The Type II restriction systems typically contain individual restriction enzymes and modification enzymes encoded by separate genes. The Type II restriction enzymes typically recognize specific DNA sequences and cleave at constant positions at or close to that sequence to produce 5-phosphates and 3-hydroxyls. Usually they require Mg 2+ ions as a cofactor, although some have more exotic requirements. The methyltransferases usually recognize the same sequence although some are more promiscuous. Three types of DNA methyltransferases have been found as part of Type II R-M systems forming either C5-methylcytosine, N4-methylcytosine or N6-methyladenine.ApaI(类型:Type IIBamHI（类型:BglII（类型:EcoRI（类型:HindIII（类型:KpnI（类型:NcoI（类型:NdeI（类型:NheI（类型:NotI（类型:SacI（类型:restrictionen zyme）识别序列：5GGGCC9 3'restrictionen zyme）识别序列：5' G9ATCC 3'restrictionen zyme）识别序列：5' A9ATCT 3'restrictionen zyme）识别序列：5' GAAATTC 3'restrictionen zyme)识别序列：5' AAAGCTT 3'restrictionen zyme)识别序列：5' GGTAC9 3'restrictionen zyme)识别序列：5' C9ATGG 3'restrictionen zyme)识别序列：5' CAATATG 3'restrictionen zyme)识别序列：5' G9TAGC 3'restrictionen zyme)识别序列：5' GC9GCCGC 3'restrictionen zyme)识别序列：5' GAGCT9 3'TypeIITypeIITypeII识别序列:)Type IIType IIType IIType IIType IIType IIType IISalI（类型:Type II restriction enzyme5' GTCGAC 3'SphI（类型:Type II restriction enzyme识别序列:5' GCATG9 3'XbaI（类型:Type II restriction enzyme识别序列:5' T9TAGA 3'XhoI（类型:Type II restriction enzyme识别序列:5' CATCGAG 3'当然，上面总结的这些肯定不全，要查找更多内切酶的识别序列，你还可以选择下面几种方法:1.查你所使用的内切酶的公司的目录或者网站；NEB网站上提供的识别序列图表 下载2.用软件如：Primer Premier5.0或Bioedit等，这些软件均提供了内切酶识别序列的信息;3.推荐到 NEB 的 REBASE 数据库去查（网址：）当你设计好引物，添加上了内切酶识别序列，下一步或许是添加保护碱基了，可以参考：NEB公司网站提供的保护碱基参考表下载NEB公司网站上关于设计PCR引物保护碱基的参考双酶切 buffer 的选择（MBI、罗氏、NEB、Promega、Takara）这里再给大家推荐一种新的不需要连接反应的分子克隆方法，优点包括：① 设计引物不必考虑选择什么酶切位点；② 不必考虑保护碱基的问题；③ 不必每次都选择合适的酶来酶切质粒制备载体；④ 而且不需要DNA连接酶；⑤ 假阳性几率低（因为没有连接反应这一步，载体自连的问题没有了）。
另外，还有一个经济问题：如果一次性制备一批载体（小提一次质粒约80MD，并将之线性化（可 双酶切亦可单酶切），然后每次做分子克隆实验时用一点，大约可以做约40次转化，管上一年没问题，呵 呵。