生物化学核酸结构与功能

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1、绚丽多彩的生物世界是怎么产生的?成千上万种不同性状和习性生物间有什么关系?这是自古以来,人们追问的问题。 DNA,第 三 章 核酸的结构和功能,Structure and Function of Nucleic Acid,核 酸(nucleic acid)是以核苷酸为基本组成单位的生物大分子,携带和传递遗传信息。,核酸的概念,核酸的分类及分布,90%以上分布于细胞核,其余分布于核外如线粒体,叶绿体,质粒等。,分布于胞核、胞液。,(deoxyribonucleic acid, DNA),(ribonucleic acid, RNA),脱氧核糖核酸,核糖核酸,携带遗传信息,决定细胞和个体的基因型(

2、genotype)。,参与细胞内DNA遗传信息的表达。某些病毒RNA也可作为遗传信息的载体。,信使RNA(mRNA) 携带DNA遗传信息转运RNA(tRNA) 通过反密码子识别mRNA的 密码子,使氨基酸对号入座核蛋白体 (rRNA) 与核糖体蛋白形成核 糖 体,是蛋白质合成的场所,RNA的分类及功能,第一节核酸的化学组成及其一级结构The Chemical Component and Primary Structure of Nucleic Acid,元素组成: C、H、O、N、P(9%10%),分子组成三部分,碱基(base):嘌呤碱,嘧啶碱 戊糖(ribose):核糖,脱氧核糖 磷酸(p

3、hosphate),构成核酸的基本组成单位核苷酸 DNA的基本组成单位是脱氧核糖核苷酸 。 RNA的基本组成单位是核糖核苷酸 。,嘌呤,嘧啶,碱基,腺嘌呤(A),鸟嘌呤(G),胞嘧啶(C),胸腺嘧啶(T),尿嘧啶(U),DNA、RNA均有,DNA有,RNA有,核苷酸的结构,每种核酸都含有四种碱基 。,嘌呤(purine),腺嘌呤(adenine, A),鸟嘌呤(guanine, G),碱 基,嘧啶(pyrimidine),胞嘧啶(cytosine, C),尿嘧啶(uracil, U),胸腺嘧啶(thymine, T),戊 糖,小结:两类核酸的基本成分区别,核苷(或脱氧核苷):碱基和核糖(或脱氧

4、核糖)通过糖苷键连接形成。,糖苷键,核苷酸: AMP, GMP, UMP, CMP 脱氧核苷酸: dAMP, dGMP, dTMP, dCMP,核苷酸(脱氧核苷酸):核苷(脱氧核苷)和磷酸以酯键(酸脱羟基醇脱氢)连接形成。,核苷酸的命名,AMP adenosine monophosphate腺苷一磷酸 或 一磷酸腺苷简称:腺苷酸 dAMP deoxyadenosine monophosphate脱氧一磷酸腺苷/一磷酸脱氧腺苷简称:脱氧腺苷酸,默认情况下核苷酸均为5-核苷酸,体内重要的游离核苷酸及其衍生物,含核苷酸的生物活性物质: NAD+、NADP+、CoA-SH、FAD 等都含有 AMP,多

5、磷酸核苷酸:NMP,NDP,NTP,环化核苷酸: cAMP,cGMP,AMP,ADP,ATP,cAMP,核苷酸种类和名称:,常见碱基部分可为5种碱基的一种 核糖部分可为核糖或脱氧核糖 酸的部分可为一磷酸、二磷酸、三磷酸或环磷酸中的一种,根据三个组成部分,核苷酸的主要功能:,核苷三磷酸是合成核酸原料,又能提供能量。 核苷二磷酸活化中间代谢物,如UDP-葡萄糖等。 核苷一磷酸是核酸的组分,还是一些辅酶的成分。 核苷环磷酸在细胞信号转导中起重要作用。,核苷酸的连接,一个核苷酸(脱氧核苷酸)3的羟基与另一个核苷酸(脱氧核苷酸) 5的-磷酸基团缩合形成磷酸二酯键(phosphodiester bond)

