基因工程比较TALEN技术与ZFN技术

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1、重组锌指核酸酶(zinc-finger nucleases, ZFN)技术与转录激活因子样效应 蛋白核酸酶 (transcription activator-like effector nucleases, TALEN) 技术 是可以对基因组进行定点修饰的基因编辑技术,可精确地定位到基因组的某 一 位点上并剪断靶标 DA 片段从而插入新的基因片段,从而对原基因组进行“编 辑”。ZFN技术依赖于特异性识别并结合DNA的锌指蛋白和FokI核酸内切酶可剪 切结构域组成的融合蛋白,可切割特异DNA序列并引起DNA双链断裂(double- strand breaks, DSB), DSB激活细胞的DNA

2、修复机制,从而定点修饰 基因组。 TALEN是山转录激活因子样效应物(TALE)代替ZF与FokI核酸内切割 域组成的基 因编辑工具。一、 结构与原理ZFN技术中,锌指结构域通常III 3-6Cys=-His=型锌指单元审联而成,他们借 助一个Zf形成0 0 a构象,其中a螺旋中的-1, +3, +6位的三个氨基酸直接与 靶DNA的三联碱基相互作用。这三个残基中的任一残基的改变都会影响ZF对目 标碱基的识别。根据U的基因设计8-10个锌指结构域并与FokI结合可构成靶向 特定位点的ZFNs,在FokI切割域的二聚化作用下完成对口的基因的编辑。TALE蛋口包括三部分:端序列 C端序列、由高度保守

3、的重复单元组成的 中心重复区。每个重复单元中除12、13位氨基酸可变外其余儿乎相同,12、13位 的两个氨基酸被称为重复可变的双氨基酸残基 (repeat varible di-residues, RVDs)。RVD与A T C、G之间有着严格的对应关系,即NI-A: NG-T; HD-C; NN-Go构建TALE时,根据靶DNA序列变换RVDs并串联重复单元并与FokI切割结 构域结合,TALE与靶位点结合,二聚化的FokI对其进行切割,完成基因编辑操 作。二 ZFN TALEN异同点比较与ZFN相比,TALEN的优势是十分明显的。第一,TALEY简化了 ZFN复杂的 筛选过程,在简单的分子

4、克隆条件下就可构建出高效的TALEN;第二,TALEY结合 DNA序列更为严格,打靶效率高于ZFN:第三,TALEN降低了脱靶的可能性,从而 降低了对受体细胞的毒性。详细比较如下:2.1 共同点1. 二者均为人工改造的核酸内切酶,山特异性识别靶DNA的识别域和 非特异性剪切dsDNA的切割域,他们配合着行使功能,缺一不可。2. ZFN. TALEY 中的 FokI 是源于黃单胞杆菌的一种限制性核酸内切酶, 它只有形成二聚体时才对dsDNA具有剪切活性。3. FokI切割DNA后的修复机制相同:在两个靶位点之间剪切DNA,在 DSB处诱发DNA的同源重组修复机制和非同源末端连接修复机制,从而达到

5、 定点修饰。2. 2 不同点1. 开发时间:最早的ZFN出现在18年前,而TALEN技术才于2007年 问世。2. 靶DNA序列的识别:ZF结构域识别的是三联碱基,而TALEN结构域 识别的是某特定的核昔酸。例如:某蛋口包括两个锌指结构域,可识别六个 碱基;而当它包括两个TALEN结构域时即两个RVD,仅能识别两个碱基。此 夕卜,TALEN的RVD与碱基之间的对应关系与物种、细胞、DNA序列无关,并 且设计简单,成本低,与 ZFN 相比活性更高。3. 上下文依赖效应:ZFN在识别DNA序列时,重复氨基酸之间会产生相 互作用,也就是上下文依赖效应,从而使得识别的特异性发生了改变,影响 基因修饰效

6、率。还未见 TALEN 上下文依赖效应的相关报道。4. 对细胞的毒性效应:锌指酶切割DNA时易产生脱靶现象,对细胞产 生了毒副作用。 TALEY 脱靶情况较少,毒性小。例如:通过点对点地比较二 者对人细胞内源基因CCR5的删除效果,发现在效率大体相同的情况下,U 前实验数据显示TALE所产生的细胞毒性比ZFN小得多。5. 靶向基因序列长度:与ZFN相比,TALEN可以识别更长的靶基因 序列。三、存在的问题与展望口前,ZFN技术还存在以下困惑:锌指蛋口结构域与DNA结合的特异性、亲 和性有待提高;如何让解决ZFN的高效导入、可调控切、瞬时表达问题;ZFN对 细胞的潜在综合作用需进行综合评价,并对

7、引起的潜在免疫反应,尤其是针对于 源于细菌的 FokI 结构域的客观评价。同样地,TALEN技术还存在以下问题:设计识别20个碱基含有1000多个氨 基酸的TALEN蛋白,会引起机体的免疫应答,降低了其在细胞中的打靶效率; TALEN同样会产生脱靶的现象,可能由于细胞中染色体的状态引起,如TALEN技 术对于异染色质化的基因无效;TALEN技术的应用主要集中在基因敲除方面, 但是否适合大片段基因的插入尚不明确。ZFN、TALEN技术为人们定向改造基因提供了基础,但相关应用还处于初级 阶段,但他们在转基因动植物的研究方面尤其是TALEN技术在基因治疗上仍 然 显示出了巨大的应用价值。2012年 Science 在评述中把TALEN称为基因组的 “巡航导弹”,还大胆预测TALEN技术将成为所有分子生物学实验室都要掌握 的基本 实验技能。

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