《热带太平洋深海可培养细菌多样性与新种oceanicolaeastpnpsp.nov.的鉴定》由会员分享，可在线阅读，更多相关《热带太平洋深海可培养细菌多样性与新种oceanicolaeastpnpsp.nov.的鉴定（35页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、海洋生物学专业优秀论文海洋生物学专业优秀论文 热带太平洋深海可培养细菌多样性与新热带太平洋深海可培养细菌多样性与新种种 OceanicolaOceanicola eastpnpeastpnp sp.nov.sp.nov.的鉴定的鉴定关键词：热带太平洋关键词：热带太平洋 细菌多样性细菌多样性 环境生态分析环境生态分析 ARDRAARDRA 新种鉴定新种鉴定 碳循环碳循环摘要：海洋细菌作为自然界生态系统的重要一员，在地球物质循环、能量转换、 环境与健康方面发挥着重要作用；海洋细菌多样性的研究是环境科学、生态学 和环境工程研究领域的重点；特别是针对大多数未知种群的研究可探知蕴藏其 中无法估量的资源，
2、同时由于海洋细菌群落对环境状态的变化以及环境污染会 作出迅速反应，因此也可用于监控环境变化，成为环境变化的标记；另外，海 洋细菌也是新的特殊生物活性物质的重要来源。 本课题承担“中国大洋协会” 的“十五”第二期项目“深海微生物资源及其工业化应用研究”(DY105-04-02- 06)、中国大洋协会项目“深部生物圈的群落结构及其在碳循环的作用” (G2000078504)和科技部“973”项目“地球圈层相互作用的深海过程和深海记 录”的第四课题“深海生物圈在物质循环中的作用”(DY105-02-03)的子课题的 海洋细菌菌种资源方面的工作。通过中国大洋协会的“大洋一号”和广州地质 调查局的“海洋
3、四号”科学调查船，共从热带太平洋的“西太暖池区” 、 “东太 多金属结核区”和“东太硫化物区”11 站位采集 55 个样品，从中共分离海洋 细菌 210 株，通过 16S rRNA 基因序列分析方法对菌株进行鉴定，利用 Biolog 鉴定系统对海洋细菌碳源利用特征进行分析，利用 Biodiversity Pro 分析软件 对西太平洋暖池区和东太平洋结核区底质分离的海洋细菌物种多样性进行了研 究，并对抗铬菌和利用生物杀灭剂的细菌进行了筛选；对 ARDRA 在细菌多样性 分析中的应用进行了初步研究；在分离细菌的基础上，对一株海洋细菌进行了 系统的鉴定。 结果表明：所获得 210 株海洋细菌鉴定为
4、29 属 57 种；海水样 品共分离 82 株细菌，鉴定为 16 属 27 种，其中 Glt;#39;+gt; 细菌有 7 属 11 种 36 株，占分离菌株总数的 43.9，Glt;#39;- gt;细菌有 11 属 16 利 146 株，占分离菌株总数的 56.1；底质样品分离 细菌 128 株，鉴定为 23 属 43 种，其中 G+细菌有 15 属 24 种 78 株，占分离菌 株总数的 60.9，Glt;#39;-gt;细菌有 15 属 24 种 50 株，占 分离菌株总数的 39.1；统计表明革兰氏阴性细菌在海水样品中较丰富，而革 兰氏阳性细菌在底质沉积物中占优势。另外，盐单胞菌属(
5、Halomonas)在所有样 品都有分离到，共得到 11 种。对 23 株海洋细菌进行 Biolog 碳源利用试验，结 果显示副凝聚短状杆菌是 Glt;#39;+gt;细菌中对 95 种碳源利 用最多的菌种，可利用其中的 51 种碳原，在 Glt;#39;-gt;细 菌中，能利用最多的是细菌为盐单胞菌，有 53 种碳源可被利用；最容易被细菌 利用的碳原为 -D-葡萄糖，能利用细菌占所有菌株 95.7，其次为 D-果糖， 占 73.9。通过系统发育分析发现所获得的菌株主要来自变形菌门 (Proteobacteria)，的 亚群，其次来自于放线菌门(Acfinobacteria)，厚壁 菌门(Fi
