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1、 vasp 安装 2015 王晶晶王晶晶 四川大学物理研究所 二一五年五月 1 第一步第一步 准备准备 VASP 相关安装包相关安装包 intel fortran xe 2013 for linux(parallel_studio_xe_2013_update2.tgz 及授权文件) openmpi-1.8.5.tar.gz fftw-3.3.4.tar.gz GotoBlas2-1.13.tar.gz Vasp5.3.5.tar.gz 2 第二步第二步 系统环境包安装系统环境包安装 以 ubuntu 为例，下述软件自行安装 sudo apt-get install build-essenti
2、al sudo apt-get install gcc-multilib sudo apt-get install libstdc+5 sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless 以下为 12.04 系统默认自带，建议检查，使用 g+ -v 之类的代码；注意 gcc 和 g+ 的版本应一致 sudo apt-get install g+ 参考: 以下视情况安装。 #安装 amd64 版本的编译器也需要一些 32 位库支持，使用命令安装： sudo apt-get install ia32-libs sudo apt-get install lib32
3、stdc+6 sudo apt-get install libc6-dev-i386 sudo apt-get install g+-multilib 3 第三步第三步 安装安装 inter fortran compiler 2013 1. 默认解压所有安装包到用户目录 cd /software 2. 解压：tar zxvf parallel_studio_xe_2013_update2.tgz 3. cd parallel_studio_xe_2013_update2/ 4. 执行./install.sh，出现安装信息，根据以下几步操作 5. Press “Enter“ key to con
4、tinue or “q“ to quit: 6. Do you agree to be bound by the terms and conditions of this license agreement? Type “accept“ to continue or “decline“ to back to the previous menu: accept 7. Please type a selection or press “Enter“ to accept default choice 1: 3 8. Please type a selection or press “Enter“ t
5、o accept default choice 1: 2 9. Please type the full path to your license file(s): /home/wjj/software/ parallel_studio_xe_2013_update2/授权文件名.lic 10. Press “Enter“ key to continue: 回车 11. Please type a selection or press “Enter“ to accept default choice 1: 回车 12. 这一步说要覆盖原有的/opt/intel，直接 enter 13. Pre
6、ss “Enter“ key to continue 继续 14. Please type a selection or press “Enter“ to accept default choice q: 回车 安装完毕 ifort 安装在/opt/intel/composer_xe_2013.2.146 目录下 设置环境变量 1、vi /.bashrc 在最后插入 source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/bin/mklvars.sh intel64 (如果是
7、 32 位机，intel64 替换为 ia32) 2、source /.bashrc验证：输入 which ifort 显示路径则为成功 4 第四步第四步 安装安装 fftw （奔腾 4 以上机子可以提速，具体请自行测试；这里提供安装方法，也可不用，vasp 中已包含 fft) 1. 下载 http:/www.fftw.org/ 2. 解压：tar zxvf fftw-3.3.4.tar.gz 3. cd fftw-3.3.4/ 4. ./configure -prefix=/software/fftw (fftw 目录需要提前建立) 5. make 6. make install 参考： h
8、ttp:/wangzongguo122.blog.163.c . 122012111393011404/ 5 第五步第五步 安装安装 openmpi 1. 下载 http:/www.open-mpi.org/software/ompi/v1.8/ 2. 解压 tar zxvf openmpi-1.8.5.tar.gz 3. cd openmpi-1.8.5/ 4. ./configure -prefix=/home/wjj/software/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort （若不加 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=
9、ifort ，则用 gcc 编译） （openmpi 目录需要提前创建） 5. make all install 设置环境变量 1. vi /.bashrc 2. 在最后加入以下内容 export PATH=$PATH:/home/wjj/software/openmpi/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/wjj/sofware/openmpi/lib export MANPAH=$MANPATH:/home/wjj/software/openmpi/share/man 3. source /.bashrc 检验： 1. $ec
10、ho $PATH $echo $LD_LIBRARY_PATH 结果中显示有刚才的 bin 和 lib 路径则为配置成功 2. which mpirun 显示路径则成功 3. 切换到普通账户，以免提示 root 账户会修改系统文件的问题 cd /home/wjj/software/ openmpi-1.8.5/examples make mpirun -np 2 hello_c （2 为双核） 应出现： Hello, world, I am 0 of 2 Hello, world, I am 1 of 2 参考： 6 第六步第六步 安装安装 GotoBLAS2 1. 解压：tar -zxvf
11、GotoBLAS2-1.13.tar.gz 2. 进入目录执行：./quickbuild.64bit 3. 若出现如下： /kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:192: Error: undefined symbol RPREFETCHSIZE in operation /kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:193: Error: undefined symbol RPREFETCHSIZE in operation /kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:194: Error: undefined symbol RPREFETC
12、HSIZE in operation /kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:195: Error: undefined symbol RPREFETCHSIZE in operation 则执行： gmake clean make BINARY=64 TARGET=NEHALEM 出现以上错误的原因为，cpu 太新，配置文件不识别，需要重新指定一下 CPU 类型 7 第七步第七步 安装安装 vasp5.3.5 1. 解压 tar zxvf vasp5.3.5.tar.gz 得到 vasp5.3.5 和 vasp5.lib 文件夹 2. cd vasp5.lib/ 3. 修
13、改 makefile.linux_ifc_P4 FC=ifc 改为 FC=ifort FFLAGS = -O0 -FI 改为 FFLAGS = -O2 FI 4. cp makefile.linux_ifc_P4 makefile 5. make（成功应生成 libdmy.a) 6. cd vasp5.3.5/ 7. 修改 makefile.linux_ifc_P4 FC=ifort OFLAG=-O2 xHost BLAS= -L/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.11.339/mkl/lib/intel64 - lmkl_intel_lp64 -lmkl_cor
14、e -lmkl_sequential lpthread LAPACK= $(MKL_PATH)/libmkl_intel_lp64.a FC=mpif90 去掉以下代码的# CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=“LinuxIFC“ -DIFC -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collective -DscaLAPACK -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV BLAS= /opt/GotoBLAS2/libgoto2.a LAPACK= -L/opt/intel/c
15、omposer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 - lmkl_core -lmkl_sequential -lpthread SCA= /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_openm pi_lp64.a 8. 若用 vasp 自带的 fft: FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o 若用 fftw:FF3D= fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /home/wjj/software/fftw/lib/libfftw3.a 8 9. 把 fftw-3.3.4/api/fftw3.f 拷贝到 VASP.5.3.5 文件夹下 10. 在 vasp5.3.5 目录中， cp makefile.linux_ifc_P4 makefile 11. make（成功应生成名为 vasp 的可执行程序) 安装完成
