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2、文慧(校內)3.5SNP and Whole Genome Association Study9:0012:308/4陳華鍵(校內)3.5MicroRNA and Gene Regulation9:0012:308/1鄧致剛(校內)3.5Transcriptomics II SAGE ISBN: 0471383910 ContentsBioinformatics and the Internet The NCBI Data Model The GenBank Sequence Database Structure Databases Genomic Mapping and Mapping Da
3、tabases Information Retrieval from Biological Databases Sequence Alignment and Database Searches Multiple Sequence Alignment Predictive Methods using DNA Sequences Predictive Methods using Protein Sequences Expressed Sequence Tags Sequence Assembly and Finishing Methods Phylogenetic Analysis Compara
4、tive Genome Analysis Using Perl to Facilitate Biological AnalysisBioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes the San Diego Supercomputer Center at the University of California, San Diego; and the National Institute of Standards and
5、Technology - three members of the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB). The PDB is supported by funds from the National Science Foundation, the Department of Energy, and two units of the National Institutes of Health: the National Institute of General Medical Sciences and the
6、National Library of Medicine.The Cancer Genome Anatomy Project (CGAP) http:/cgap.nci.nih.gov/Metabolic & Signalling PathwaysBiocarta ( http:/)Kyto Encyclopedia of Genes &Genomes http:/www.genome.ad.jp/kegg/THE COMPONENTS OF BIOINFORMATICSTECHNOLOGYTECHNOLOGYDATABASEDATABASEALGORITHMALGORITHMCOMPUTIN
7、G COMPUTING POWERPOWERANALYSIS ANALYSIS TOOLSTOOLSBIOINFORMATICS ANALYSIS TOOLSBIOINFORMATICS ANALYSIS TOOLS$ $Vector NTI suite, Omiga, DNAsis$ $Staden Package, EMBOSIS, BLAST, FASTAOn line analysis toolsOn line analysis tools國家衛生研究院巨分子序分析服務國家衛生研究院巨分子序分析服務http:/bioinfo.nhri.org.tw/在 Unix 系 統 下 以 Com
8、mand Mode 進 核 酸 或 蛋 白 質 的 序 分 析 。 ( telnet:/bioinfo.nhri.org.tw ) 巨 分 子 序 分 析 服 務巨 分 子 序 分 析 服 務 GCG巨 分 子 序 分 析 服 務巨 分 子 序 分 析 服 務 SeqWeb 線 至 SeqWEB 以 瀏 覽 器 進 核 酸 或 蛋 白 質 的 序 分 析 。 (http:/bioinfo.nhri.org.tw/) Smith-Waterman 快 速 序 搜 尋 系 統快 速 序 搜 尋 系 統 GenWEB 直 接 線 至 GenWeb 以 瀏 覽 器 進 核 酸 或 蛋 白 質 的 快
9、速 序 搜 尋 。 以 特 殊 設 計 的 硬 體 加 速 序 搜 尋 的 速 , 可 進 Smith-Waterman 及 FrameSearch 等 搜 尋 功 能 。 (http:/sw.nhri.org.tw/cgi-bin/genweb/bin/login.cgi) ExPASy (Expert Protein Analysis System) 線 至 ExPASy 以 瀏 覽 器 進 蛋 白 質 的 序 分 析 。 (http:/tw.expasy.org)EMBOSS 線 至 SeqWEB 以 瀏 覽 器 進 核 酸 或 蛋 白 質 的 序 分 析 (http:/srs.nchc
10、.org.tw/EMBOSS/)THE COMPONENTS OF BIOINFORMATICSTECHNOLOGYTECHNOLOGYDATABASEDATABASEALGORITHMALGORITHMCOMPUTING COMPUTING POWERPOWERANALYSIS ANALYSIS TOOLSTOOLSSunFire 680016 CPU醫學大醫學大90917設備COMPUTER SunFire 6800 Sun V60 Cluster IBM X336 Cluster IBM X225 Cluster HP DL580G3 Cluster LunuxWorX Cluster
11、IBM Z-pro Graphic Station 教學電腦 教學電腦CPU Sparc 750 MHz Xeon 2.8 GHz Xeon 3.2 GHz Xeon 2.4 GHz Xeon 3.0 GHz Xeon 2.4 GHz Xeon 3.2 GB x 2 P4 2.4 GHz P4 3.2 GHzNO. 24 20 14 2 16 8 2 15 15MEMMORY 48 GB 20 GB 14 GB 1.5GB 16 GB 8 GB 3 GB 512 MB 1 GBITEMS Proware RAID System Petastor Fibre RAID System Prowar
12、e NAS System Brocad silkworm 2G Fibre switch UPS UPS Video Conference System Telephone Conference SystemSPECIFICATION 250 GB x 16 (4 TB) 400 GB x 16 (6.4 TB x 4) 80 GB x 8 (640 GB) 12 ports 10 KVA 30 KVA Centura Polycom sound stationNO 1 4 1 1 1 2 50 1設備Paracel BLAST Paracel TranscriptAssemblerVecto
13、r NTI Advanced Server GENOMAX High-Throughout Sequence Analysis SystemBioinformatics Linux Cluster Expression Sequence Tag Analysis PipelineProtein Modeling & Docking System Lead Compound DatabaseProtein Sequence Analysis PipelineSequence Retrieval System The European Molecular Biology Open Software
14、 Suite MetaCore: PPI NetworkExpressionist設備Steps to Identify a GeneSteps to Identify a Gene Gene-Search Protein-Search Annotation-2AGATGCGAAAAA TCTACGGCAA TTACATTACG CAGAAGCGTC TCGGTTCAGG AAGTTTCGGA GAGGTTTGGG AAGCTGTCAG TCATTCGACC GGACAAAAGG 101TTGCTCTCAA ATTAGAGCCC CGAAACTCTA GTGTTCCACA ATTATTTTTC
15、 GAAGCCAAGC TATACTCAAT GTTTCAGGCT TCAAAATCCA CAAATAATAG 201TGTAGAACCA TGCAACAACA TTCCAGTTGT TTATGCGACT GGTCAAACAG AGACAACTAA CTACATGGCC ATGGAATTAC TTGGCAAGTC TCTGGAAGAT 301TTAGTTTCAT CGGTCCCTAG ATTTTCCCAA AAGACAATAT TAATGCTTGC CGGACAAATG ATTTCCTGTG TTGAATTCGT TCACAAACAT AATTTTATTC 401 ACCGCGACAT CAA
16、GCCAGAT AATTTTGCGA TGGGAGTCAG TGAGAACTCA AACAAAATTT ATATTATCGA TTTTGGACTT TCCAAGAAGT ACATTGACCA 501AAATAATCGT CATATTAGAA ATTGCACAGG AAAATCACTT ACCGGAACCG CAAGATATTC ATCAATTAAT GCGCTCGAAG GAAAGGAACA GTCTATAAGA 601GATGACATGG AATCTTTGGT ATATGTCTGG GTTTATTTAC TTCATGGACG TCTTCCTTGG ATGAGCTTAC CTACAACAGG CCGCAAGAAG TATGAGGCCA 701TTTTAAT