6、maicutes)等类群，只有 4 株属于变形菌门(Proteobacteria)的 亚群。 利用生物统计学方法对太平洋各区群落结构物种数目进行了计算，衡量了各区 群落规模和物种多样性指数，结果表明在太平洋暖池区和东太平洋结核区东西 区底质样品中，西太平洋暖池区多样性程度最高，各区之间都存在差异，推测 不同海区的地理特征和水深及沉积物深度是引起这种差异的主要原因。通过菌株活性检测，筛选到具有抗铬活性的菌株 18 株；对甲醛、乙醇、戊二醛三种生 物杀灭剂的利用细菌进行了筛选，分别筛选到 8 株、18 株和 9 株。对一株革兰 氏阴性细菌，短杆状菌株 B-3030 进行了鉴定。此菌株分离自东太平洋
7、结核区站 位 ES0304 1500m 海水中。菌株的生长温度范围为 10-40，最适生长温度是 25。在 pH 为 5.5-9.5 范围下可以生长，最适生长 pH 为 7.5-8.0生长需要 NaCl，能够在 1-10的 NaCl 浓度下生长，NaCI 浓度为 3-4时生长得最好。 主要的脂肪酸是：C18：1 7c(87.79)C16：0(6.63)C18：1 methyl(2.18)C18：0(2.18)。G+C mol是 64.9。基于 16S rRNA 序列发 育分析表明 B-3030 属于 Oceanicola 属。与目前已鉴定到种的最近缘的菌株是 Oceanicola batsen
8、sis(96.3)。菌株 B-3030 与 Oceanicola 属其他菌种在基 因型、表型和系统发育分析上明显不同。表明 B-3030 是属于 Oceanicola 属的 一个新种，命名为 Oceanicolaeastpnp sp.nov ，并以 B-3030 作为模式菌。 以东太平洋海洋微生物群落为研究对象，选取 48 株进行培养，然后进行 16SrDNA 基因扩增，并用限制性内切酶 RsaI 和 MspI 对 PCR 产物进行 ARDRA(Applicability of combined amplifled ribosomal DNA analysis)多态 性分析，共得到 10 种不
9、同的操作分类单元(Operational Taxonomic Unit，OTU)。 其中 OTU4 和 OTU10 所包含的菌株分别占总分离物的 35.4和 18.8，为优势 分离菌；并对其进行序列测定。结果显示：应用 ARDRA 来初步筛选菌株是可行 的；16S rRNA 序列分析反映出细菌整个基因组结构的差异；说明东太平洋海域 的海水具有明显的微生物种群多样性特征。正文内容正文内容海洋细菌作为自然界生态系统的重要一员，在地球物质循环、能量转换、 环境与健康方面发挥着重要作用；海洋细菌多样性的研究是环境科学、生态学 和环境工程研究领域的重点；特别是针对大多数未知种群的研究可探知蕴藏其 中无法
10、估量的资源，同时由于海洋细菌群落对环境状态的变化以及环境污染会 作出迅速反应，因此也可用于监控环境变化，成为环境变化的标记；另外，海 洋细菌也是新的特殊生物活性物质的重要来源。 本课题承担“中国大洋协会” 的“十五”第二期项目“深海微生物资源及其工业化应用研究”(DY105-04-02- 06)、中国大洋协会项目“深部生物圈的群落结构及其在碳循环的作用” (G2000078504)和科技部“973”项目“地球圈层相互作用的深海过程和深海记 录”的第四课题“深海生物圈在物质循环中的作用”(DY105-02-03)的子课题的 海洋细菌菌种资源方面的工作。通过中国大洋协会的“大洋一号”和广州地质 调
11、查局的“海洋四号”科学调查船，共从热带太平洋的“西太暖池区” 、 “东太 多金属结核区”和“东太硫化物区”11 站位采集 55 个样品，从中共分离海洋 细菌 210 株，通过 16S rRNA 基因序列分析方法对菌株进行鉴定，利用 Biolog 鉴定系统对海洋细菌碳源利用特征进行分析，利用 Biodiversity Pro 分析软件 对西太平洋暖池区和东太平洋结核区底质分离的海洋细菌物种多样性进行了研 究，并对抗铬菌和利用生物杀灭剂的细菌进行了筛选；对 ARDRA 在细菌多样性 分析中的应用进行了初步研究；在分离细菌的基础上，对一株海洋细菌进行了 系统的鉴定。 结果表明：所获得 210 株海洋
