《【医学课件大全】1型糖尿病候选基因的筛选 (41p)》由会员分享，可在线阅读，更多相关《【医学课件大全】1型糖尿病候选基因的筛选 (41p)（41页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、1型糖尿病候选基因的筛选,盛德乔 2008.3.13,1型糖尿病,1型糖尿病 type 1 diabetes (T1D) 胰岛素依赖型糖尿病 自身免疫性疾病：T细胞介导的胰岛b细胞破坏 美国：有超过15万18岁以下的T1D患者，患病率高达(1.72.5/1000)，年发病率为(1517)/10万，每年新诊断病例1.01.5万 。,Insulin-dependent-diabetes,Insulin pump,候选基因筛选,复杂的多基因参与遗传因素和环境因素 已发现与T1D有关的基因座 MHC 基因座 Insulin-dependent-diabetes （Idd）基因座 Microassay
2、高通量 动物模型 NOD 小鼠(nonobese diabetic，NOD) H-2g7 Haplotype,小鼠染色体上的Idd 基因座,https:/t1dbase.org/page/,RoadMap of NOD T1D,分析基因表达谱变化 组织特异 胰淋巴结 (PLN) 脾 (SPL) 外周血细胞 (PBC) 时间依赖 10天组 (GROUP A) 4周组 (GROUP B) 8周组 (GROUP C) 12周组 (GROUP D) 16周组 (GROUP E) 20周组 (GROUP F),动物模型,NOD小鼠 NOD/LtJ (NOD) NOD.B10小鼠 对照 NOD.B10Sn
3、-H2b/J (NOD.B10) MHC来自C57BL/10 (B10) 不患糖尿病,http:/type1diabetes.jax.org/congenic.html,NOD小鼠的病理进程,45周龄时出现胰岛炎 12周龄出现明显糖尿病症状 30周龄时80雌性小鼠糖尿病,实验设计,分组：六组 10天组 (GROUP A) 4 周组 (GROUP B) 8 周组 (GROUP C) 12周组 (GROUP D) 16周组 (GROUP E) 20周组 (GROUP F),基因表达分析,取三个不同组织，快速处理做基因表达的mRNA分析，同时测非空腹血糖。 胰淋巴结 (PLN) 脾 (SPL) 外周
4、血细胞 (PBC) 基因表达分析（PLN, SPL, PBC）用41K 小鼠全基因组寡核苷酸芯片 (Agilent公司),分离纯化RNA,分析纯度 cRNA扩增及荧光标记 Agilent 41K whole mouse genome (60-mer) oligo microarray slide. Hybridization & Feature Extraction Agilent Two-Color Microarray-Based Gene Expression Analysis protocol 数据分析 Log Ratio NOD/NOD.B10,SI Figure 14: Gene
5、expression profile of three Deaf-1 oligo-probes.,不同时间点表达发生变化的基因数,早期,晚期,Figure 1: Pancreatic lymph nodes (PLN), spleen (SPL) and peripheral blood cells (PBC) from female NOD mice at 10 days, 4 weeks, 8 weeks, 12 weeks, 16 weeks, or 20 weeks of age were processed for microarray mRNA analysis of gene e
6、xpression. Diagrams indicates the numbers of milestone genes in PLN, SPL and PBC in each group (time point) according to SI Table 2. Non-fasting serum glucose of the mice used for data analysis (Data are expressed as Mean SD).,http:/fathmanlab.stanford.edu,Figure 2: Venn diagram showing numbers of s
7、ignificantly dysregulated genes shared by the three tissues (PLN, SPL and PBC) from 10 days to 4 weeks (A; early stage) and from 8 to 20 weeks of age (B; late stage).,早期,晚期,Figure 5: Hierarchic clustering analysis for all milestone gene expression profiles indicates the five distinct clusters in PLN
8、 while two simple clusters were detected in both PBC and SPL.,基因表达变化,疾病相关基因功能的获得或丢失的原因： 单核苷酸多态性（SNP）或突变 非典型变构体或转录水平调控假说 （标志？） PLN中“N”型基因？,N pattern in PLN,PLN中“N”型基因,胰淋巴结是一个很重要的外周免疫器官，胰岛b细胞抗原需要特异的被转运到PLN，然后才被提呈给MHC类分子。 最近的研究还发现，PLN的基质细胞可表达一系列的编码外周组织抗原的基因，并将内源性表达的PTAs提呈给MHC I类分子而诱导耐受。 很多胰外周组织抗原表达变化呈“
9、N” 胰岛素1/2，胰高血糖素，胰腺炎相关蛋白,Deaf1,DEAF1(Deformed epidermal autoregulatory factor-1) 与果蝇的早期胚胎发育密切相关 DNA结合蛋白转录调控因子 DNA结合结构域（SAND） 蛋白蛋白相互作用结构域（MYND）,SAND结构域,SAND（Sp100, AIRE-1, NUCP41/75, DEAF1）结构域是很多核蛋白中共有的一段约80个氨基酸残基的保守序列 染色质依赖的转录调控作用 很多与多种人类疾病密切相关,蛋白蛋白相互作用结构域,MYND (Myeloid, Nervy, and DEAF1) 与共阻遏蛋白N-CoR
