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1、QuteMol是一个开源的分子可视化软件，其主要作用就是渲染PDB （Protein Database File, 蛋白质结构数据库文件，可以从PDB网站下载公共数据，也可自己创建）文件，给出高质 量的分子立体图片。下图中，左边是一般软件的渲染结果，右边是QuteMol的渲染结果。 可以看到QuteMol给出的图像更逼真，色彩饱满，光影对比鲜明。软件主页：http:/ 件 最 新 版 0.41， 直 接 下 载 地 址：http:/ 0.4.1.dmg作者编写 QuteMol所涉及的技术，在此论文内详细描述：http:/r.it/Publicati . inalVersionElec.pdf我
2、从PDB上下载蛋白1D3K（人类血清转铁蛋白）的PDB文件，用来说明QuteMol的常见用 法。首先看 QuteMol的主界面：左边正方形视图显示分子结构，右上方两个按钮，分别为打开文件及开始输出图片的命令。 我们在打开文件处选择所需要的PDB文件。右下方是主要的软件控制部分。Presets部分，主要是提供了若干种已经设定好的分子渲染效果，如图是其中的一部分。你 可以选择一个，看着比较满意后继续到Customize部分调整。Realistic1、2两种是最常用的了，也有一些外观抽象的。Geometry部分比较简单，主要是调整分子的显示方式和着色方式。显示方式可以显示球状、棍状和球棒结合状。可以
3、选择不显示PDB文件中的水分子数据。 需要注意的是，有些蛋白结构复杂，人们未曾完成结构指认，因此只有空间位置信息而没有 化学键信息。如果你选择棍状显示方式，可能发现蛋白变成了散开的小球，看不见化学键。 这就需要各位在科研中奋斗了 ORZ。着色方式主要有两种，分元素着色和分侧链着色，我这里的蛋白是单链的，就干脆分元素着 色了。如果按蛋白链着色的话，单个链的所有原子都会成为同一种颜色，不过下面有个选项 可以调整一下区别度，例如氢可以是深绿，碳变成浅绿。Customize部分。这个部分主要是调节光照效果和色彩效果，选项多不过一用便知。有个Halos效果可以给分子周围加上阴影，增强对比。有些地方按钮重
4、叠了，不过貌似也没 什么用，如果想试验，可以用键盘Tab键切换的办法把那个地方高亮然后操作就行了。QuteMol的一些基本窗口操作。鼠标左键按住移动：旋转视图。shift+左键或者滚轮：缩放视图。鼠标中键按住移动：平移视图（请把鼠标中键设置为普通中键而不要设置为Dashboard触发 键什么的）鼠标右键按住移动：调整光源照射的方向。当你最终觉得满意之后，就可以输出图像了。不过只能输出正方形的图像，最大2048*2048，建议大家用PNG格式，这样保留阴影和透 明信息便于接下来继续编辑。输出图像的时候，可以选择是否要抗锯齿和背景透明。如上，希望大家获得最终让自己满意的分子图像。杂项：1、QuteMol会在程序的相同目录创建一个qutemol.cfg文本文件，包含软件的配置。看着不习惯的可以用chflag命令把它隐藏了（方法搜索本坛）。2、对于某些太大的分子，QuteMol可能在转换球+棍显示方式的时候卡死。3、QuteMol仍然是Beta，有Bug不奇怪；我曾致信作者问他是否会继续开发，结果没有回 音。各位也许可以也发信问他看他是不是还做这个。毕竟SF上的讨论组还是活跃的。
