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1、 SIMCA软件是由瑞典Umetrics公司于1987年研究开发，是目前全球最受科 研工作者欢迎的多元变量统计分析软件，并已经成为多元变量统计分析的标 杆。不管您的数据集有多大，变量有多少，SIMCA都能有效的挖掘您的数据， 并解释您的数据结果。SIMCA通过PCA、OPLS、OPLS-DA、O2PLS等分析模块 来提供最优的解决方案。 现结合代谢组学案例，用SIMCA 14.1对其进行分析。 前言前言 案例背景案例背景 该实验是使用GC-MS平台来研究经过基因修饰的杨树的表达情况，基因修饰发生在 PttPME1基因上，该基因控制果胶甲基酯酶合成（PME）。实验共分为三组，对照组 （WT），P
2、ttPME1基因上调组（2B）和PttPME1基因下调组（L5）。实验结果经预处理后 如下表所示： 检测到的物质名称检测到的物质名称 样本名称样本名称 1. 1. 打开打开SIMCASIMCA软件，软件， 点击点击File-NewFile-New 数据导入数据导入 实验数据经过预处理后，可导入SIMCA软件进行相应的分析操作： 2. 2. 再点击再点击Regular Regular projectproject 数据导入数据导入 找到需要导入的数据表找到需要导入的数据表 2. 2. 点击点击FinishFinish载入分析载入分析 数据数据 数据导入数据导入 保存保存USPUSP为后缀名的为后
3、缀名的SMICASMICA过程中过程中 间文件，以便后续的修改工作间文件，以便后续的修改工作 数据导入数据导入 14 进程栏中，可以看到出现了进程栏中，可以看到出现了 一个未拟合（一个未拟合（UnfittedUnfitted）的）的 PCA-XPCA-X模型模型 PCAPCA分析分析 22 1. 1. 点击点击AutofitAutofit进行进行PCA-XPCA-X模模 型的自动拟合求解型的自动拟合求解 2. 2. 求解得到五个主成求解得到五个主成 分对应的分对应的R2XR2X值和值和Q2Q2值值 PCAPCA分析分析 23 1. 1. 点击点击ScoresScores，得，得 出相关样
4、本的得分出相关样本的得分 图图 2. 2. 得分图展示，得分图展示， 样本组间区分样本组间区分 PCAPCA分析分析 点击点击DModXDModX，进行异常点，进行异常点 （OutlierOutlier）的相关诊断）的相关诊断 PCAPCA分析分析 OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） 右击，点击右击，点击new modelnew model 1. 1. 在弹出的对话框中点在弹出的对话框中点 击击observationobservation 2. 2. OPLS-DAOPLS-DA分析一般针对分析一般针对 两个组来做，所以在这里两个组来做，所以在这里 我们
5、选中我们选中2B2B组所有样本，组所有样本， 点击点击excludeexclude，删除该组，删除该组 别的所有样本别的所有样本 3. 3. 选择选择model typemodel type：OPLS-DAOPLS-DA OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） 1. 1. 点击点击ScaleScale 2. 2. 全选，设置全选，设置 typetype为为parpar，然后，然后 点击点击setset 点击确定之后，进程栏中，点击确定之后，进程栏中， 可以看到出现了一个未拟合可以看到
6、出现了一个未拟合 （UnfittedUnfitted）的）的OPLS-DAOPLS-DA模型模型 OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） 1. 1. 点击点击AutofitAutofit进行进行OPLS-DAOPLS-DA 模型的自动拟合求解模型的自动拟合求解 2. 2. 求解得到十个主成求解得到十个主成 分对应的分对应的R2XR2X值和值和Q2Q2值值 OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） 1. 1. 点击点击ScoresScores，得出相关
7、样，得出相关样 本的得分图本的得分图 2. 2. 得分图展示，得分图展示， WTWT和和L5L5之间可以之间可以 很好的区分很好的区分 1. 1. 点击点击Analyze-S plot-S Analyze-S plot-S plotplot 2. S-plot2. S-plot如右图所示，如右图所示，S S形形 的两个角上的变量，可能就的两个角上的变量，可能就 是我们所寻找的是我们所寻找的biomarkerbiomarker OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） 1. 1. 点击点
8、击PermutationPermutation 2. 2. 在弹出的对话框中，修改在弹出的对话框中，修改 假设检验的次数为假设检验的次数为200200 OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） 所有所有R2R2和和Q2Q2的左边的点都低的左边的点都低 于最右边的点；于最右边的点； R2R2和和Q2Q2的回归线的斜率大于的回归线的斜率大于1 1； OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） 1. 1. 点击点击VIP predictiveVIP predictive， 得到得到WTWT和和L5L5两组变量的两组变量的 VIPVIP
9、预测值（该功能为预测值（该功能为 SIMCA 14SIMCA 14版本新增）版本新增） 2. 2. VIPVIP预测值分布图预测值分布图 OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） 在该图上右击，在该图上右击，create-create- listlist，可以导出，可以导出VIPVIP数值数值 表表 OPLS-DAOPLS-DA分析（分析（L5 VS WTL5 VS WT） 该列数值即为我们希望得到的变量该列数值即为我们希望得到的变量 VIP predictiveVIP predictive值，在代谢组学中，值，在代谢组学中， 一般认为一般认为VIPVIP1 1的变量可能为两组的变量可能为两组 的差异代谢物的差异代谢物 更多信息更多信息 SIMCA软件相关培训课程：http:/ 25 今生，我愿意做一棵树，一半在土里安详，一半在风中张扬！ 上海百趣生物医学科技有限公司 邮箱： 电话：021-31666593
