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1、LightCycler480 Software 1.5软件操作(中文版) 第一部分 基本界面及图标概述:一、 Overview界面 Exit:关闭LC480软件 Log off:从目前使用的数据库中退出并可登陆其他的数据库 Overview:点击该图标进入“Overview”界面 Navigator:点击该图标进入“Navigator”界面,可进行数据的导入导出等操作,详见。 Save:点击该图标进行保存 Export:导出当前打开的文件 Close: 关闭当前打开的文件 Print: 打印当前打开的窗口 Tools:打开“Tools”界面,可进行密码修改,建立和编辑用户,系统设置,查看数据库
2、状态、仪器状态、滤光片组合等操作 Help:查看软件版本,操作说明书等二、New Experiment 界面 Run Module:编辑、运行或查看PCR程序及查看PCR实时数据 Subset Editor:点击该模块后可进行子集的编辑 Sample Editor:点击后进行样品信息的编辑 Analysis Module: 点击进行结果分析或查看已保存的分析结果 Report Module:选择需要的内容以报告的形式给出结果 Summary Module : 查看实验的总体概况,包括实验名称,所用的程序,检测模式,滤光片组合等。概况的内容由系统自动生成三、Navigator 界面 Import
3、:导入一个文件 Export:导出一个文件 Batch Import:导入一批数据 Batch Export:导出一批数据 New:新建一个实验或文件夹 New Folder:新建一个文件夹 Open:打开一个文件 Rename:重命名 Delete:删除选中的目标 Copy: 拷贝选中的目标Note:所有上述图标在深蓝色时为激活状态,灰色时为灭活状态也就是不可用状态。各图标的功能在不同状态下以颜色来区分是否具备。软件操作一打开软件 打开电脑,Windows操作系统的用户名为operator,密码为LC480(区分大小写),电脑操作系统启动完毕,检查电脑右下角是否有图标。如果没有,点击桌面“E
4、xor4 for XDMS_R”快捷方式文件。然后右键点击图标,左键点击“Show”一栏,如最后一句话显示“Exor 4 server is running”表示数据库加载成功。如果显示“Exor 4 failed to start”则表示数据库没有加载上,关闭该窗口,右键点击图标,选“Shutdown”一栏,退出数据库,重新点击桌面“Exor4 for XDMS_T”文件,加载数据库。 然后点击桌面“LightCycler480 Software”快捷方式文件,运行该软件。输入用户名和密码。用户名默认为admin(管理者权限),密码为LightCycler480(区分大小写)或Master1
5、,如用户已经建立新用户名,则可以按照新用户名登录。二用户管理为了实验结果的有效管理,可以建立不同级别的用户。如: 标准用户(Standard User)、专业用户(Expert User)、管理者(Local Administrator)。一般实验室建议建立专业用户(Expert User)用户名,然后以该用户名登录软件进行实验操作。 建立新用户操作:打开LightCycler480 操作软件,点击右侧按钮打开“Tools”工具栏,选择“User Access/Users and Groups”选项。在右边窗口中点击“New User”键,在右边“Enter the users full na
6、me”一栏中填写用户的全名,在“”Enter the name the user wants to log in as”一栏填写用户登录名,在“Enter the users password”一栏中输入密码(密码须含有6个以上字母,1个以上数字,其中有至少一个字母大写),在“Confirm the password”一栏中重新输入一次密码,加以确认,在“Select the users role”一栏中选择用户级别,然后点击右下方“Close”按钮加以确认。 在 “Tools”工具栏中的“System Settings”界面中可以设置各用户级的权限,以及密码的时效。三仪器自检每次开机时,仪器
7、会自动进行初始化自检程序。自检通过,仪器左侧指示灯变绿。如放置了样本,仪器右侧指示灯变绿。在自检时,不能放置反应板,否则自检无法通过。四建立实验程序 打开LightCycler480 操作软件,成功登录后点击按钮,进入New Experiment/Run Protocol程序设置界面。在“Detection Format”一栏中选择所使用的荧光检测技术,可选择各类探针和染料,如常见的SYBR Green I染料、Mono Color Hydrolysis Probe单色TaqMan水解探针、Multi Color Hydrolysis Probe多色TaqMan水解探针。在进行多色荧光PCR实
