生物化学(二)下完全整理

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1、第十章需要再看一遍Ch1代谢总论(view twice)1. 新陈代谢的特征主要包括几个方面? (1)物质代谢是基础,能量代谢是一切生命活动的基本保障; (2)分解代谢是汇聚的,合成代谢是分支的; (3)分解代谢和合成代谢不是简单的逆反应,他们通常有不同的途径; (4)各代谢途径具有数量不多的通用活性载体; (5)代谢主要由6种反应组成(氧还,共价修饰,水解,异构,基团转移,增减功能基团),反应机制通常比较简单,一些代谢有共同化学反应称为代谢基序; (6)各代谢途径具有严密的调节方式,以达到平衡和经济。 (7)代谢调节是动态的。2. 生物体互逆的代谢途径不是简单的可逆反应。其意义是什么? 增强

2、生物体对代谢调控的应变能力,避免能量浪费。3. 熟记各类活性分子(载体)。 ATP是通用能量载体; NAD+,NADP+,FMN,FAD是通用电子载体; 乙酰-CoA是通用酰基转移载体。4. NAD、NADP和FAD等通用电子载体以及ATP(通用能量载体)、CoA(通用酰基载体)结构上都有ADP。从进化上的角度进行解释。 代谢途径的规律和保守性是生物进化理论的重要依据,体现了生物的统一性; 都有ADP,是支持生命起源于RNA的一个证据,RNA作为酶和信息储存分子。Ch2 生物能学介绍(view twice)1. 生物圈中能量的来源和转化。 (1)能量直接或间接的来自于太阳能; (2)自养生物通

3、过吸收太阳能转化为化学能储存在化合物中,异养生物通过分解这些化合物而获得能量;2. 什么是高能化合物?有哪几类高能化合物?掌握一些主要的高能化合物。 (1)水解可释放出大于25千焦/摩尔自由能的化合物; (2)磷氧键型;氮磷键型;硫酯键型;甲硫键型 (3)主要的高能化合物:磷酸肌酸(氮磷键型),磷酸肌醇式丙酮酸(磷氧键型),NTP,乙酰-CoA(硫酯键型),腺苷基蛋氨酸(甲硫键型)。3. ATP提供能量的机理。 ATP的两个磷酸肝键水解可形成更稳定的化合物并形成大量自由能; ATP具有中等的磷酰基团转移势能,ATP通过基团转移活化底物的形式提供能量而不是直接水解(但肌肉收缩等生化过程是直接AT

4、P,GTP水解提供能量); 在ATP参与的反应中,ATP可以提供磷酰基团,焦磷酰基团,腺苷酰基团; 腺苷酸化是一些生化反应增加能量偶联的机制; 萤火虫发光的机制是ATP分解成AMP和PPi;4. ATP和磷酸肌酸在生物体内能量代谢中各起什么作用? ATP是能量的载体; 磷酸肌酸是能量的储存者;(证据:通过磷酸肌酸迅速转化成ATP途径)Ch3糖酵解和己糖的分解(view twice)1.糖酵解十部反应小结准备阶段4步,消耗2分子ATP:(1) 葡萄糖-己糖激酶-葡萄糖-6-磷酸 特点:第一个调控位点; 不可逆的反应; 消耗1分子ATP; ATP以镁离子-ATP复合物形式参与反应; 己糖激酶同工酶

5、D(葡萄糖激酶)为肝细胞特有,哺乳动物体内有4种己糖激酶; 具有激酶一般特点,底物诱导狭缝关闭特点。 调节:己糖激酶主要由底物浓度调节,主要受葡萄糖-6-磷酸调节;葡萄糖激酶对葡萄糖的亲和力比己糖激酶低100倍,不受葡萄糖-6-磷酸抑制,其主要作用是维持血糖水平。(2) 葡萄糖-6-磷酸-磷酸己糖异构酶-果糖-6-磷酸 特点:果糖-6-磷酸第1位的-OH伸出,为下一步磷酸化做准备; 是一步由醛糖到酮糖的过程。(3) 果糖-6-磷酸-PFK1-果糖-1,6-双磷酸 特点:第二个调节位点; 不可逆反应; 是限速步骤; 消耗一份子ATP; ATP以镁离子-ATP复合物形式参与反应; 磷酸果糖激酶-1