6、。,C,G,A,多个核苷酸(脱氧核苷酸)通过磷酸二酯键构成了具有方向性的线性分子,称为多聚核苷酸 (脱氧核苷酸)链,即DNA链。,核酸中核苷酸的排列顺序/碱基序列。,连接键:,3,5 磷酸二酯键,方向性:,53,定义:,DNA的一级结构,(染色体DNA的结构),书写方法,5 pApCpTpGpCpT-OH 3,5 A C T G C T 3,简化:,再简化:,DNA一级结构的意义:,编码生命的遗传信息,简单而又完美四个字“A 、 G 、C 、T”! 惊叹:具有强大编码能力 DNA计算机 神奇: 演化整个生物界 生命语言,DNA的二级结构双螺旋结构,碱基配对规律( Chargaff规则),195

7、0年Chargaff通过研究DNA的分子组成,发现: 不同物种来源的DNA的碱基组成不同 同一生物的不同组织里的DNA碱基是相同的。 DNA中嘌呤碱基等于嘧啶碱基。即:A+G=T+C;A =T 、G = C,碱基互补配对,T,A,G,C,DNA双螺旋结构模型要点 (Watson, Crick, 1953),DNA分子由两条相互平行但走向相反的脱氧多核苷酸链组成,两链以-脱氧核糖-磷酸-为骨架,以右手螺旋方式绕同一公共轴盘。螺旋直径为2nm,形成大沟及小沟相间。,“大沟”、“小沟”的功能,沟状结构与DNA、蛋白质间的相互识别有关。,DNA双螺旋结构模型要点 (Watson, Crick, 195

8、3),碱基垂直螺旋轴居双螺旋内侧,与对侧碱基形成氢键配对(互补配对形式:A=T; GC)。,碱基配对规律的合理性,DNA双螺旋结构模型要点 (Watson, Crick, 1953),相邻碱基平面距离0.34nm,螺旋一圈螺距3.4nm,一圈10对碱基。 碱基在内侧平面与纵轴垂直,糖基在外侧平面与纵轴平行(即碱基平面与戊糖平面相互垂直)。,DNA双螺旋结构模型要点 (Watson, Crick, 1953),氢键维持双链横向稳定性,碱基堆积力维持双链纵向稳定性。,小结:DNA二级结构主要特点,两条脱氧核酸链构成右手双螺旋结构,链的走向相反 磷酸脱氧核糖链在螺旋的外侧,碱基在螺旋的内侧 脱氧核糖

9、平面与碱基平面相互垂直 碱基配对规律:A=T、GC 稳定力:横向:氢键纵向:碱基堆积力,DNA双螺旋结构的多样性,研究意义,DNA双螺旋结构模型完美地说明了遗传物质的遗传、生化和结构的主要特征,它的提出是生物学史上划时代的事件。从此,遗传学的历史和生物学的历史正式从细胞阶段进入了分子阶段。,超螺旋结构,意义:,DNA双螺旋链再盘绕即形成超螺旋结构,DNA超螺旋结构整体或局部的拓扑学变化及其调控对于DNA复制和RNA转录过程具有关键作用。,DNA的三级结构,大多原核生物的DNA是共价封闭的环形DNA双螺旋,在细胞内进一步盘绕成类核。,环状和超螺旋DNA结构示意图,(一)原核生物DNA的环状超螺旋

10、结构,研究 表明:DNA若 完 全 展 开的 话,有将 近 2 米,而细胞的尺 寸是 微级的 。那么DNA是如何 存 在于细胞内部的呢?,(二)真核生物DNA的高度有序和高度致密的结构,核小体的构成,核心颗粒,连接区,核心组蛋白:,组蛋白八聚体H2A、H2B、H3 、H4各2分子,DNA双螺旋分子(150bp)在核心组蛋白缠绕 1.75圈,DNA(60bp),组蛋白H1,核小体,由DNA和蛋白质构成 是真核生物染色质的基本单位,核小体的折叠及染色体组装,逐级盘曲折叠,DNA压缩了800010000倍,三、DNA的功能,是DNA分子中特定区段核苷酸的排列顺序,即碱基序列信息,它决定了基因的功能。

