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1、质粒抽提质粒抽提, ,实验室必备技能之一实验室必备技能之一质质粒粒质粒存在于许多细菌以及酵母菌等生物中，是细胞染色体外能够自主复制的很小的环状DNA 分子。质质粒抽提粒抽提从细菌中分离质粒 DNA 的方法包括 3 个基本步骤：培养细菌使质粒扩增；收集和裂解细菌；分离和纯化质粒 DNA。采用强碱液、加热或溶菌酶（主要针对革兰氏阳性细菌）可以破坏菌体细胞壁，十二烷基磺酸钠（SDS）和 TritonX-100（一般很少使用）可使细胞膜裂解。经溶菌酶和 SDS 或 Triton X-100 处理后， 细菌染色体 DNA 会缠绕附着在细胞碎片上，同时由于细菌染色体 DNA 比质粒大得多，易受机械力和核酸
2、酶等的作用而被切断成不同大小的线性片段。当用强热或酸、碱处理时，细菌的线性染色体 DNA 变性，而共价闭合环状 DNA(Covalently closed circular DNA，简称 cccDNA）的两条链不会相互分开。当外界条件恢复正常时，线状染色体 DNA 片段难以复性，而是与变性的蛋白质和细胞碎片缠绕在一起，而质粒 DNA 双链又恢复原状，重新形成天然的超螺旋分子，并以溶解状态存在于液相中。质粒抽提最常用的方法是碱裂解法，它具有得率高、适用面广、快速和纯度高等特点。当然，碱裂解法也有缺陷：容易导致不可逆的变性。要降低不可逆的变性，就要控制好碱裂解的时间。碱裂解法抽提碱裂解法抽提质质粒
3、需要用到以下三种溶液粒需要用到以下三种溶液溶液溶液50 mmol/L 葡萄糖，25 mmol/L Tris-Cl（pH 8.0），10 mmol/L EDTA（pH 8.0），在 15 psi 压力下蒸汽灭菌 15 min，4保存。溶液溶液 0.2 mmol/L NaOH（从 10 mmol/L 贮存液中现用现稀释），10 g/L SDS（室温保存）。溶液溶液5 mol/L 乙酸钾 60.0 mL，冰乙酸 11.5 mL，无菌水 28.5 mL， 4保存，使用时置于冰浴中。 下面介绍一下碱裂解法小提质粒的具体操作：01柱平衡：向吸附柱中加入 500 l 平衡 Buffer，12000 rpm
4、离心 30-60 s，倒掉收集管中的废液；注意注意：吸附柱平衡后可最大限度激活硅基质膜，提高质粒的得率；吸附柱平衡后应立即使用，长时间放置会影响其吸附效果。02收菌：将过夜培养的菌液用 8000 g，2-3 min 低温离心，吸弃液体培养基；注意注意：高拷贝的质粒，需要 5-15 mL 的培养菌液；低拷贝的质粒，则需要 15-30 mL的培养菌液；残留的液体培养基过多会影响细菌的裂解效果，应尽可能吸干培养基。03向离心管中加入 250 l 溶液（加入 RNase A），吹匀菌沉淀并将悬液转移至新 1.5 mL EP 管中；注意注意：菌体悬浮不完全会导致裂解不完全，质粒提取量和纯度会降低。04向
5、 EP 管中加入 250 l 溶液（裂解 Buffer），温和翻转 EP 管 6-10 次，使菌体充分裂解，液体变得澄清浓稠（开盖拉丝）；注意注意：所用时间不宜超过 5 min，以免质粒被破坏；切勿剧烈震荡；液体未变得澄清，则表明裂解不充分，可适当减少菌体量或增大 Buffer 使用量；若溶液出现浑浊，可 37 水浴几分钟，待液体恢复澄清即可使用。05向 EP 管中加入 350 l 溶液，温和翻转 EP 管 6-10 次，此时可观察到管内出现白色絮状沉淀，12000 rpm 室温离心 10 min；注意注意：若上清中仍有少量白色絮状物，可再次离心 2-3 min 直至液体澄清。06将离心后上清
6、转移至吸附柱中，12000 rpm 离心 30-60 s，倒掉收集管中的废液；07可选：向吸附柱中加入 500 l Buffer PD（富含蛋白酶），12000 rpm 离心 1 min，倒掉收集管中的废液；注意注意：此步对富含内源核酸酶的宿主菌（endA+）是必须的，对于 endA-宿主菌可省略。08向吸附柱中加入 600 l Wash Buffer（加入无水乙醇），12000 rpm 离心 1 min，倒掉收集管中的废液；09重复步骤 8 一次；10将吸附柱和收集管放回离心机中，12000 rpm 空转离心 2 min；注意注意：此步骤非常关键，乙醇是否去除干净会影响后续的洗脱效率以及 P