6、(PFK-1)是限速酶,受激素多级调节。 调节:变构抑制剂:柠檬酸;ATP; 变构激活剂:果糖-2,6,-双磷酸(F-2,6-BP);ADP,AMP; F-2,6-BP是最强的激活剂,其通过增强PFK-1与F-6-P以及抑制ATP的抑制作用来激活,其水平受到PFK-2以及FPBase-2共同作用调节。(4) 果糖-1,6-双磷酸-醛缩酶-甘油醛-3-磷酸(GAP)+磷酸二羟丙酮(DHAP)特点:DHAP与GAP是异构分子; 该步虽为裂解反应,但是实际方向可逆; 体内更倾向于逆反应。作用阶段6步,生成2分子NADH,4分子ATP。(5) 磷酸二羟丙酮(DHAP)-磷酸丙糖异构酶-甘油醛-3-磷酸

7、(GAP)特点:GAP不断被移走,反应不断向右进行; 葡萄糖碳原子顺序变化:GAP中1号碳来自于原3或4号碳,2号碳来源于原2 或5号碳,3号碳来自于原1或6号碳。(6) 甘油醛-3-磷酸(GAP)+NAD+无机磷酸-甘油醛-3-磷酸脱氢酶-1,3双磷酸甘油酸+NADH+H+特点:氧还反应与磷酸化反应相结合,通过酶形成半缩硫醛中间物; 实际上因为GAP两分子,生成两分子被还原的NADH; 碘乙酸是甘油醛-3-磷酸脱氢酶抑制剂,通过碘乙酸与酶的结合确定酶活性位点在其半胱甘酸巯基上;半胱氨酸的巯基亲和攻击羰基碳,形成半羧硫醛中间物,氧化羰基硫酯键,使氧化磷酸化偶联。 砷酸会形成氧化砷酸化,解偶联,

8、使磷酸化与氧化分开组织ATP合成但是不组织糖酵解反应,砷酸酯易水解,直接获得第7步反应产物甘油酸-3-磷酸。(7)1,3-双磷酸甘油酸+ADP-磷酸甘油酸激酶-3磷酸甘油酸+ATP特点:第一个底物水平磷酸化步骤,生成两分子ATP。(8)3-磷酸甘油酸-磷酸甘油酸变位酶-2-磷酸甘油酸特点:3-磷酸甘油酸由于空间位阻的影响成为2-磷酸甘油酸,为下一步脱水做准备。(9)2-磷酸甘油酸-烯醇化酶-烯醇式丙酮酸特点:是一步脱水反应; 低能键变高能键,为下一步磷酸化做准备;(10) 烯醇式丙酮酸+ADP-丙酮酸激酶-丙酮酸+ATP特点:是第三个调控位点; 不可逆反应; 第二步底物磷酸化,产生两分子ATP

9、; 丙酮有一步从烯醇式转变为酮式的反应。调节:丙酮酸激酶主要受ATP调节; 变构抑制剂:ATP;丙氨酸 变构激活剂:果糖-1,6-双磷酸2. 丙酮酸脱羧酶作用机制 丙酮酸脱羧酶是乙醇发酵中的一种酶,其仅在酵母与微生物中存在。其脱羧机制是通过焦磷酸硫铵素中的噻唑环可以形成活性碳负离子,与丙酮酸结合使后者脱羧。3. 糖酵解乳酸发酵的生理意义 (1)在缺氧条件下为生命活动提供能量的途径,尤其对肌肉的收缩很重要; (2)某些组织所依赖的获能或主要获能的方式,如视网膜,癌组织,神经;成熟红细胞完全依赖于乳酸发酵供能; (3)生成的乳酸可以被利用,在肝脏经糖异生乳酸途径重新生成糖。4. 举例说明同工酶在代

10、谢调节中的意义 (1)同工酶是催化同一反应的不同酶,其具有相同的氨基酸序列,位于不同细胞或不同亚细胞结构,在酶动力学,辅酶因子,调控活性方面有所差异。 (2)举例:乳酸脱氢酶LDH。LDH是由两种肽链A,B按不同比例组成的异构体,五种同工酶分别存在于不同组织,如A4存在于骨骼肌细胞,B4存在于心肌细胞,A4易于与丙酮酸结合将丙酮酸还原为乳酸,B4易于将乳酸氧化为丙酮酸。 (3)同工酶在不同的组织器官表现不同的调节方式,同一细胞不同位置作用不同,不同的发育阶段或生理状态不同的同工酶起作用,不同同工酶对变构调节的反应不同。5. 为什么肿瘤组织糖酵解速度比正常组织快? 因为肿瘤细胞乳酸发酵增强,葡萄