11、,基因:,基因组:,一个遗传体系所有基因总和的一整套遗传信息。,以基因的形式储存、携带和传递遗传信息。,第三节 RNA的结构与功能,Structure and Function of RNA,RNA特点:,RNA种类、分布、功能:,2. tRNA的二级结构三叶草形,3. tRNA的三级结构 倒L形,转运RNA(tRNA),1. tRNA的一级结构特点,4.tRNA的功能:,把活化的aa搬运到核糖体,tRNA的反密码子与mRNA的密码子特异性结合,使氨基酸对号入座。,转运RNA的功能,DHU环反密码环额外环TC环氨基酸臂,信使RNA的结构与功能,* 真核生物mRNA成熟过程,5,3,m7Gppp

12、,AAAAn,1.哺乳类动物mRNA结构示意图:,信使RNA(mRNA),帽子结构,2.真核细胞mRNA结构特点:,5帽子结构:m7Gpppm2Npm2Np 3末端多聚A尾polyA,编码区hnRNA剪掉内含子,外显子拼接。,3. mRNA的功能,把DNA的遗传信息,转录成mRNA的密码、 指导蛋白质合成的氨基酸排列顺序。,DNA(遗传信息),mRNA(密码载体),蛋白质,(氨基酸序列),1.rRNA的结构:,参与组成核蛋白体, 为蛋白质生物合成的场所。,2.rRNA的种类:,3.rRNA的功能:,多个茎环结构组成,三、核蛋白体RNA(rRNA),局部双链,tRNA,rRNA,mRNA,三叶草

13、形、倒L形 含稀有碱基多 反密码子 CCAOH 3,呈花状,5m7GpppNm、 3 polyA 编码序列,单链,局部双链,结构,蛋白质合成的模板,搬运活化的aa 到核糖体,组成核蛋白体,分子大小不一, 量 80%,稳定,三种RNA内容小结,功能,核酶(ribozyme)一词用于描述具有催化活性的RNA, 即化学本质是核糖核酸(RNA), 却具有酶的催化功能。核酶的功能很多,有的能够切割RNA, 有的能够切割DNA, 有些还具有RNA 连接酶、磷酸酶等活性。,随着对核酶的深入研究,已经认识到核酶在遗传病,肿瘤和病毒性疾病上的潜力。比如,对于艾滋病毒HIV的转录信息来源于RNA而非DNA,核酶能

14、够在特定位点切断RNA,使得它失去活性。如果一个能专一识别HIV的RNA的核酶存在于被病毒感染的细胞内,那么它就能建立抵抗入侵的第一防线。甚至,HIV确实进入到了细胞并进行了复制,RNA也可以在病毒生活史的不同阶段切断HIV的RNA而不影响自身的RNA。又如,白血病是造血系统的恶性肿瘤,目前尚缺少有效的治疗方法。核酶的发现,尤其是锤头状核酶,为白血病的基因治疗带来了新的希望。近些年,在国外的一些国家已经在小白鼠体内得到较好的效果。 核酶是在对多种植物病毒卫星RNA及类病毒RNA的自我剪接研究中 发现的,数量较少,常见于rRNA的内含子。,蛋白质与核酸结构比较,核 酸 的 理 化 性 质 The

15、 Physical and Chemical Characters of Nucleic Acid,第 三 节,DNA变性的图示:,理化因素,DNA双链间氢键断裂,成两条单链。,定义:,一、核酸分子具有强烈的紫外吸收,二、DNA变性是双链解离为单链的过程,增(高)色效应: DNA变性时其溶液OD260增高的现象,例:变性引起紫外吸收值的改变,DNA的紫外吸收光谱,增色效应:DNA变性时其溶液OD260增高的现象。,DNA的变性(denaturation),方法:过量酸,碱,加热,变性试剂如尿素、酰胺以及某些有机溶剂如乙醇、丙酮等。,变性后其它理化性质变化:,OD260增高 粘度下降 比旋度下降

16、 浮力密度升高 酸碱滴定曲线改变 生物活性丧失,DNA热变性:,特点 骤然、突发式 融解温度Tm(melting temperature) Tm与G+C含量成正比,热变性,解链曲线:如果在连续加热DNA的过程中以温度对A260(absorbance,A,A260代表溶液在260nm处的吸光率)值作图,所得的曲线称为解链曲线。,Tm:变性是在一个相当窄的温度范围内完成,在这一范围内,紫外光吸收值达到最大值的50%时的温度称为DNA的解链温度,又称融解温度(melting temperature, Tm)。其大小与G+C含量成正比。,1.DNA复性(renaturation)/退火(annealing),

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