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1、第三章 基因表达的调控基因表达：DNA-mRNA-蛋白质的遗传信息传递过程 基因表达的调控第一节 基因的活化基因的“开关”-染色质的活化一、活性染色质的结构间期核染色质：异染色质（heterochromatin），高度压缩（不转录）；常染色质（euchromatin）,较为松散，常染色质中约 10%为活性染色质（更开放疏松）。活性染色质一非活性染色质二、活性染色质的结构特点（一）DNasel敏感性转录活性（或有潜在转录活性）的染色质对DNase I更敏感.DNase I 超敏感位点（DNase I HyperSensitive Sites, DHSS）（二）组蛋白H3的CySllO上巯基暴露，
2、三、活性染色质结构的形成（一）、核小体位相（Phased positioning）1 .核小体的旋转定位（rotational positioning）指核小体核心与DNA双螺旋在空间结构中的相互关系，主要包括DNA双螺旋的大沟 是面向还是背向核心结构. 2 .核小体的平移定位（translational positioning）指核小体与特定DNA序列的结合位置和方式，特别是转录活性相关的DNA调控元件 （启动子、增强子等）序列与核小体的相互位置关系。（二）、组蛋白修饰1. H1 组蛋白磷酸化 促进染色体包装，影响转录活性，2. 核心组蛋白修饰乙酰化：常发生在组蛋白的Lys, 一般活性染色质
3、是高度乙酰化的。（三）HMG蛋白结合HMG （high mobility group）蛋白一高迁移率蛋白，如 HMG14/HMG17. 与核小体核心颗粒结合，有利转录。四、DNA 甲基化与基因表达 .（一）、真核生物基因组DNA的甲基化（Methylation）哺乳动物基因组中5%的C为甲基化（m C），mC主要存在于CpG二核苷酸中.CpG二核苷酸序列常成簇聚集并零散地分布于人基因组中，形成CpG岛（CpG islands）.人 基因组中约每10Kb就有一个CpG岛.CpG岛常与基因相连（可作为寻找基因的标记）。（二）DNA甲基化的转录抑制作用。基因表达与甲基化呈负相关基因甲基化状态：1、高
4、度甲基化：基因为持续失活(如女性的一条X染色体；2、诱导去甲基化：如组织或发育阶段特异性表达基因；3、持续低水平甲基化：具有转录活性(如持家基因)。持家基因(housekeeping gene)：是指对所有类型组织细胞在任何时候都需要其表达的基 因，通常都是维持细胞基本生存所必须的基因，其表达常保持在固定的水平。又称为组成性 基因 (Constitutive gene)。(三) 甲基化与基因组印迹基因组印迹(genomic imprinting)：指基因表达活性只局限于来自双亲之一的基因版本。 被印迹(i mprinted)的基因.基因组印迹的机制-DNA咼度甲基化基因组印记与肿瘤.第二节 转
5、录水平的调控 转录水平的调控是基因表达调控中最重要的环节。一、真核基因转录基本条件： 特异性基因转录的基本条件包括： 启动子(特别是核心启动子) 转录模板(转录起始点(+1)-终止点) RNA Pol II 普通转录因子(GTFs)(一) 启动子(promoter)与基因转录启动有关的一组DNA序列，一般位于RNA poII转录起始点上游100-200bp 以内，其功能是决定转录的起始点和调控转录频率.启动子区域包括核心启动子和启动子上游近侧序列：1、核心启动子(core promoter)是决定转录起始位置的关键序列，也是普通转录因子TFIID的结合位点， TATA盒(TATA box)位于
6、转录起始点上游-25-30bp. 起始子(initiator, Inr) Inr是与转录起始位点重叠的短的较保守序列.注：不是所有基因都含有TATA盒或Inr序列.有的只有其中之一，有的两者都无. 这些核心启动子的序列和它们之间的间隔多变2、上游启动子元件(Upstream Promoter element， UPE)位于较上游(-30 -110bp),能较强影响转录起始的频率，如CAAT盒和GC盒.其中GC 盒是转录因子SPl的结合位点。(二) RNA聚合酶II负责真核生物蛋白编码基因的转录(产物mRNA)，有7-10个亚基，最大亚基的羧基末 端结构域(CTD)具有7个氨基酸(Tyr-Ser
7、-Pro-Thr-Ser-Pro-Set)的重复序列，其中有多个磷酸 化位点.CTD磷酸化对调控基因转录有重要作用.(三) 基础转录因子(basal transcription factor)真核基因转录除RNA聚合酶外还需要许多蛋白因子一转录因子参加，其中一些转录因子 是RNA聚合酶II转录起始必需的，并且可以维持基础水平的转录，因此称为基础转录因子 或普通转录因子(general transcription factor)1. RNA聚合酶II的普通转录因子(TF II)包括 TFIID,TFIIB,TFIIF, TFIIE, TFIIH, TFIIA 等.TFIID 是由 TATA 盒结
8、合蛋白（TATAbinding protein, TBP）和 8 种 TBP 协同因子（TBP associated factor, TAF）组成的复合物，TFIID可识别和结合核心启动子（TATA盒和Inr）；TFIIB的C端与TFIID和DNA的复合物结合，N-端与TFIIF协同作用募集RNA聚合酶 II,再加上TFIIE,TFIIH形成完整的转录复合物.TFIIH有蛋白激酶活性，可使RNA Pol最大亚基CTD磷酸化，使转录起始过渡到转录延 伸.TFIIA有助于TFIID与TATA盒核心启动子结合.2、TAF的作用TFIID中包括至少8种TBP协同因子，分子量为30250kD，分别命名为