8、验时,须点击按钮选择用户所采用的荧光检测通道,点击“”确认。 在一栏中填写反应体积。在“Programs”界面中设置实验程序:在“Program Name”下方命名程序,“Cycles”一栏内填写该程序的循环数,在“Analysis Mode”一栏选择该程序的分析模式。定量分析选择“Quantification”,溶解曲线分析选择“Melting Curves”,颜色补偿实验选择“Color Compensation”。而后在“Temperature Targets”界面内设置所指定程序的内容,在“Target()”处填写目标温度,“Acquisition Mode”处选择信号采集方式,“Ho
9、ld”一栏填写该温度所持续的时间,“Ramp Rate(/s)”处填写升降温速率(注:如目标温度为50以下时,为了减少硬件的损耗,必须将降温速率调至1.5/s以下)。如一个程序有多个步骤,则在Temperature Targets界面的左侧处点击,增加步骤;也可点击上下箭头调整各步骤的先后顺序。如一个实验中有多个程序,也可在“Programs”界面左侧点击,增加程序,也可点击上下箭头调整各程序的先后顺序。实验程度设置完成后,在下方“Overview”界面内会自动生成温度随时间变化的温控曲线,以及估计的运行时间,绿色点表示采集荧光信号的温度和时间点。可以依照该图检查一下程度设置是否正确。设置好的
10、实验程序可以保存成模板文件,下次使用同样的实验程序时可以调用。具体操作如下:点击按钮右侧的下拉箭头,选中“Save As Template”选项,系统默认将实验程序模板文件保存在所登录的用户名下“Templates”目录中,用户可将其存放在其下的子目录“Run Templates”下,填写该程序模板文件的名称,点击“”按钮即完成保存。调用模板程序时可点击“Apply Template”按钮,从目录树中选定所要调用的模板,点击“”按钮确认。五样本设置1、样本亚组编辑:LightCycler480软件拥有一个独特的样本编辑管理功能亚组编辑(Subset Editor),即将反应板上所有的样本根据用
11、户需要分成亚组,对亚组进行独立地分析定量。具体操作如下: 在“New Experiment”界面中,点击左侧按钮,进入Subset设置界面,点击按钮新建亚组,并给其命名。点击按钮可复制所选定的亚组,点击按钮可更改所选定亚组的名称,点击“Delete”按钮可删除所选定的亚组。设置亚组:在Subsets界面中选定要设置的亚组名,在右边反应板孔位处选定该亚组所包含的孔位,使所选定的孔位中都出现深兰色凹陷的,点击下方按钮加以确认。设置亚组可以在一块反应板上实现多个检测项目的实验,前提是这些检测项目的实验运行程序都一致(这在使用TaqMan水解探针时比较容易实现),由于各检测项目均有各自的质控对照,因而
12、,设定亚组可以单独对各检测项目进行分析。2样本属性编辑点击New Experiment界面左侧按钮设置样本信息。在“Workflow”一栏在选择实验方案:Abs Quant:绝对定量或定性分析;Rel Quant:相对定量;Scanning:基因扫描;Color Comp:颜色补偿;Tm:熔解温度检测;Melt Geno:熔解曲线法基因分型;Endpt Geno:终点法基因分型。 在Select Samples/Subset选项中选定待编辑的样本亚组: 在界面右方编辑各样本的名称属性等:Pos:样本在96孔板或384孔板上的座标位置;Repl Of:重复样本设置;Sample Name:样本名
13、称;Quantification Sample Type:定量样本类型;Concentration:浓度;Target Name:检测类型。 在进行绝对定量检测实验时,参与实验的样本有标准品(一般4至5个)、阴性对照、阳性对照、未知样本。各样本的名称可参考以上“Sample Name”中的命名习惯(STD表示标准品、NC表示阴性对照、Positive表示阳性对照、Sample表示待检测的未知样本),也可以自行编辑。 在“Quantification Sample Type”一栏内需要对各样本的类型进行明确地编辑(标准品选Standard类型、阴性对照选Negative Control类型、阳性
14、对照选Positive Control类型、未知样本选Unknown类型),此外标准品系已知浓度的阳性样本,其设定为Standard类型后还需在Concentration一栏中对各标准品分别设定其相应的浓度,以及在Abs Quant/Units填写框中填写相应的浓度单位,如copies、pg等。 在Target Name一栏中可以填写该检测实验所要检测的指标,如乙肝病毒、禽流感病毒、沙门氏菌等。 如在实验中需要设置重复样本的,可在Repl Of一栏中填写该样本其所重复的样本的座标号(注意,只能填写座标号,不能填写样本名)。 如进行的是多色荧光PCR检测实验,则在Select Filter Co
15、mbinations一栏中选定各检测通道,分别进行样本编辑。 在进行定性检测实验时,参与实验的样本有阴性对照、阳性对照、未知样本。设置相应较简单,可参考以下设置六运行实验实验程序和样本均设置完毕后,即可运行实验,具体操作:进入“New Experiment”界面,点击左侧按钮,如反应板已经放入仪器,仪器主机正面右侧的LED灯会由桔黄色变为绿色,软件界面右下边的这时点击“Start Run”按钮,软件界面跳出一对话框提示用户给该实验文件命名,以保存实验结果。一般建设用户以时间命名,以方便日后查找实验结果,如20080816-HBV-1,20080817-AIV-2等。命名后点击确认键,仪器就开始运行了,在运行过