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1、日本血吸虫基因组工作框架图上海，2006年5月16日王升跃 国家人类基因组南方研究中心承担单位： 国家人类基因组南方研究中心 中国CDC 寄生虫病预防控制所参加单位：上海生物信息技术研究中心 上海交通大学医学院 复旦大学生命科学院 中国科学院上海生命科学研究院 中国科学院北京基因组研究所 中国农科院家畜寄生虫病研究所 生物芯片上海工程研究中心 科技部 “863” 计划重大专项 科学院科学院 “ “知识创新工程知识创新工程”重要方向项重要方向项 目目 上海市上海市 “ “基础研究基础研究”重大项目重大项目联合攻关项目联合攻关项目世界性的寄生虫疾病世界性的寄生虫疾病l流行于76 国家和地区，主要为
2、发展中国家l感染人数 2.5 亿，威胁人群 5-6 亿l死亡人数 1.5-2 万/年，重症和伤残病人 2 千万人lWHO重点控制的寄生虫病之一p2000多年的历史p20世纪50年代初，流行与沿长江流域的12省、区、市，1亿人口受威胁，1160万人受感染p7个省仍有血吸虫病流行血吸虫病 中国最严重的寄生虫疾病之一近年全国血吸虫病疫情出现上升趋势 局部传播严重 新疫区增加 逐步向城市蔓延2004年2月，国务院成立了血吸 虫病防治工作领导小组 由国务院副总理吴仪任组长。 强调要抓住源头，综合治理，依靠科技进步，加快防治药品开发，增加药品产量，提高药品质量，为人民群众提供高效、低毒、廉价的防治药物，坚
3、决遏制血吸虫病疫情回升势头。 胡锦涛主席重要指示：做好血吸虫病防治工 作关系到人民的身体健康和生命安全，关系到 经济社会发展和社会稳定。 吴仪副总理要求：再经过七八年的努力，力 争在全国基本控制血吸虫病。2004年5月，全国血吸虫病防 治工作会议：所面临的问题预防 群体化疗和有限的钉螺控 制，难以有效地阻断传播 和控制人群的反复感染 候选疫苗有效保护率低下 （3040）诊断 粪便检查的依从性下降,大 量人群的粪检费时费力 依然缺乏快速、简便、准 确的检测现症感染及疗效 考核的方法治疗治疗 单一药物：吡喹酮单一药物：吡喹酮 潜在的药物耐受性潜在的药物耐受性耕牛感染的控制耕牛感染的控制80%80%
4、的传播归因于耕牛的传播归因于耕牛 耕牛化疗的覆盖率低耕牛化疗的覆盖率低国际血吸虫基因组研究计划日本血吸虫 曼氏血吸虫转录组 EST 84,449/14,963 163,586/30,988 蛋白质组 蛋白质 3200 基因组 南方中心,寄生虫病所 TIGR/Sanger Inst. 覆盖率 6X 7X测序战略全基因组随机测序法测序战略全基因组随机测序法染色体染色体Plasmid 2- 10 kbPlasmid 2- 10 kbFosmid Fosmid 40 kb40 kbBAC BAC 100kb100kb基因组 DNA测序组装基因组序列文库构建全基因组测序和拼装全基因组测序和拼装序列拼装克
5、隆文库库序列数平均序列长长度 bp序列总长总长 度 bp (Q20)覆盖率 X Plasmid-S2,029,1587021,116,678,3094.14Plasmid-L1,188,934580577,869,8762.14Fosmid40,35662019,840,9870.07BAC70,63074037,045,7420.14 总计总计3,329,0786581,751,434,9146.49个数长长度 (N50) bp总长总长 Mb基因组组 Conig (2kb)52,7726,399285.883.2 Total Contig10,51815,362343.7100 SuperC
6、ontigs(25k)2,513200,282290.881SuperContigs(8.8k)4.689176,311323.890 Total SuperContigs21,651151,707359.6100日本血吸虫基因组工作框架图基因组蛋白质组1. 寄生虫的基本生物学特征2. 与宿主的相关关系3. 生物界中进化的过程转 录 组重要功能基因生物信息学线索:1. 诊断2. 疫苗3. 新药日本血吸虫基因组工作框架图 序列公布n我国首次对一个人体寄生虫进行全基因组测序 n正式向上海市研发公共服务平台生命科学与生 物技术数据中心提交n向全世界公布共计300多万个DNA序列数据和 序列拼装数据n血吸虫病及其他寄生虫病相关研究机构和科学 家共享这一研究成果谢 谢！
