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1、FastDNA 土壤样品提取试剂盒-上海金畔一、金畔生物介绍上海金畔生物科技有限公司提供生命科学研究领域系列产品，包括色谱标准品、生化试剂、诊断试剂、实验耗材和仪器。标准品和试剂包括分子质量测量标准品、固体标准品、液体标准品、修饰性 PEG 等。免疫诊断试剂包括酶、单克隆抗体、多克隆抗体和 ELisa 试剂盒等多种产品。耗材和仪器包括培养基、移液器、动物饲料、离心机等实验室常用仪器耗材。因此我们拥有广泛的客户群，覆盖药物分析、食品安全、聚合物分析、环境监测、物化工程和生物制药等领域，主要客户广泛分布于食品、制药、政府机构、第三方检测、环境测试机构、化工、科研、生物工程等行业。二、产品介绍产品介
2、绍FastDNA土壤样品提取试剂盒，可在 30 分钟之内，快速、有效地从土壤以及其他环境样品中提取基因组 DNA。FastDNA Spin Kit for Soil（土壤基因组 DNA 提取试剂盒）用于从土壤中的所有生物包括细菌、酵母菌、真菌、藻类、线虫类甚至真细菌的孢子、芽孢中提取基因组 DNA。而且它还可以提取其他环境样品的 DNA，如沉积物、排泄物、废水、雪水等。只需 500mg 的样品即可得到足够的 DNA。适用研究范围土壤样品，粪便样品，环境水样，废水样品，淤泥样品，沉积物，排泄物，废水及雪水等环境样品试剂盒组成货号 品名 规格6914-050 Lysing Matrix E 502
3、ml6540-403 PPS（Protein Precipitation Solution） 25ml6560-203 PPS FOR SOIL KIT 25ml6540-408 Binding Matrix(DNA Binding Matrix Solution) 66ml6540-405 SEWS-M(Salt/Ethanol Wash Solution) 12ml6540-406 DES(DNA Elution Solution-Ultra Pure Water) 20ml6560-205 Sodium Phosphate Buffer 60ml6540-407 BBS gel load
4、ing dye 200ul6511-202 MT Buffer 8ml6560-210 SPIN Filters 506560-211 Catch Tubes 50实验者需自备的仪器及耗材FastPrep Instrument （fastprep 仪器）Microcentrifuge that can freely spin 2.0 ml tubes （可装载 2.0ml 管子的离心机）Microcentrifuge tubes (2.0 ml and 1.5 ml) （可装载 1.5 和 2.0ml 管子的离心机）Clean 15 ml tubes for DNA binding （干净的
5、15ml 管 用于 DNA 结合）Rotator or low-speed vortex (振荡器)实验操作步骤说明（有 Fastprep 仪器情况下）试剂准备：1. 使用前先在 SEWS-M Wash Solution 中加入 100 ml 100%的乙醇，混匀。在瓶子上做好标记，密闭储存于室温条件。提取步骤：1. 在样品处理管 E 中加入至多 500 mg 的土壤样品2. 将 978 l 的 Sodium Phosphate Buffer 加入到样品处理管 E 中3. 再加入 122 l 的 MT Buffer （为了得到良好的样品处理效果，请在加入土壤样品及两个缓冲液后，在样品处理管中仍
6、能保留有 250 500l 空间）4. 将样品置于 FastPrep 仪器上，样品处理条件一般为，时间：40 秒，速度：6.0（如果样品需要额外的处理时间，请在间隔期将样品处理管在冰上孵育至少 2 分钟，以免样品过热）5. 14,000 x g 离心 510 分钟（如果把离心时间延长到 15 分钟，可以更好地使样品量较大的；或者细胞壁结构较复杂的细胞的碎片沉降到管底）6. 将上清转移到一个干净的 2.0 ml 离心管中。加入 250L 的 PPS 溶液（蛋白质沉淀溶液），用手摇晃 10 次，使之充分的混合。7. 14,000 x g 离心 5 分钟，将上清转移到一个干净的 15ml 管中(此处
7、也可使用 2Ml 管，但使用大管子能获得更好的混合和 DNA 绑定效果)8. 重悬硅珠（Binding Matrix）溶液，将 1.0 ml 重悬液加入该 15ml 管中。9. 使用振荡器或者手动震荡 2 分钟，将 DNA 绑定在硅珠上。将管子置于管架上，静置 3 分钟，使硅珠沉淀下来。10. 小心地移除 500l 的上清液，避免吸取到沉淀下来的硅珠。11. 将硅珠在剩余的上清液中重悬。转移约 600l 的重悬液至 SPIN Filter 中，14,000 x g 离心 1 分钟。弃去接液管中的废液，将 15ml 管中剩余的重悬液转移到 SPIN Filter再次离心弃去废液。12. 加入 5
