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1、 生物分子功能注释系统（CB-MAS） 使用快速入门 博奥生物有限公司 北京 2009 年 目目 录录 1 注册（注册（REGISTER）.2 2 登录（登录（LOGIN）.4 3 项目操作（项目操作（PROJECT OPERATION）.5 4 分析操作（分析操作（ANALYSIS OPERATION）.6 5 查询（查询（QUERY ）.11 5.1 全文检索（FREE WORD SEARCH）.12 5.2 BLAST比对（BASIC BLAST）.12 - - 1MAS 系统是一个对高通量生物实验数据（如生物芯片实验数据）提供全面生物学功能注释的分析平台系统。系统可处理多个物种的高通量
2、实验数据，具有全面、快速、准确、直观等特点。MAS 将目前多种生物信息学公共数据库中的注释相关信息相整合，提供包括基因、蛋白、功能、表达、蛋白相互作用、信号转导、调控、疾病、甲基化等生物学信息，有助于用户了解表达基因之间的相互关系。 系统集成了 Genbank、EMBL、SwissProt 等通用序列数据库，以及 Gene Ontology、KEGG、BioCarta、GenMapp、mirBase、EPD、HPRD、 MIND、BIND、intAct 、TRANSFAC、UniGene、dbSNP、OMIM、InterPro 等功能数据库，以及HUGO、MGI、RGD 等物种专业数据库，为多
3、种生物分子提供功能分类、代谢通路、 表达调控、 遗传疾病等全方位的注释信息。 此外， 系统支持多种查询方式，提供图形化的显示结果， 系统还提供了比较基因组、 序列比对、 全文检索等功能。MAS 系统是用户深入挖掘和理解高通量实验数据（如生物芯片）生物学意义的有力工具。 1 注册（注册（REGISTER） 在 IE 浏览器中输入访问网址，进入 MAS 系统登录界面。 图 1-1 MAS 系统登录页面 - - 2新用户需要首先注册电子邮箱。点击“Register”，弹出用户注册窗口，填写登录信息和用户信息（其中带红色星号标记的字段为必填项） ，完成后点击提交按钮，提交注册信息，为了能顺利通过审核，
4、请完整真实的填写用户注册信息。 图 1-2 注册信息填写 - - 3系统管理员会根据用户提交的信息的真实和完整与否审核用户信息， 发激活用户账号的电子邮件给注册用户。 图 1-3 激活账号的邮件信息 用户自行查收邮件（在 MAS 系统中注册所用的邮箱地址） ，并点击邮件中的“Active my MAS account”链接，激活 MAS 中的帐户。如果未收到此邮件，可以直接致电给博奥生物有限公司生物信息组或者给登录首页上的 FeedBack email 发送邮件，追踪注册进展情况。 2 登录（登录（LOGIN） 注册用户，可以直接在登录界面输入 email 和密码，点击 login 按钮登录系
5、统。 图 2-1 登录系统 点击“Manual”按钮，下载 MAS 系统使用的快速入门，供用户使用系统时做参考。 - - 4登录系统后，系统会有通知消息弹出，用户可以从中关注 MAS 系统的最新信息。 图 2-2 系统通知 3 项目操作（项目操作（PROJECT OPERATION） 点击 Project List 下方的 图标，弹出项目添加窗口，定义 Project 相关信息后点击“Submit”，提交生成一个新项目。 图 3-1 新建一个 project - - 5在 Project List 的 Operation 中，点击图标可修改 Project 属性，点击 图标，进入该 Proje
6、ct，查看其中所有的 Analysis。 图 3-2项目列表 4 分析操作（分析操作（ANALYSIS OPERATION） “Analysis”属于系统查询功能中的精确查询。在建立数据分析时，用户可通过选择所需查询的物种、生物分子标识符进行精确查询，同时可选择查询使用的注释库来限定功能分子注释水平； 另外高通量表达谱数据可以和其他非常规高通量生物实验数据一起在选定的注释库中进行关联查询。 图 4-1 分析界面 从 Project 进入 Analysis List 之后，点击 图标创建一个新的 Analysis，弹出定义本次 Analysis 的页面，录入本次分析的各项参数。 - - 6图 4
7、-2 录入分析参数 Name 为本次分析的名称； Description 为本次分析的描述； Species 定义本次待分析数据的物种来源，现支持 18 个物种； - - 7图 4-3 MAS 系统支持物种 Compare To 提供与 human, mouse 物种的同源性比较； 大文本框大文本框 为本次待分析数据粘贴区，通常粘贴的数据可从 Excel 文件转换而来，第一行为属性说明，第一列为待分析的生物分子，其它列可为各次实验数据，可同时分析多达 10 次实验的高通量数据，数据之间以 Tab 键隔开。系统提供演示数据，可点击“Sample”获得； Molecular Type 定义本次待分
8、析的生物分子类型，即文本框内第一列数据的属性。支持 Gene, mRNA, Protein, miRNA, GO, SNP, Probe, Transfactor 和Promoter 等分子类型； Datebase Symbol 选择本次待分析数据中对该类型分子的描述方式， 不同数据库对分子的标识方式不同，如 Gene Id、Gene Symbol 或 Tair ID 等等； Log2Ratio 选中表示对输入实验数据作 Log2Ratio 的转换运算（对实验数据比值做线性归一化运算） ； Filter 设定 Up 和 Down 过滤条件，对数据进行筛选，对符合范围内数据进行分析，如果选了 L
9、og2Ratio,那么是对转换运算之后的数据做过滤； - - 8Combination Query ? 系统支持关联分析非常规高通量生物实验数据（如MiRNA芯片） ，选择Combination Query，在弹出的文本框内输入要关联分析的芯片数据，格式要求与“大文本框”内的数据格式相同，也需要选择要查询的分子类型和相关数据库中该分子类型的标识方式； 图 4-4 关联分析的 MiRNA 芯片数据录入界面 ? 选择本次分析所要查询的数据库范围，以确定此次注释的分子水平：Gene、mRNA、miRNA、GO、Pathway、UniGene、Disease、Probe、TF、Promoter、Int
10、eraction、CPGIsland、CoRegulatedGene。可单击“All”全选。 Email Note 选中则该分析运算完成后用户注册的邮箱会收到系统发送的分析完成通知（测试中） 。 图 4-5 新建分析列表显示 - - 9提交后生成一个新的分析，点击 图标开始运算。 图 4-6 开始分析 图 4-7 分析中 分析完成后，点击 Operation 图标，查看本次分析结果。Summary 为分析结果总览，全面说明输入分子关联的生物信息。Pathway、Gene Ontology 等专题说明一个类型的关联。 点击右上角图标，可把该页面的数据以 csv 格式导出到本地保存。 - - 10
11、图 4-8 分析结果 Summary 点击某个生物分子名称， 可链接到该分子说明页面， 显示所有关联生物信息。 图 4-9 单分子页面 5 查询（查询（QUERY ） - - 115.1 全文检索（全文检索（FREE WORD SEARCH） 图 5-1 全文检索 5.2 BLAST 比对（比对（BASIC BLAST） 图 5-2 Blast 比对 目前实现了核酸序列和蛋白序列的同源比对。 支持对 5 种模式生物的蛋白库和核酸库的序列查询比对，实现在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。Blast 是蛋白/核酸序列到蛋白库/核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 - - 12图 5-3 blastn 比对界面 - - 13
