极组成（见图 1 。尺阴Ftm/amcnfat rf1三维离子阱的割面在环形电极上加基础射频电压（Fundemental rf）和直流电压；在端盖电极上 加交流补充电压。由离子源产生的离子，通过脉冲离子门进入离子阱，通过调节 射频电压和直流电压，离子可以稳定地存贮在离子阱中。阱中离子的数目可通过 自动增益控制（AGC）技术进行有效控制。阱中
2、离子数目太多，会引起空间电 荷效应，导致电场的扭曲和整体性能的下降。离子阱中一般充入1 mTorr的氦气， 它有两个作用，一是碰撞“冷却”降低初进入离子的动能，有效地捕获注入的离 子；二是作为碰撞气体，从而产生多级MS。一个离子是否可稳定地存贮在阱中， 取决于离子的荷质比，离子阱的大小（r），fundamental rf的谐振频率（）， 和环电极上的电压幅度（V）。离子行为的依赖性被描述为多维参数qz qz=4eV/mr22 公式图 2 显示了阱中离子“稳定区域图”，一个给定质荷比的离子将有一个 qz 值，若落在稳定区的边界内，离子就被稳定捕获。若qz值落在边界外，则该离 子会撞在电极上湮灭。
3、通过扫描射频电压值（即从低到高加射频电压值），可以 使阱中离子的轨道依次变得不稳定，因此可从低m/z到高m/z依次将离子甩出阱 外检测。对于高质量数m/z的离子，用扫描射频电压无法使离子轨道不稳定，这 时在端盖电极上加高幅的交流电压，如果交流电压频率与离子振荡频率一致，将 会产生共振，离子振荡的振幅随时间线性增加，当振幅足够大时，离子将甩出阱 外 结合这两种方式还可分离出特定m/z的离子，比如扫描范围为501500 m/z， 若想分离出m/z = 500的离子，则先扫描射频电压，使50499 m/z被甩出阱； 再依次改变交流电压频率，使5011500 m/z被甩出阱，这样就分离出m/z = 500 的离子。若在端盖电极上加低幅的交流电压信号，将使被分离出的离子产生共振 激发，与氦气碰撞，产生结构碎片信息。以肽分析为例，这个过程将引起沿肽骨 架的随机断裂，在质谱上获得丰富的氨基酸序列碎片。