8、00 l 事先准备好的 SEWS-M 溶液，用枪头轻轻吹打，小心地重悬沉淀。13. 14,000 x g 离心 1 分钟，弃去废液。14. 不加其他溶液，将 SPIN Filter 14,000 x g 离心 2 分钟，除去残留的 SEWS-M 溶液。弃去接液管，更换一个新的、干净的离心管。15. 将 SPIN Filter 置于室温下晾干 5 分钟16.轻轻地用 50-100 l 的 DES 溶液（或者无菌/无 DNA 酶的水）重悬 SPIN filter 上的硅珠（为了避免过度稀释纯化出的 DNA，请尽量减少 DES 溶液的量，55C 孵育 5 分钟能帮助提高纯化产物的得率）17. 14,
9、000 x g 离心 1 分钟使溶解的 DNA 转移到接液管中。弃去 SPIN Filter（得到的纯化产物可直接用于 PCR 等其他下游的操作，4C 使用前保存或者-20C 长期保存。）技术优势1. 能有效的处理土壤样品中一些很难处理的组分如： 真细菌孢子（eubacterial spores）、内芽孢（endospores）、格兰仕阳性菌（gram positive bacteria）、酵母（yeast）、线虫（nematodes）、海藻（algea）、真菌（fungi）等。2. 样品处理过程中使用的 MT Buffer 和 Sodium Phosphate Buffer 可在整个提取过程
10、中有效的保护核酸，并最大限度的降低 RNA 污染。3. 基于硅珠的纯化方法，可有效地去除腐植酸、多元酚等 PCR 抑制物4. 纯化所得的 DNA 可直接用于 PCR、酶切都后续实验之中。5. 对腐植酸含量特别高的样品，附加额外的处理方法。注：对于去除腐植酸的方法在使用以下任何一种方法之前，请预先准备 5.5M 的异硫氰酸胍（Guanidine Thiocyanate）溶液方法 A：1.当操作到土壤 DNA 提取试剂盒的第九步时，使用 14,000 x g (约 5 秒)的短时离心替代硅珠的自然沉降，移除上清。2.用 1ml 事先准备好的异硫氰酸胍溶液洗涤、重悬硅珠。3.14,000 x g (
11、约 5 秒)短时离心该离心管，除去上清。4.重复上述的洗涤步骤，直到硅珠恢复到原先的颜色。5.最后一次洗涤之后，用 1ml 的异硫氰酸胍溶液重悬硅珠，将 600l 重悬液转移到SPIN filter 里，14,000 x g 离心 1 分钟。6.移除接液管中的废液，将剩余的重悬液转移至 SPIN filter 里，14,000 x g 离心 1 分钟，弃去废液。7.从提取试剂盒操作说明的第十二步开始继续操作。方法 B：1.将下列成分混合于 1.5ml 的离心管中，组成腐植酸洗涤液：978 l Sodium Phosphate Buffer122 l MT Buffer250 l PPS2.充分
12、混匀后，全速离心 1 分钟，将上清转移到一个新的离心管中（容量大于或等于 2ml）3.加入等体积的 5.5M 的异硫氰酸胍溶液、混匀。4.完成了土壤试剂盒操作说明中的第九步后，将 500l 的腐植酸洗涤液加入 SPIN filter5.14,000 x g 离心 1 分钟，弃去废液。6.重复上述的洗涤步骤，直到硅珠恢复到原先的颜色。7.从提取试剂盒操作说明的第十二步开始继续操作。实验操作步骤说明（没有 Fastprep 仪器情况下）1.称取 0.3 g0.4 g 样品加入 Lysing Matrix E Tube 中。（注意：需保证加完样品及所需溶液后，管中应留出不少于 200 L 空间）2.
13、加入 978 L SPB，加入 122 L MT Buffer。3.盖紧 Lysing Matrix E Tube的盖子，将离心管置于涡旋混合仪上，对管内物质进行震荡破碎均质化，时间设定为 40 s50 s。（注意：时间不可过长，有可能打断基因组 DNA 片 段降 低 提 取 质 量 ） 从 各 个 角 度 都 可 以 震 荡 一 下 ， 不 要 光 是底部。4.在 8000 r/min 转速下离心 15 min，有 利 于 去 除 体 积 较 大 或 具 有 复 杂 细 胞 壁结构的样品碎屑。5.将上清液用大口枪头吸出转入 1.5 mL 的微离心管中，加入 250 L PPS，手持离心管晃动
14、 10 次以混匀。6.在 8000 r/min 下离心 5 min，用大口枪头将上清液转移至 5 mL 离心管中。7.摇匀 Binding Matrix 后，吸取 1.0 mL 加入上一步离心管中。8.将离心管上下颠倒 2 min 后，静置 3 min，使 DNA 附着于 Bingding Matrix 上，并等待二氧化硅基质沉淀。（这一步根据沉淀情况时间可以适当延长）9.小心移除 600 L 上清液，避免吸出沉淀物。 10.将剩余的上清液与沉淀物重新混匀，吸取约 600 L 混合液移入 SPIN Filter 中，8000 r/min下离心 1 min。11.倒掉收集管中的液体， 重复上一步操作直至 5 mL 离心管中的液体吸尽。 12.加入已制备好的 SEWS-M 溶 液 500 L，用小枪头小心混匀后，8000 r/min 下离心 1 min后，弃去收集管中的液体。13.为更好的去除杂离子，重复第 12 步，更换为 1.5 mL 离 心 管 。 14.在 8000 r/min 下离心 2 min，去除残留的 SEWS-M 溶 液 ， 然 后 更 换 为 干净的 1.5 mL 离心管。（若发现残余溶液较多，可重复此步骤）15.在室温下，将 SPIN Filter 风干 5 min。（时间可以更久一些）16.往 SPIN Filter 加