7、CR 等效果。11将吸附柱转移至新的 1.5 mL EP 管中，拿到超净工作台中开盖鼓风吹 5-10 min；12向吸附柱膜的中央滴加 40-50 l 预热 Elution Buffer 或者 DD 水，关盖静置 3-5 min，12000 rpm 离心 2 min；注意注意：洗脱 Buffer 预热后效果更好；可以根据质粒的拷贝数、宿主菌等因素调整洗脱Buffer 的添加量。13离心后将 EP 管内的液体重新滴加至吸附柱膜上，12000 rpm 离心 1 min；14做好标记，取 2 l 质粒跑 1%琼脂糖凝胶电泳检测验证；15提取出的质粒-20保存。抽提抽提质质粒中的常粒中的常见问题见问题
8、1提不出提不出质质粒或者粒或者质质粒提取量很少粒提取量很少(1) 菌体中无菌体中无质质粒粒：有些质粒本身不能在某些菌种中稳定存在，经多次转接后有可能造成质粒丢失。例如柯斯质粒在大肠杆菌中保存不稳定，因此不要频繁转接，每次接种时应接种单菌落。另外，检查筛选用抗生素使用浓度是否正确。(2) 质质粒拷粒拷贝贝数低数低：由于使用低拷贝数载体引起的质粒 DNA 提取量低，可更换具有相同功能的高拷贝数载体。(3) 菌种老化菌种老化：若是甘油保藏菌，需要在活化后再培养摇菌；建议涂布平板培养后，重新挑选新菌落进行液体培养。(4) 吸附柱吸附柱过载过载：不同产品中吸附柱吸附能力不同，如果需要提取的质粒量很大，请
9、分多次提取。若用富集培养基，例如 TB 或者 2YT，菌液体积必须减少；若质粒或宿主菌是非常高的拷贝数或生长率，则需调整 LB 培养液体积。(5) 碱裂解不充分碱裂解不充分：使用过多的菌体培养液，会导致菌体裂解不充分，可减少菌体用量或增加溶液、的用量。对低拷贝数质粒提取时，可加倍使用溶液、，有助于增加质粒提取量和质粒质量。(6) 溶液使用不当溶液使用不当：溶液和在温度较低时可能出现浑浊，应置于 37 保温片刻直至溶解为清亮的溶液，才能使用。(7) 洗脱液加入位置不正确洗脱液加入位置不正确：洗脱液应加在硅胶膜中心部位，以确保洗脱液会完全覆盖硅胶。膜的表面，达到最大洗脱效率。(8) 洗脱液不合适洗
10、脱液不合适：DNA 只在低盐溶液中才能被洗脱，pH 洗脱效率取决于 pH 值。最大洗脱效率在 pH 7.0-8.5 之间。当用水洗脱时确保其 pH 值在此范围内，如果 pH 过低可能导致洗脱量低。洗脱缓冲液加热至 60后使用有利于提高洗脱效率。(9) 洗脱体洗脱体积积太小太小：洗脱体积对回收率有一定影响。随着洗脱体积的增大回收率增高，但产品浓度降低。为了得到较高的回收率可以增大洗脱体积。(10) 洗脱洗脱时间过时间过短：短：洗脱时间对回收率也会有一定的影响。洗脱时放置 1 min 可达到较好的效果。(11) 乙醇残留乙醇残留：漂洗液洗涤后应离心尽量去除残留液体，树脂型试剂盒漂洗后应晾干树脂，再
11、加入洗脱缓冲液。(12) 质质粒未全部溶解粒未全部溶解：洗脱溶解质粒时，可适当加温或延长溶解时间。2质质粒粒纯纯度不高度不高(1) 混有蛋白混有蛋白质质：不要过多使用菌体。溶液、处理并离心后，溶液应为澄清的，如果还混有微小蛋白质悬浮物，可再次离心去除后再进行下一步骤。(2) 混有混有 RNA：RNase A 处理不彻底，请减少菌体用量或加入溶液后室温放置一段时间。如果溶液已保存 6 个月以上，要及时向中添加 RNase A。(3) 混有基因混有基因组组 DNA：加入溶液、后应温和混匀，若剧烈震荡，可能把基因组 DNA剪切成碎片混在质粒中。如果加入溶液后过于黏稠，无法温和混匀，请减少菌体用量。细
12、菌培养不要超过 16 h，时间过长会导致细胞和 DNA 的降解。(4)溶液溶液加入加入时间过长时间过长：溶液加入后，放置时间不要太长，否则有可能产生小片段DNA 污染。(5) 宿主菌含大量核酸宿主菌含大量核酸酶酶：宿主菌含大量核酸酶，在质粒提取中降解质粒 DNA，影响提取质粒 DNA 的完整性，最好选用不含核酸酶的大肠杆菌宿主菌，例如 DH5 和 TOP10。(6) 裂解裂解时间过长时间过长：加入溶液后裂解时间不宜超过 5 min。(7) 质质粒的二聚体和多聚体形式粒的二聚体和多聚体形式：是质粒复制过程中形成的，与宿主菌相关，电泳可检测出。3质质粒粒浓浓度的度的检测检测DNA 纯度的判断大多根据 OD260/OD280 的比值检测，符合要求、纯度高的 DNA 样品其 OD260/OD280 在 1.8-2.0 之间，低于此范围表明蛋白质含量超标，高于此范围表明样品中含有 RNA。DNA 的纯度也可以根据 OD260/OD230 的比值判断，OD230 主要评估样品中是否存在一些有机污染物，如碳水化合物，多肽，苯酚等。纯度较高的 DNA 样品OD260/OD230 的比值在 2.0-2.5 之间，比值小于 2.0 则表示存在有机物的污染，比如乙醇或者酚类残留。如果遇到此种情况，可以再沉淀一次，然后重复乙醇洗涤的过程。
