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1、实验六：蛋白质结构分析与预测,杜 娟 ,基因与蛋白质组学数据分析,实验项目六：蛋白质结构分析与预测 一、 实验目的和要求： 掌握蛋白质二级、三维结构预测服务器的使用和结果分析； 掌握常用大分子空间结构显示软件的使用方法；,2,3,实验内容1 蛋白质二级结构预测,以人基质金属蛋白酶MMP14(Matrix metalloproteinase )序列为例，介绍SOPMA的二级结构预测方法。,人基质金属蛋白酶MMP14(Matrix metalloproteinase, MMP14)氨基酸序列的fasta形式可从NCBI的蛋白质数据库获得(gi|4826834|ref|NP_004986.1|mat
2、rix metalloproteinase 14 preproprotein Homo sapiens)。,4,SOPMA二级结构预测方法,（1） 进入SOPMA主页(http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopma.html)；,（2） 在“Paste a protein sequence below”下的空白处提交蛋白序列（原始序列），可以在参数中进行符合我们要求的设置，然后点击“SUBMIT”按钮进行分析；,5,人民卫生出版社8年制及7年制临床医学等专业用生物信息学,（3） 查看结果，主要含有alp
3、ha helix (Hh)-螺旋，Extended strand (Ee)延伸链，Beta turn (Tt)-转角，Random coil(Cc)无规卷曲。其中Hh有150个氨基酸，占25.77%；Ee有110个氨基酸，占18.90%；Tt有52个氨基酸，占8.93%；Cc有270个氨基酸，占46.39%。Hh、Cc和Ee贯穿于整个氨基酸链，Tt主要分布在氨基酸链的第300个氨基酸之后。,6,SOMPA预测结果,7,第一步：进入SWISS-MODEL三级结构预测服务器主页,实验内容2 以人MMP14序列为实例 应用SWISS-MODEL服务器自动模式,第二步：选择“Start Modelin
4、g” 粘入MMP14蛋白质序列；在这里可以填写E-mail地址，将结果发送至电子邮箱，也可以在新的网页上直接展示；,8,MSPAPRPPRCLLLPLLTLGTALASLGSAQSSSFSPEAWLQQYGYLPPGDLRTHTQRSPQSLSAAIAAMQKFYGLQVTGKADADTMKAMRRPRCGVPDKFGAEIKANVRRKRYAIQGLKWQHNEITFCIQNYTPKVGEYATYEAIRKAFRVWESATPLRFREVPYAYIREGHEKQADIMIFFAEGFHGDSTPFDGEGGFLAHAYFPGPNIGGDTHFDSAEPWTVRNEDLNGNDIFLVAVHE
5、LGHALGLEHSSDPSAIMAPFYQWMDTENFVLPDDDRRGIQQLYGGESGFPTK,粘贴protein.txt中 一条蛋白质序列,MMP,输入用户Email（选填）,,9,10,选择1slm作为模板,11,12,13,14,15,16,1. 对于以下蛋白质序列，这是来自于什么物种的什么蛋白？用SOPMA方法预测这个蛋白的二级结构，将预测结果第一部分整理到实验报告里； 第36位是什么氨基酸？处于什么二级结构？第186-192区间的氨基酸处于什么二级结构？ 2. 用Swiss model 预测其三级结构，利用Pymol观察所得三级结构，写出所用的模版蛋白PDB代码，将二者双序
6、列比对的结果整理到实验报告里。 MGNTLLEALNVRVVGNGERVLVLAHGFGTDQSAWQRILPYFLPHFRIILYDLVCAGSVNPDYFDFRRYTTLDAFVDDLLNILDALGVDRCAYVGHSVSAMIGILASIRRPELFTKLVLIGASPRFLNDHDYHGGFEEGEIEKVFSAMEANYDAWVHGFAPLSVGADVPAAVREFSRTLFNMRPDITLFVSRTIFNSDLRGVLGLVKVPCCIIQTAKDVSVPTSVALYLKNHLGGRNTVEMLNVEGHLPHLSAPMLLAPVLRRALSR 3. 利用pymol观察并做出所得到三维结构的图，蛋白用cartoon显示，这个蛋白包含多少个螺旋和折叠？图片整理到实验报告中。将SOPMA的预测的结果和Swiss model预测的结果进行对比，两者结论是否相同？,作 业,实验报告,到网络教学平台-基因与蛋白质组学数据分析B2100029-教学材料-实验课件 下载基因与蛋白质组学数据分析实验报告模版 将上述问题答案整理到实验报告中，正反打印放在1张纸上（不超过1张），下次实验课上交。,17,谢谢大家！,
