《Tassel 使用详细步骤》由会员分享，可在线阅读，更多相关《Tassel 使用详细步骤（2页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、Tassel 使用详细步骤1. 转换导入文件格式（性状） 注意文件格式要将exceI文件为.txt文件，注意文件开头格式11” U-LI ,I I -BCDELJs CHC Height. SC RWC DY FY2 抽吐乙* * 11.277 254. 053 &6. 42 0. 21 讥3 LL11LL342. 73317. 633 106. 55 TO. 9633 0-3&3C4 L7390L3.67 44.518 13243 133. 32 72.2D07仁5 20811552 54310.S53 61.94 67. 3067 C 06 211054523. 36310. 62 63.
2、 307 66. 3667 0 0.- 2L1606 4 29. 6 13. 265 165. 83 65- 555 0. D6 0. 51B 211607 2. 5 47.95 13.15 340 82. 6411 IX 479 2L16083.5 36.5Z5 1U, 15 283.5572. 095 Q-12510 2L1S09345. 313. 5324. 35 85. 03 0. 150. 57511 2L161034T. 319. 9193.7 TS- IE0. 1250. 591 991 nd9Li77fi7 R口 Fi Ad门1 1 Fi fi 12. 打开 tasseI 文件
3、导入 SNP 数据库 Data-Load-Ioad hapmap导入性状txt文件Data Load Load Numerical trait, oovariates, or factors3. 将SNP数据库进行filter-删除单态的和低覆盖度的位点：力加亮mdp_genotyp&即SNP数据文件），在菜单栏上单击FiterSites。把“MinimumFrequenc”设置 为 0.05、“MaximumFrequenc” 设置为 1.0, “MinimumCount设置为 150。单击Filter（过滤器） 来产生一个过滤了的基因型数据集。4.2. 性状选择;加亮表现型，单击菜单项Fi
4、lter - TraitSc除开花期DPOLL之外橋除所有的性状口确fflType类型被设置为Ehihi【数据人单击OK来产生一伞过谑的表现 型4. 合并数据：通过按住Ctrl键同时选择过滤后的SNP数据集和表型性状数据集。然 后单击菜单项Data - Intersect Join来产生一个合并的数据集，使表型与基因型一一对应。5. 关联分析：加亮合并的数据集然后单击菜单项Analysis - GLM来进行关联分析。两个 报告将被添加到数据树。GLM-statsmarker：对标记进行F检验的P值；单击“marker”将按照P值对表格排序。最小的P 值是3.5963x10-6。一个合理的显著性
5、阈值是1.9x10-5，它是在Bonferroni多重检验矫正之后 的5% （0.05/2559）。Bonferroni矫正中的分母是检验的SNPs的总数。该关联是显著的。 GLMgenotypesMLM-stats需要首先对snp数据库利用Analysis -下的kinship进行亲缘关系计算，计算后右侧matrix 处会出现相应centered的结果，通过按住Ctrl键同时选择过滤后的SNP数据集和表型 性状数据集然后单击菜单项Data - Intersect Join来产生一个合并的数据集，使表型与基 因型一一对应。然后利用Ctrl键同时选中“合并的数据集”以及centered,然后单击
6、菜 单项Analysis - MLM来进行关联分析。作图利用MLM分析结果中的MLM stat is tics结果绘图。点亮该结果选项，执行命令Results-Manhattan Plot，选择各性状，即可得到各性状所对应的Manhattan图。关联显著性判定：1. 点亮MLM分析结果中stat is tics执行命令Results-table，将结果另存为表格。打开保 存好的文件，对标记进行F检验的P值；单击“marker”将按照P值对表格排序。另列 一行，最小的P值赋值1,以此类推2,3,4.。一个合理的显著性阈值是（0.05*赋值/SNPs 总数），利用公示：原P值-（0.05*赋值/SNPs总数），所得值为负数，即表示SNP位点与 性状关联显著。2. 对标记进行F检验的P值；单击“marker”将按照P值对表格排序。一个合理的显著 阈值是在Bonferroni多重检验矫正之后的5%（0.05/SNPs总数）。Bonferroni矫正中的分母 是检验的SNPs的总数。利用公示：原P值-（0.05/SNPs总数），所得值为负数，即表示SNP 位点与性状关联显著。
