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1、Phonopy 计算声子谱(2010-02-07 11:03)注明：numpy , numpy-dev matplotlib python-lxml python-yaml 其中 numpy 和 matplotlib 在安装vasputil（为了装 ase）已经安装过了。所有本人先找到 python-lxml-1.3.4-1.el5.rf.x86_64.rpm python-yaml-3.05-1.el5.rf.noarch.rpm 安装，装好以后便安装 phonopy,报错找不到 numpy 下的arrayobject.h，原来是找不到 numpy 的include,export CPPFL
2、AGS=-I/usr/lib64/python2.4/site-packages/numpy/core/include 顺便指定一下 lib export LDFLAGS=-L/usr/lib64/python2.4/site-packages/numpy/lib然后找到了，在编译 phonopy: python setup.py install -home,=有.一些警告，可能是没有安装 numpy-dev 的缘故，在网络上搜numpy-dev 包，居然没有。只有numpy-1.2.1-2.el5.src.rpm。郁闷，我的numpy 已经关联不能删除了，那还是用 src 包产生一个 num
3、py-devel 先。编译 src 时说少了 atlas-devel-3.8.3-1.el5.x86_64.rpm，还好有的下。装了atlas-devel-3.8.3-1.el5.x86_64.rpm 后，再： rpm -i numpy-1.2.1-2.el5.src.rpm 然后到/usr/src/redhat/SPECSrpmbuild bb numpy.spec 以为可以得到numpy-devel，到/usr/src/redhat/RPMS/x86_64 却没有。哎！可是到官网仔细看看却是不需要numpy-devel， 看来下来的介绍这点上有误，其余的都是正确的。 分类：Vasp 标签：
4、 - Phonopy 计算声子谱October 7, 2009Tags: Phonopy, Python1. Phonopy 简介Phonopy 是一个由 python 实现的的晶体声子分析程序。它是目前提供了 VASP 的 Wien2k 的接口用来计算原子受力。它的主要功能有：计算声子色散谱；计算声子态密度，包括分立态密度；声子热力学性质，包括自由能，热容量，焓；Phonopy 通过力常数的方法计算声子谱。力常数由计算原子在超晶胞中被移动后的受力得到(Parlinsk-Li-Kawasoe 方法)。同样类型的程序还有 phon, fropho, phonon. 其中 phonon 是商业软件
5、，卖的很贵，fropho 和phonopy 的代码其实都是来自于 phon, fropho 是为了代替 phon 而开发的，目的是为了使用 phon 更方便，phon 和 fropho 主要都是由 fortran 开发的，而现在 fropho 已经停止开发，由 python 开发的 phonopy 代替了 fropho, phonopy 在使用上更为方便，在计算量上更为减少。因为 phon, fropho 和 phonon 在移动原子位置时都是一次只移动一个原子的一个方向，而 phonopy 则可以一次移动一个原子的多个方向，所以和其它程序相比, phonopy 最多可以减少 2/3 的计算量
6、。2. Phonopy 的安装phonopy 主要由 python 开发，其中的找晶体空间群功能是由 C 语言(spglib)实现。在安装 phonopy时需要安装以下它所依赖的软件包：Python 的开发包numpy , numpy-dev matplotlibpython-lxml python-yaml如果是使用的 Ubuntu/Debian 系统只需：sudo aptitude install python-dev python-numpy python-matplotlib python-tk python-lxml python-yaml如果是 OpenSUSE 则可以去 http
7、:/software.opensuse.org/search 搜索下载安装相关软件包。去 下载 phonopy 的最新软件包.解压后进入 软件包的 c 目录，supython setup.py install编译安装所需要的 python 模块。将 PATH/phonopy-0.6.1 $PATH 里：比如： export PATH=/opt/phonopy-0.6.1:$PATH3. Phonopy 的简单使用下面我以 BC5 为例说明如何和 VASP 做接口计算声子谱：a, 建立超胞准备 POSCAR 文件单胞和原胞都可以准备 INPHON 文件ATOM_NAME = B C NDIM =
8、 2 2 1 LSUPER = .TRUE.简单说明：第一行为原子符号名 B C ，注意要和 POSCAR 中的顺序相同。第二行为要建的超胞的维数。第三行是指要建立移动原子的 POSCAR.然后输入命令：phonopy.py就会输出 DISP, POSCAR-* (001, 002, 003, )在本例出会输出 12 个 POSCAR-*, 依次为 POSCAR-001,POSCAR-012b, 计算力常数将这些 POSCAR-* 做 SCF, 将输出文件 vasprun.xml 保存下来。我的计算脚本为：#!/bin/shfor a in 01 02 03 04 05 06 07 08 09
9、 10 11 12docp POSCAR-0$a POSCAR/opt/intel/impi/3.1/bin64/mpiexec -n 8 /share/apps/vasp/bin/vaspmpi_mkl10_O1 out.vasp 2err.vasp &waitcp vasprun.xml vasprun.xml-0$a done我的 INCAR 为：SYSTEM = BC5PREC = Accurate ENCUT = 520 EDIFF = 1e-5 NSW = 0ISMEAR = 0SIGMA = 0.05 LCHARG = FALSE LWAVE = FALSE这样计算结束后会得到
10、vasprun.xml-001, , vasprun.xml-012 然后，执行命令：phonopy.py -f vasprun.xml-*就会得到文件 FORCES c, 得到声子谱有了文件 FORCES 后就可以计算声子谱了，这时将ATOM_NAME = B C NDIM = 2 2 1ND = 7NPOINTS = 51QI = 0.0 0.0 0.5 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0INPHON 改为以下内容：0.0 0.0 0.5 0.5 0.0 0.50.0 0.00.5 0.0 0.5QF = 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0
11、0.0 0.50.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.50.0 0.50.5 0.5 0.5简单说明：ND 是指有几条路径；NPOINTS 是指在每两个高对称性点间插入多少个点，包括边界；QI 和 QF 给出路径的起始和结束点。其中我用的 Q 点顺序为：0.0 0.0 0.5 Z0.00.50.5T0.00.50.0Y0.00.00.0G0.50.50.0S0.50.00.0X0.50.00.5U0.50.50.5R执行 命令phonopy.py -p即可画出声子谱， 如果执行 phonopy.py -p -s 即可将声子谱曲线保存为 PDF 文件。其中 声子谱的数据是以 yaml 格式保
12、存在 band.yaml 里的。如果你想用 Origin, Qtiplot, Xmgrace 等工具画图的话，可以用我写的 python 脚本，readband.py (http:/www.zhuli.name/file/readband.py) 将 band.yaml 转换一下，输出文件有两个 band.dat, qpoint.dat.其中 band.dat 是声子谱数据， qpoint.dat 是高对称性点的数据。以上只是 phonopy 的其本用法，如果要计算声子态度度和热力学性质的话可以参考 上的文档，还是比较简单的。我的计算结果:0Filed under:First Princple, Physics, linux by admin
