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1、Linux简介与vasp 初步王锐重庆大学物理学院物理系2011.05.09目录 Linux 简介 http:/ Vasp 初步 1. 概述 2. 单个原子的计算（H原子） 3. 晶格常数的优化 4. 计算前的验证 5. 能带计算(单层石墨graphen)Linux使用简介登陆方式 1. Windows 登录方式远程登录主要有Secure Shell (SSH)的登陆方式。在 Windows系统下需要安装支持SSH的终端模拟器软件（如 SecureCRT、Mindterm等)。2. Linux 登录方式若采用Linux终端，也可以登录远程主机，登录方式如下；用法：ls 选项 例： ls #查看
2、当前目录内容 ls a#查看所有的文件 ls l#查看文件详细信息，如显示了文件创建的日期、它的大 小、所有者、权限等等 . ls *.exe #显示扩展名为exe的文件ls：查看目录内容mkdir 创建目录 （文件夹） 用法：mkdir 路径+目录名例：mkdir mydir#在当前路径下创建mydirmkdir /tmp/dir #在/tmp目录下创建dirmkdir 创建目录 （文件夹） 用法：mkdir 路径+目录名例：mkdir mydir#在当前路径下创建mydirmkdir /tmp/dir #在/tmp目录下创建dircd： 改变所在目录使用方式 : cd dirName 例：
3、 cd /home/test #进入/home/test目录 cd . #回到上一级目录 cd #回到你的登录目录 cd test #进入当前目录下的test目录pwd：显示你的当前路径用法：pwd 例： cd /share/apps/vasp pwd/share/apps/vaspvi 建文件文与本编辑器用法：vi 文件名 进入vi后命令： i 光标前插入 文件操作按Esc，打 “：”出现命令提示：q 退出 wq存盘退出 q！ 不保存退出cat：显示文件内容用法：cat 文件名cp 复制文件用法：cp 源文件 目标文件 例： cp file1 file2 #当前目录下复制file1到file
4、2 cp file1 /tmp #复制当前目录下的file1到/tmp目录下mv 移动文件用法：mv 源文件 目标文件 例： mv file1 file2 #当前目录下将file1移动到file2 cp file1 /tmp #移动当前目录下的file1 /tmp目录下rm 删除文件用法：rm 文件名 例： rm file1 #删除当前路径下file1 rm rf test #强制删除test目录ps aux #查看进程kill 进程编号 #结束进程 Sh脚本的写法 http:/ scp r usrname10.253.112.*:direction/filename ./1. 概述 软件主要
5、功能： l 采用周期性边界条件（或超原胞模型）处理原子、分子、团簇、纳米线 （或管）、薄膜、晶体、准晶和无定性材料，以及表面体系和固体 l 计算材料的结构参数（键长、键角、晶格常数、原子位置等）和构型 l 计算材料的状态方程和力学性质（体弹性模量和弹性常数） l 计算材料的电子结构（能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF ） l 计算材料的光学性质 l 计算材料的磁学性质 l 计算材料的晶格动力学性质（声子谱等） l 表面体系的模拟（重构、表面态和STM模拟） l 从头分子动力学模拟 l 计算材料的激发态（GW准粒子修正） Vasp 初步本服务器信息wangruiphy-cluster
6、bin$ cat vasp-p #!/bin/sh source /opt/intel/impi/4.0.0.027/bin64/mpivars.sh which mpdboot mpdboot mpiexec -n 1 /share/apps/vasp/bin/vasp52_impi4.0.0.027_mkl10.2.5.035 在同一个目录下准备好四个文件：INCARPOSCAR (POSITION +CAR)KPOINTSPOTCAR (类似于分子动力学中势场文件， 但信息更多)2. 单个原子能量计算（H原子）氢原子的能量为-13.6eV在这一节中，我们用VASP计算H 原子的能量 IN
7、CAR 文件SYSTEM=H #注释行 ISTART=0 #表示新的计算 ICHARG=2 #表示原子 ENCUT=300 #切断能 ISPIN=2 #考虑自旋POSCAR 文件 Htom #注释行 15 #晶格常数 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 #晶格基矢量 1 # 原胞内的原子 Cart #笛卡尔坐标 0.0 0.0 0.0 #原子的初始坐标KPOINTS 文件Atuo #注释行 0 #0表示自动产生 Monk #产生方法 1 1 1 #1*1*1,网络尺寸 0.0 0.0 0.0 #k点相对于原点平移POTCAR 文件路径： /share/app
8、s/vasp/bin/pot/For atoms and molecules, the Bloch theorem does not apply,hence there is no need to use more than one single k-point.When more k-points are used, only the interaction between the atoms (which should be zero)is described more accurately. zcat /share/apps/vasp/bin/pot/paw/potpaw_PBE/H/P
9、OTCAR.ZPOTCAR已经有四个文件执行VASP 前台运行：$ vasp-p 后台运行：nohup vasp-p out 2 ICHARG = 2 ISMEAR = -5 NSW = 0; IBRION = -1 ISIF = 2 ISPIN = 2 EDIFF = 1.0E-5; PREC = Accurate LWAVE =.FALSE. LCHARG =.FALES.KPOINTS atuo 0 Monk 13 13 13 0.0 0.0 0.0POTCAR zcat /share/apps/vasp/bin/pot/paw/potpaw_PBE/H/POTCAR.ZPOTCARPO
10、SCAR 用这样一个循环脚本代替chmod +x loopnohup ./loop out 2&1 &a=Experimental value: 2.86 A5.能带计算（单层石墨）1).自洽计算产生正确的基态电子密度 INCAR 文件 SYSTEM = C PREC =accurat #medium, high lowISTART = 0 # job : 0-new 1-cont 2-samecutICHARG = 2 # charge: 1-file 2-atom 10-constEDIFF = 0.1E-03 # stopping-criterion for ELMNSW = 0 # n
11、umber of steps for IOMIBRION = 2 # ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CGISIF = 2 #stress and relaxation KPOINTS文件: Auto 0 Monkhorst Pack 5 5 5 0 0 0POSCAR文件C 2.45944 # 晶格常数 1.000 0.000 0.000 0.500 0.866 0.000 0.000 0.000 15.000 #层间距取得大 2 #表示复式格子 Cartesian 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.288667 0.
12、000000 #第二个原子位置POTCAR文件 zcat /share/apps/vasp/bin/pot/potpaw-gga/C/POTCAR.ZPOTCAR运行 qsub /home/shfwang/queue.pbs2).在固定电子密度的情况下，得到选取K点的能量本征值。 修改INCARINCAR 文件 SYSTEM = C PREC =accurat ISTART = 0 ICHARG = 11 EDIFF = 0.1E-03 NSW = 0 IBRION = 2ISIF = 2ICHARG = 11 #表示 从CHGCAR中读入电荷分布 ，并且在计算中保持不变 k-points along high symmetry lines 40 #K点的个数 Line-mode #产生方法 cart 0.0 0.0 0.0 # 1.000000 0.0 0.0表示沿 kx 方向产生40个K点运行程序查看能带 cat EEIGENVAL Tight bindingBy vasp 谢谢大家！