9、TAFII-30250. TAFI1150识别起始子（lnr）序列.TAF是基因转录调控的辅助因子，它的作用是通过与多种转录调控因子（激活物或阻遏物） 的转录调控结构域结合,而介导转录激活或抑制。二、基因转录的顺式调控元件顺式调控元件（cis-regulating element）是指对基因表达有调控活性的DNA序列，其活性 只影响与其自身同处于一个DNA分子上的基因.顺式调控元件中的短核心序列：共有序列或一致序列（consensus sequence）0（一）启动子（promoter）（二）增强子（enhancer）能显著提高基因转录效率的一类顺式调控元件（其核心序列常为8-12bp）. 增
10、强子的作用特点：1. 能（通过启动子）提高同一条链上的靶基因转录速率；2. 增强子对同源基因或异源基因同样有效；3. 增强子的位置可在基因5-上游、基因内或3下游序列中；4. 自身没有5-或3-方向性；5. 增强子可远离转录起始点（最多 30Kb）；6. 增强子一般具有组织或细胞特异性.（三）负调控元件沉寂子负调控元件是能抑制基因表达的序列.如沉寂子（silencer）（四）其它顺式调控元件1 .应答元件（responsive elements） 真核细胞中对某些特定的环境作出应答的基因，常具有相同的顺式元件应答元件. 应答元件能被在一些特定情况下表达的调控因子识别 （又称为可诱导的顺式调控元
11、件反式作用因子）。2.转座元件对基因表达的调控，。三、基因转录的反式作用因子转录水平的调控主要是通过与多种DNA元件结合的蛋白因子来实现.反式作用因子（trans-acting factor）是通过识别和结合顺式调控元件的核心序列而调控靶基 因转录效率的一组蛋白质.反式作用因子对基因表达的调控可正（激话）可负（阻遏）. （一）反式作用因子的结构：结构域（domain）是指蛋白质中可以具有独立的超二级结构的部分。通常由一个基因外显子 编码，并可具有特定的功能。在较大的蛋白质中， 多个结构域间可通过较短的多肽柔性区 互相联接.基序(m otif)： 般指构成任何一种特征序列的基本结构.作为结构域中
12、的亚单元，其功能 是体现结构域的多种生物学作用1 反式作用因子的DNA结合结构域(DNA binding domain)中的几种常见基序： 螺旋/转角/螺旋(Helix-turn-helix,HTH)基序两段螺旋被一短的转角结构分开，其中一段螺旋为DNA识别螺旋.同源异形结构域(Homeodomain,由同源异形盒编码)中含有HTH基序。具有 Homeodomain的转录调控蛋白在胚胎发育和正常细胞分化的基因表达调节中有重要作用。 锌指(Zinc finger)基序由肽链的保守序列中的一对组氨酸加一对半胱氨酸(His2 / Cys2)或2对半胱氨酸(cys2 / cys2)与一个锌离子形成配位
13、键，这些氨基酸对之间的多肤链成环状突出并折迭成指形结构， 多个指结构常串联重复。锌指族转录因子以二聚体形式同DNA上的顺式调控元件结合。含锌指基序的转录因子：与GC盒结合的SP1、类固醇激素受体家族，抑癌蛋白WT1等。 亮氨酸拉链(Leucine-Zipper)基序由一段每隔6个a a就有一个Leu的伸展肽链组成，这些周期性出现的Leu都位于a 螺旋的同侧面，因此两条均含 Leu 拉链基序的蛋白质通过亮氨酸侧链的相互作用形成 二聚体。具有亮氨酸拉链基序的转录因子：原癌基因C-Jun/C-fos(APl家族) 螺旋-环-螺旋(Helix-loop-Helix, HLHt)基序.由2个a螺旋间隔一
14、个非螺旋的环(loop)组成.如原癌基因产物C-myc及其结合蛋白Max. 含HLH和Leu-拉链基序的转录因子的相似性： 均至少含有一个 a 螺旋，其中都有一侧亲水面和一侧疏水面，因此这两种基序又称为两 亲 a 螺旋基序. 两类转录因子均依靠a螺旋氨基端附近的碱性区(带正电荷aa区)与DNA结合，因此 又分别称为bzip和bHLH (b=basic，碱性) 两类转录因子活性都依赖于二聚体化2、反式激活结构域(Transactivation domain)是反式作用因子的转录调控结构域，一般由DNA结合结构域外的30-100个aa组成. 常见的反式激活域有以下几种： 酸性a 谨螺旋结构域(ac
15、idic a-Helix domain)如 Jun； 富含谷氨酰胺结构域(glutaminrich domain)如 SPl.富含脯氨酸的结构域(proline-rich domain) 0(二)反式作用因子家族 同一类序列特异性转录因子一般由基因家族编码，它们的蛋白结构同源，并结合特异的 顺式调控元件，这些蛋白组成一个反式作用因子家族。1. POU 家族这一家族中都有一个独特的DNA结合结构域-POIJ结构域.POU 结构域包括：N端POU特异结构域(POUs)+C端POU同源异形结构域(POUH).POU结构域是Pit1，octl / oct2和unc86等反式作用因子共有的保守区，因此这类蛋白统 称为 POU 结构域蛋白。2、类固醇激素受体家族包括：糖皮质激素受体(GR),性激素受体(ER/AR)，甲状素激素受体(TR)，维甲酸受体 (RAR), VitD3 受体(VD3R).这些受体位于胞质或核内，通过激活基因转录起作用.这些受体的DNA结合结构域都 含有2个Cys2 / Cys2型锌指基序，(分别由2个外显子编码)，可识别DNA上的激素应答元