12、细菌鉴定为 29 属 57 种；海水样 品共分离 82 株细菌，鉴定为 16 属 27 种，其中 Glt;#39;+gt; 细菌有 7 属 11 种 36 株，占分离菌株总数的 43.9，Glt;#39;- gt;细菌有 11 属 16 利 146 株，占分离菌株总数的 56.1；底质样品分离 细菌 128 株，鉴定为 23 属 43 种，其中 G+细菌有 15 属 24 种 78 株，占分离菌 株总数的 60.9，Glt;#39;-gt;细菌有 15 属 24 种 50 株，占 分离菌株总数的 39.1；统计表明革兰氏阴性细菌在海水样品中较丰富，而革 兰氏阳性细菌在底质沉积物中占优势。另外，
13、盐单胞菌属(Halomonas)在所有样 品都有分离到，共得到 11 种。对 23 株海洋细菌进行 Biolog 碳源利用试验，结 果显示副凝聚短状杆菌是 Glt;#39;+gt;细菌中对 95 种碳源利 用最多的菌种，可利用其中的 51 种碳原，在 Glt;#39;-gt;细 菌中，能利用最多的是细菌为盐单胞菌，有 53 种碳源可被利用；最容易被细菌 利用的碳原为 -D-葡萄糖，能利用细菌占所有菌株 95.7，其次为 D-果糖， 占 73.9。通过系统发育分析发现所获得的菌株主要来自变形菌门 (Proteobacteria)，的 亚群，其次来自于放线菌门(Acfinobacteria)，厚壁
14、 菌门(Fimaicutes)等类群，只有 4 株属于变形菌门(Proteobacteria)的 亚群。 利用生物统计学方法对太平洋各区群落结构物种数目进行了计算，衡量了各区 群落规模和物种多样性指数，结果表明在太平洋暖池区和东太平洋结核区东西 区底质样品中，西太平洋暖池区多样性程度最高，各区之间都存在差异，推测 不同海区的地理特征和水深及沉积物深度是引起这种差异的主要原因。通过菌 株活性检测，筛选到具有抗铬活性的菌株 18 株；对甲醛、乙醇、戊二醛三种生 物杀灭剂的利用细菌进行了筛选，分别筛选到 8 株、18 株和 9 株。对一株革兰 氏阴性细菌，短杆状菌株 B-3030 进行了鉴定。此菌株
15、分离自东太平洋结核区站 位 ES0304 1500m 海水中。菌株的生长温度范围为 10-40，最适生长温度是25。在 pH 为 5.5-9.5 范围下可以生长，最适生长 pH 为 7.5-8.0生长需要 NaCl，能够在 1-10的 NaCl 浓度下生长，NaCI 浓度为 3-4时生长得最好。 主要的脂肪酸是：C18：1 7c(87.79)C16：0(6.63)C18：1 methyl(2.18)C18：0(2.18)。G+C mol是 64.9。基于 16S rRNA 序列发 育分析表明 B-3030 属于 Oceanicola 属。与目前已鉴定到种的最近缘的菌株是 Oceanicola
16、batsensis(96.3)。菌株 B-3030 与 Oceanicola 属其他菌种在基 因型、表型和系统发育分析上明显不同。表明 B-3030 是属于 Oceanicola 属的 一个新种，命名为 Oceanicolaeastpnp sp.nov ，并以 B-3030 作为模式菌。 以东太平洋海洋微生物群落为研究对象，选取 48 株进行培养，然后进行 16SrDNA 基因扩增，并用限制性内切酶 RsaI 和 MspI 对 PCR 产物进行 ARDRA(Applicability of combined amplifled ribosomal DNA analysis)多态 性分析，共得到 10 种不同的操作分类单元(Operational Taxonomic Unit，OTU)。 其中 OTU4 和 OTU10 所包含的菌株分别占总分离物的 35.4和 18.8，为优势 分离菌；并对其进行序列测定。结果显示：应用 ARDR
