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1、摘要 随着核酸数据库不断发展以及数据库的建立，蛋白质序列、结构、功能不断引起人们 的重视，生命科学的研究中蛋白质的研究显得尤为重要，一系列的蛋白质序列数据随之产生， 数据库也在研究蛋白质的过程中有着不可或缺的地位。本文主要通过实验说明蛋白质序列数 据库PIR及蛋白质结构数据库PDB的使用方法，返回结果的含义，以及如何下载数据和批 量下载数据。、,- 、前言由于蛋白质序列测定技术先于 DNA 序列测定技术问世，蛋白质序列的搜集也早于 DNA 序列。蛋白质序列数据库的雏形可以追溯到 60 年代。 60 年代中期到 80 年代初， 美国 国 家 生物 医 学 研究基 金 会 (National Bi
2、omedical Research Foundation ， 简 称 NBRF)Dayhoff 领导的研究组将搜集到的蛋白质序列和结构信息以 “蛋白质序列和结构 地图集(Atlas of Protein Sequence and Structure)的形式发表，主要用来研究蛋白质的进 化关系。时至今日，国际上已建立了许多关于生物分子的数据库，主要包括基因组图谱数据库、 核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、蛋白质结构数据库、生物大分子结构数据库等。这些 数据库均为公共数据库，由特定的组织维护、以及发布相关序列信息，供生物研究学者使用， 称为生物研究中的必要工具之一，随着科学技术的发展，这些数据库不
3、断壮大，也为研究人 员提供了大量有用的数据。本文主要通过课程实验，展示蛋白质序列数据库PIR及蛋白质结构数据库PDB的相关 使用方法。本论蛋白质序列数据库PIR介绍1984年，“蛋白质信息资源(Protein Information Resource ,简称PIR)计划正式启动， 蛋白质序列数据库 PIR 也因此而诞生。与核酸序列数据库的国际合作相呼应， 1988 年， 美国的NBRF、日本的国际蛋白质信息数据库(Japanese International Protein Information Database，简称JIPID)和德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心(Munich Informa
4、tion Center for Protein Sequences，简称 MIPS)合作成立了 国际蛋白质信息中心(PIR-International), 共同收集和维护蛋白质序列数据库 PIR。PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)三维结构的数据 库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、 多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。随着晶体衍射技术的不 断改进，结构测定的速度和精度也逐步提高。 90 年代以来，随着多维核磁共振 溶液构象测定方法的成熟 ，使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可 能。蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。据200
5、0年5月统计，PDB数 据库中已经存放了 1万2千多套原子坐标，其中大部分为蛋白质，包括多肽和 病毒。此外，还有核酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子。近年来 ，核酸 三维结构测定进展迅速。PDB数据库中已经收集了 800多套核酸结构数据。PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR和NOT)进行 检索，可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、 来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。用户不仅可以得到生 物大分子的各种注释、坐标、三维图形、VAML等,并能从一系列指针连接到与 PDB 有关的数据库，包括 SCOP、CATH、Medline、EN
6、ZYME、SWISS-3DIMAGE 等。 可通过FTP下载PDB数据。所有的PDB文件均有压缩和非压缩版以适应用户 传输需要。PDB的电子公告版BBS和电子邮件兴趣小组(Mailing List)为用户 提供了交流经验和发布新闻的空间。在 PDB 的服务器上还提供与结构生物学 相关的多种免费软件如Rasmol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。PIR应用首页介绍：主要包含以下几项：1、About PIR：对网站历史、发展、及各类刊物的介绍；2、Database:包括 PIR-PSD、PIR-NREF、Uniprot 等数据库；3、Search/Analysis：对蛋白质
7、序列分析的多种途径；4、Download：网站提供的蛋白质下载；5、Surpport： 一些其他链接，包括支持等；6、其他一些与PIR相关的介绍链接；InForm-nton RcooLirccIHTEGH-ATED PdDTEIlM HP O RM ATE 匚RCSiaUR 匚 E： IFOR.GENOM3C. PR&ItOHtC AND SvSTfrMB UCOLOa* RE&EA4HPnot * UlwEai PiMvin F初wapICrvidH g 騒讨用 Nnivurih mlh 皆申由.z-irriraixiEl. Alhork比moma ftr pnAvi ikiimtk-iq
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10、ignment、Pairwise Alignment 等，以下以Text Search为例（其他与此类似，在此不详细介绍）：点击Text Search进入：主要包括选择数据库以及选择的领域等；T4nE SwriJt FCrWBEhI rhM 曽町iiHrii sldiiij1- KJbJL b dritdbHSE:SJPwCtaflB：MR5F2 Zz 3 het 3ncJ inMn Guery belBV：inRdd*Exenrle- UnFrrrfKBiRH537-IrrniDfeZ*inntJtFWL|5CQdEEWii.GL-CIJCrn*CM iv .-wet h)rfM parts
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