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1、关于关于 Chromas 使用说明使用说明 Chromas 应用程序可以用来查看和编辑 DNA 的峰形图，图谱文件一般为 SCF 格式 (*.scf)，您一般所收到的 email 和测序报告的磁盘中的图谱文件一般都是 SCF 格式的，此软 件的主要使用方法如下： 打开 email 后，把附件中的所有文件保存到硬盘，先阅读使用说明，然后运行 Chromas 补丁文件，接着双击打开 Chromas 应用程序，图 1 为打开 Chromas 后的程序界面。 图 1 1. 点击菜单栏上的“File”中的“Open”或点击工具栏上的“Open”按钮，打开文件。 如图 2，找到您存放 email 结果的目
2、录，选中一个图谱文件（在此以图谱 A 为例） 。 图 2 2. 打开了图谱文件以后，窗口内显示的是测序结果的峰形图。 如图 3。由于测序仪器或其它一些原因测序结果会有一些误差。 双脱氧终止法测序是从引物 3端之后第一个碱基开始测序，没有测序的引物序列。 测序时，由于荧光染料的干扰，测序结果在引物 3端后面的 10 至 30 个，严重时可能达 到 70 个以上碱基不一定能够准确判读， 需你根据自己的已知序列信息及测序彩图作出判断。 如图在第一个位置处漏读了一个 A，在第五和第六个碱基中间，测序仪漏读了一个 A 碱基，第二个碱基测序仪把 C 和 A 两个碱基误读为一个 N 值等。由于染料单体的干扰
3、和迁 移率的原因， 这些问题较多的发生在序列的起始的部分。 这些机器造成的错误可以人为的把 其校正修改过来。图 4 为修改后的序列图谱。 但并不是所有的 N 值都可以校正，在此以 PCR 样品的 B 序列图谱为例，如图 5，此序 列在 79bp 后许多地方有 N 值，由于样品突变的原因，该序列中明显包含两种模板，因此有 两套峰，这些 N 值是不能正确校正的，只能将该样品进行克隆后进行测序。 由于测序胶体迁移率的原因， 一般的样品在 500bp 后峰形会有所变差， 这样只能根据峰 形作适当的修改，随着往后的峰形越差，能辨别的程度也就越低，若要确切的知道后面的序 列，建议根据情况加测反应。 要提醒
4、的是，校正碱基一定要根据峰形来作适当的校正，一个峰对应一个碱基，不可盲 目修改。 图 3 图 4 图 5 3. 可以选取菜单栏上的 “Edit” 中的 “Copy Sequence” 下的命令来复制整个序列，“Plain Text” 可把序列复制为纯文本形式， “FASTA Format”可把序列复制为 FASTA 格式，然后把内容 粘贴到文本编辑器中，如记事本，如图 6。 图 6 4. 可选取菜单栏上的“Edit”中的“Reverse Complement”来给序列做反向互补，如图 7。 图 7 另外，还可以选取“File”中的“Export”或直接单击工具栏上的“Export”按钮来导出 文件，导出文件时可以选三种不同的格式： “Line” 、 “Formatted Text” 、 “FASTA” 。如图 8。 导出后的文件 SEQ 格式，即我们 email 给您的结果中的序列文件。 图 8
