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1、1.Promoter Predictionhttp:/www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html2. PlantCARE（plantcis-acting regulatory elements）, a database of plantcis-acting regulatory elements http:/bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/3. promoter 2.0 prediction server http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/4
2、.启动子分析网址:1 http:/www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html2 http:/alggen.lsi.upc.es/recerca/menu_recerca.html3 http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/4 http:/darwin.nmsu.edu/molb470/ . s/solorz/index.html5 http:/www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/http:/bip.weizmann.ac.il/toolbo . ters.html#database
3、shttp:/www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.htmlhttp:/sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htmhttp:/www.gene- 属！进入后即可看到该基因的详细条目，别眼花，就点击右侧link栏的Map viewer链接，进入即可看到该基因在染色体上的形象定位，鼠标悬停在基因的起始位点时，即可在浏览器下方的状态栏中显示该位点在染色体上的明确定位， 比如110997788，结合给出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概确定该启动子在基因组中的大概定位，即 110778899
4、-110997788；第二步搞清楚基因组状态，我没搞太清楚，不过其中给的一个链接来查出启动子所在克隆（查出克隆号可以购买）http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/该链接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist；第三步搜索启动子，其中可以用启动子数据库和启动子预测软件，当然如果启动子数据库中有最好，但很失望给出的数据库均不能查到！只好用启动子预测软件，使用了几个在线预测工具后觉得下面这个速度贼快，推荐http:/www.cbs.dtu.dk/services/Prom
5、oter/我把该基因的dna序列submit之后返回了很多个PolII识别位点，到底哪个是呢？我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近，所以在这个dna序列 中定位翻译起始位点即可找到最近的Highly likely prediction，那么怎么定位呢？利用blast2这个利器，只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok，正好在翻译起始位点上游几百bp有个 识别位点，ok！启动子序列就是翻译起始位点上游大概1kb长度的序列了！直接用ensemble数据库的话，可以直接知道基因外显子和起始位点的位置，然后直接可以查到之前的序列，再选3k-4k的长度预测就比较方便了。启动子及转录因子结合位点数据
6、库及预测工具(2009-05-14 23:54:56) 转载忽然感觉很GUILTY的，BLOG里竟然不放一点点和研究有关的重要工具。换了电脑之后才发现，很多有用的链接都没有COPY下来，于是，从头开始做吧。这是Andrew给我的他的PAPER里的有关转录因子结合位点的数据库，还有其他网友整理的，都很有用，这个星期有空再核下几个重要基因的SNP。PROMOTER FINDING AND ANALYSIS PROGRAMS ON THE INTERNET-TRANSPLORER (TRANScription exPLORER)Dnanalyze (TF mapping)Dragon Promote
7、r Finder 1.2 (TSS finder and promoter region analysis)FunSiteP 2.1HCtata (TATA signal prediction)McPromoter Ver.3MatInspector (Search for TF binding sites)ModelGenerator and ModelInspectorNNPP2.1 (TSS finder)PromoterInspector (Strand non-specific promoter region finder)Promoter2.0 (TSS finder)Promot
8、er Scan II (Promoter region prediction)RGSiteScanSignal Scan (Search for Eukaryotic Transcriptional Elements)TESS (Search for Transcription Elements)TFSEARCH (Predicts TF binding sites based on TRANSFAC data)TRANSFAC (TF database and a number of associated programs)TSSG and TSSWPROMOTER 2.0 http:/ww
9、w.cbs.dtu.dk/services/Promoter/通常确定启动子的算法可以分成两种,一种根据启动子区各种转录信号,如TATA 盒、CCAAT 盒,结合对这些保守信号及信号间保守的空间排列顺序的识别进行预测。如PROMOTER 2.0, 用神经网络方法确定TATA 盒、CCAAT盒、加帽位点(cap site) 和GC 盒(GCbox) 的位置和距离, 识别含TATA 盒的启动子。PROMOTER SCAN http:/thr.cit.nih.gov/molbio/proscan/根据转录因子结合部位在基因组中分布的不平衡性,将转录因子结合部位分布密度与TATA 盒的权重矩阵(wei
10、ght matrix) 结合起来,从基因组DNA中识别出启动子区3 。但上述程序预测的假阳性率较高,PROMOTER 210 每23kb 出现一个假阳性;PRO2MOTER SCAN 平均每19kb 出现一个假阳性。PromoterInspector http:/www.genomatix.de/products/PromoterInspector/PromoterInspector2.html另一种方法根据启动子区序列的特征进行预测。Promo2terInspector 从一组训练序列中提取出启动子区的环境特征,并将外显子、内含子和3端非翻译区的特征与启动子区加以区分,从而在基因组中确定启动
11、子位置FirstEF http:/rulai.cshl.org/tools/FirstEF/近来还有一些程序将上述方法与CpG 岛(CpG islands) 信息相结合。CpG岛是一段200 bp 或更长的DNA 序列,核苷酸G + C 的含量较高,并且CpG双核苷酸的出现频率占G+ C 含量的50 %以上。许多脊椎动物的启动子区都与CpG岛的位置重合。FirstEF ( http :/ / rulai1cshl1org/ tools/ FirstEF/ ) 搜索通过5UTR 定位技术构建的第一外显子数据库,识别第一剪切点(first splicing donor site) ,结合CpG 岛
12、信息,确定启动子区。这种方法使预测的敏感性和特异性都明显提高。该程序预测含CpG岛的启动子的敏感性和特异性都高于90 % ,预测不含CpG岛的启动子的精确性相对略低。TRRD 数据库 http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ 收录了真核基因调控区结构和基因表达方式的信息,每个条目对应一个基因。应用权重矩阵数据库搜索转录因子结合部位的程序包括SIGNAL SCAN http:/thr.cit.nih.gov/molbio/signal/MatInspector http:/www.genomatix.de/products/index.html转录因子搜
