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1、2005 Doctoral Forum of China生命科学分论坛2005 Doctoral Forum of China对动物跨膜蛋白家族发生时间分布谱的分析报告人：丁国徽 学 校：上海生命科学院 2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China研究背景 跨膜蛋白本身 生物和外界进行信息交互的通道。 容易用计算机对其进行分类。 很多实验室对跨膜蛋白非常有兴趣。 研究本身的进化意义 和宏观水平的进化的关系。环境 有没有在分子水平留下印记？如何 发现这种印记？ 分子水平的独有模式或者分布预示 着什么？Nature. 2004 Oct 21;431(7
2、011):913. Date3相约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China之前的有关研究Science. 2002 Aug 16;297(5584):1137-42. Review. Nature. 2005 Mar 10;434(7030):208-10. Nature. 2000 Mar 9;404(6774):177-80. Science. 2000 Dec 1;290(5497):1758-61. Date4相约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of
3、China思路 恒定的时间时间 提供了一个基准 分析跨膜蛋白家族的时间谱时间谱 与宏观进观进 化的时间谱时间谱 之 间间的关联联（从分子水平映射到种群水平） 生物学研究中的时间时间 序列问题问题分子进进化研究就是把功能研究加上一个时间轴时间轴 。 GXDate5相约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China生物学原理Genetics. 1999 Apr;151(4):1531-45. Accumulation of mutationsEnvironment/Genetic background selectionDate6相
4、约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China计计算原理1399_1.treesSystematic Biology 52:705-716. Date7相约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China方法纲纲要 构建跨膜蛋白的家族 整合COG和HOVERGEN的方法 计计算家族分歧时间时间 NG方法构建家族的演化拓扑结结构 PAML计计算各个节节点的分歧时间时间 分析分歧时间时间 分布谱谱（时间时间 序列分析） 核密度拟拟合的办办法绘绘制分歧时间时间 分布谱谱
5、 多项项式拟拟合的方法描绘绘整体趋势趋势 快速傅立叶方法分解时间谱时间谱 的周期性 蒙特卡罗罗的方法估计计可靠性Date8相约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China结结果与分析 整体的蛋白“年龄龄”分布图图Date9相约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China结结果与分析 起主导导地位的氧气事件以及与细细胞多样样化的一致性Date10相约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China结
6、结果与分析 与生物的多样样性演化 的关联联Date11相约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China结结果与分析 “年龄龄”分布的周期性Date12相约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China启示与推论论 跨膜蛋白演化过过程中与氧气事件的强关联联，以及与多 细细胞生物演化的联联系。 跨膜蛋白演化与生物多样样性尺度的负负相关性，暗示 环环境剧变剧变 情况下，分子水平与宏观观水平的不同反应应 ，最终终达到动态动态 平衡。 分子和宏观观两个尺度共同体现现的周期
7、性，预预示着二 者的耦合性。二者之间间背后是因为为系统统本身运作的 周期性还还是第三方的干扰扰的周期性有待考虑虑。 可以从分子水平暗示宏观观水平的事件。Date13相约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China事情远远没有这这么简单简单 。 需要更多的数据，更可靠的统计统计 ，更聚焦的点。 对对分子生物学和群体生物学更为专业为专业 的思考。 Date14相约百年复旦 共创世纪学术2005年全国博士生学术论坛术论坛2005 Doctoral Forum of China感谢谢 李亦学 研究员员裴钢钢研究员员 复旦大学博士论坛论坛 的组组委会 参与讨论讨论 的各位老师师/同学Date15相约百年复旦 共创世纪学术