11、糖消耗增加。肿瘤细胞生长速度快超过血管的生成,肿瘤组织处于低氧状态通过糖酵解途径提供能量,因而葡萄糖的消耗和酵解速度超过一般的组织。6. 磷酸戊糖途径生理意义 磷酸戊糖途径是从葡萄糖-6-磷酸开始在葡萄糖-6-磷酸脱氢酶的催化下形成6-磷酸葡萄糖酸,进而代谢生成磷酸戊糖作为中间代谢物。生理意义:1.产生NADPH,其作为供氢体,作为谷胱甘肽的辅酶,参与超氧阴离子反应具有杀菌作用,参加肝脏生物转化反应。 2.合成核糖-5-磷酸。 3.是植物光合作用从CO2合成葡萄糖的部分反应。 4.非氧化阶段将5C变成6C,与糖酵解途径连接起来,使产物可根据需要调节。7. 蚕豆病的病因是什么?如何体现疾病与遗传

12、环境相互作用? 蚕豆病病因是葡萄糖-6-磷酸缺乏症,是一种伴性遗传病,导致NADPH合成不足,谷胱甘肽缺乏辅酶,无法抑制体内因为线粒体呼吸,磺胺类药物引起的体内的自由的羟氧自由基的毒性作用,从而导致红细胞溶解,血红蛋白释放至血液,引起黄疸和肾功能障碍。诱因有进食黄豆,磺胺类抗生素等。 但这类患者抗疟疾的抵抗力比一般人强。Ch4三羧酸循环(view twice)1. 丙酮酸脱羧氧化生成乙酰CoA (1)反应部位:真核细胞位于线粒体基质中(2)丙酮酸脱羧酶复合体:3个酶,5个辅酶 3个酶:丙酮酸脱羧酶(TPP),二氢硫辛酸乙酰转移酶(硫辛酸),二氢硫辛酸脱羧酶(FAD) 5个辅酶:TPP(acyl

13、), FAD(electron), CoA(acyl), NAD+(electron), 硫辛酸(both)(3) 五步反应:【1】丙酮酸先与E1的TPP连接,释放一分子的CO2。 【2】与TPP解连接,与E2上的硫辛酸通过一个-SH连接,硫辛酸环打开。 【3】与CoA-SH结合,生成acyl-CoA,硫辛酸回复两个-SH结构。 【4】E3上的FAD被还原生成FADH2,硫辛酸彻底恢复环状结构。 【5】NAD+被还原为NADH,FADH2被氧化还原为FAD。2. TCA循环的8步反应 (1)乙酰-CoA+草酰乙酸-柠檬酸合酶-柠檬酸 特点:柠檬酸合酶的诱导契合效应,其需要先与草酰乙酸结合再与乙

14、酰-CoA结合,避免乙酰-CoA的水解。 (2)柠檬酸-乌头酸酶-顺乌头酸+H2O-乌头酸酶-异柠檬酸 特点:柠檬酸有前手性,其与酶活性位点上有互补性结合,所以生成的产物只能是异柠檬酸。 (3)异柠檬酸+NAD+-异柠檬酸脱氢酶-NADH+-酮戊二酸+CO2 特点:生成一分子NADH,释放一分子CO2。 第一步氧化 (4)-酮戊二酸+CoA-SH+NAD+-酮戊二酸脱氢酶复合体-琥珀酰-CoA+NADH+CO2 特点:生成一分子NADH,释放一分子CO2。 第二步氧化 (5)琥珀酰-CoA+GDP-琥珀酰合成酶-琥珀酸+GTP+CoA-SH 特点:底物水平磷酸化(6) ,(7),(8)连续的三步氧化,水化,氧化 (6)琥珀酸+FAD-琥珀酸脱氢酶-延胡索酸+FADH2 特点:第三步氧化 丙二酸是琥珀酸脱氢酶强有力的抑制剂 琥珀酸脱氢酶是TCA唯一的位于线粒体内膜的酶,直接与呼吸链相连。 (7)延胡索

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