生物信息学 实验四 用 Clustal, MUSLCE 和 T-Coffee 进行多条序列比对试验四用Clustal, MUSLCE 和T-Coffee 进展多条序列比对打算工作FASTA序列“>”之后加上物种和序列名称，然后加空位，便利在多序列比对过程中分清每条序列分别来自哪个物种1 clustalX将上述序列文件用英文命名，且其中无空格，在D盘下建立一个用英文命名的文件夹并将序列文件放在其中点击起先－>程序－>clustalX2－>clustalX2点主菜单File－>Load Sequence-选择你刚保存的序列文件，点翻开设置两条序列、多序列比对及输出格式参数后：Alignment－>Alignment Parameters－>Pairwise Alignment Parameters；Alilgnment－>Alignment Parameters －>Multiple Alignment Parameters；Alignment－>Output Format Options1.1常规比对点击Aliglnment－>Do Complete Alignment。
此时出现一个对话框，提示比对结果保存的位置，在上一步选择了多少种输出格式，这里就会给出多少个文件的路径点OK 即可比对完毕后生成的aln文件是多条序列比对的结果，引荐用notepad++翻开阅读对应的是完全匹配的列，保守替换〔理化性质高度相像氨基酸之间的替换〕用：表示，有必须保守的替换用.表示，假如下方没有标识，说明这列为非保守替换生成的dnd文件是比对过程中利用NJ方法生成的进化树〔guide tree〕，可以用Figtree软件阅读1.2、迭代比对选择Alignment－>iteration－>iterate each alignment step〔或iterate final alignment〕，然后再点击Aliglnment－>Do Complete Alignment进展比对其生成的aln文件与常规比对的相同，但NJ树不相同，迭代比对NJ树的8、9单独聚为一个分枝，而常规比对8、9与a、b聚在一枝2、Clustal Omega2.1 网页版比对将保存的序列copy到STEP1下的文本框中，通过STEP2设置参数，最终Submit点击Phylogenetic Tree,查看网页版的NJ树2.2 单机版比对result.txt，用npp翻开3 Muscle alignment result点击起先－>运行－>输入CMD－>翻开DOS 窗口－>输入d: 到达D盘，然后输入cd d:\ruanjian\muscle到达MUSCLE 所在文件夹。
输入muscle.exe -in human_globins.fasta -out output.txt –clw吩咐，输出human_globins的多序列比对结果然后再对MAPK蛋白序列的进展多重比对，输入的吩咐为muscle.exe -in wjr.txt -out outputwjr.txt –clw注：〔新建一个muscle文件夹，将muscle〔名称改为muscle〕软件，human_globins序列和MAPK的蛋白质序列〔wjr〕放在一起〕按下列图吩咐进入muscle文件夹按下列图吩咐对human_globins序列进展多重比对按下列图吩咐对MAPK蛋白序列进展多重比对MAPK蛋白序列输出如下列图：共找到25个保守位点，26个保守替换位点保守位点氨基酸依次为：GV AKE LLHRD LKNLD FLTYP EDWGP4 T-coffee alignment resultMAPK的蛋白序列用T-coffee多重比对结果如下列图：共找到27个保守位点，30个保守替换位点保守氨基酸位点依次为：GV AKN LHRDL KNLDF LTYPE DWGLP RHT-coffee比对后用粉色高亮区对二级构造单元进展注释。
M-Coffee alignment resultMAPK的蛋白序列用M-coffee多重比对结果如下列图：共找到25个保守位点，26个保守替换位点保守氨基酸位点依次为：GV AK E LHRDL KNLDF LTYPE DWG-P - -M-coffee比对后也用粉色高亮区对二级构造单元进展注释对T-coffee和M-coffee比对结果进展比拟，除了第五个保守位点T-coffee是N，M-coffee为E，另外，T-coffee结果比M-coffee结果多出三个保守位点，三个保守位点均位于保守位点出现的末尾，M-coffee将两个连续空格〔分别为3个和两个连续字符〕插入放在了二级构造的内部，就这次比对来说，T-coffee将一个连续空格〔4个字符〕插入到二级构造内部本文来源：网络收集与整理，如有侵权，请联系作者删除，谢谢！第4页 共4页第 4 页 共 4 页第 4 页 共 4 页第 4 页 共 4 页第 4 页 共 4 页第 4 页 共 4 页第 4 页 共 4 页第 4 页 共 4 页第 4 页 共 4 页第 4 页 共 4 页第 4 页 共 4 页。