10、（nuclear receptor co-repressor）相互作用 Co-IP结果显示 可与组蛋白去乙酰化酶1（Histone deacetylase 1, HDAC1）相互作用 ，但这种相互作用与MYND结构域无关，提示DEAF-1中还存在其它的介导蛋白质蛋白质相互作用的结构域 。,DEAF1: a N Pattern Gene,This transcription factor is known as DEAF1. The Agilent chips contain 3 probes to this gene, but only one of the three oligos disp
11、lay the N pattern.,T-cell initiation,Peri-insulitis,Infiltrative insulitis,Hyperglycemia,Log NOD/ NOD.B10,1 ggcacgagag tccgtatgga ggactcggac tcggcggcaa aacagctggg cctggccgag 61 gcggcagctg tggcggccgc tgccgcggtg gcggcggccg ccgcggccgc agcggaaagc 121 gaggcggagg agccggtgtt aagcagagac gaggactcgg aggaggacg
12、c agactccgag 181 gcggagcgcg agacgcggcg ggtcaccgct gtggcggtga tggcggccga atctgggcac 241 atggatatgg gtaccgaggc tctgcccagc cccgatgagg ccgccgccgc cgccgccgcc 301 ttcgcagaag tgaccacagt gactgtggcc aacgtggggt cctctgcaga taacgtcttc 361 acaacatcag tggcaaacgc agcatcgata tcaggacatg tcctgtctgg taggacagcc 421 ctg
13、cagatcg gtgacagcct gaacactgaa aaagccacac taatagttgt acacacagat 481 gggagcattg tggagaccac tgggctgaag ggcccagcag cacctctcac tccaggtccc 541 cagtctcctc ctaccccact ggcacctggc caggagaaag gtggtaccaa gtacaactgg 601 gacccttcgg tgtatgacag cgagttgcct gtgcgctgtc ggaacatcag tggcacgctc 661 tacaagagta ggctcggctc a
14、ggtggccgg ggccggtgta tcaagcaggg agaaaactgg 721 tacagcccaa ctgagtttga agctatggca ggaagagcca gcagcaagga ctggaagaga 781 agcatccgct atgctggcag acccctgcag tgcctcattc aggatggtat tttgaaccct 841 cacgctgcct cctgtacctg tgccgcctgt tgtgatga ca tgactctgag tggccctgtc 901 aggctcttcg tcccttataa aaggcgcaag aaagagaa
15、tg agctgcccac aactccagtg 961 aagaaggatt cccccaagaa catcaccctg cttcctgcca cggcggccac caccttcact 1021 gtgacaccct caggacagat cactacctct ggagcactga cctttgacag agcatccact 1081 gtagaggcca ctgctgtcat ctctgagagc ccagcccaag gtgatgtctt tgcaggagcc 1141 acagtgcaag aggcaggtgt gcagcctccc tgcagggttg gccaccctga acc
16、ccactac 1201 cctggctatc aggacagctg ccagattgcc ccgtttccag aagctgcatt gccaacatca 1261 caccccaaaa ttgtcctgac atcgctgccc gcattggccg tgccaccgtc cacccccacc 1321 aaagctgtct ctcccaccgt ggtcagtggg ctggagatgt cagaacatcg gagctggctg 1381 tacctggaag agatggtcaa ctccctactc aacacagctc agcagctgaa gacgctgttt 1441 gaa
17、caagcca agcaggcgag ctcttgcagg gaagctgctg tgacccaggc gagaatgcag 1501 gttgatacag agaggaaaga gcagtcatgt gtcaactgcg gccg ggaggc catgagtgag 1561 tgtaccggct gccacaaggt taactactgc tctacgttct gcca gcgcaa g -long non coding region-GCACTACTACGCTGTCAGTTGAACACTTAGACCATCATATGCTTAACACTTTTACCCTTC -gactggaaa 1621 g
18、accatcagc atgtgtgtgg ccagtcagcg tctgtcactg tccaggctga tgacgtccat 1681 gttgaagaaa gtgtgataga aaaagttgct gtttgagcca ggcttctcct tgagctctgc 1741 tgtgaagcca tcgcaggctt aggccctctg atgactgtgg gggctgctga gaagaggggc 1801 catgggaaac ttgccggaca agttattaac agattgtgcc cttggaaaca agctccttcc 1861 agagaccaag gaacgctggc agctttcaga atggggcact ctgctacagc ccagggccct 1921 cagcctatca cggtgctctt tcatccctgg atcatgagtg tcccactacc cttggggtgc 1981 cctatgccac gtgtacatac ctgtcttatc tgttaataaa catgtaaata aaactcccac 2041 ccc,
