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1、 目 录上一页下一页结 束第七章 分子绘图软件-Chemoffice要求:了解Chemoffice的功能,熟 练掌握简单分子图形的绘制,保存 与修改,并做简单的几何结构优化 ,能够使用ChemDraw绘制分子二 维图形,实验装置图以及化学反应 流程图。1目 录上一页下一页结 束Chemoffice是美国CambridgeSoft公司 出的重要产品之一,ChemOffice 是世界 上最优秀的桌面化学软件,集强大的应用 功能于一身,为您提供了优秀的化学辅助 系统,使您的研究工作达到一个新的高度 。ChemOffice Ultra 包括 ChemDraw Ultra 化学结构绘图、Chem3D U
2、ltra 分子模型及 仿真、ChemFinder Ultra 化学信息搜寻整 合系统等一系列完整的软件。可以将化合 物名称直接转为结构图,省去绘图的麻烦 。 2目 录上一页下一页结 束第一节 Chemoffice1 Chem3D 是一个用于设计化学模型的应 用软件,它是一个简单易用的图形界面 和界面脚本将构建、分析、计算工具融 于一体。将二维平面的有机分子结构图 形转化成三维的空间结构,在分子和原 子水平上模拟和分析分子的立体构象是 Chem3D的一大特点。此外Chem3D还提 供一些辅助的计算工具,例如优化模型 ,构象搜索、分子动力学和计算分子的 单点能量等。3目 录上一页下一页结 束第一节
3、 Chemoffice2 ChemDraw 是一个化学结构绘图软 件,具有如下的功能:绘制和编辑 高质量的化学结构图,识别和显示 立体结构,将结构和名称进行转换 ,包含NMR数据库,能够与Excel 集成,能够进行网络数据库信息管 理。4目 录上一页下一页结 束第一节 Chemoffice3 ChemFinder 是一个化学信息管理 系统,可以用它来管理化学信息。 它为化学工作者备份整理物质的化 学结构、物理性质、说明和数据表 格提供了环境。对于人们感兴趣的 分子和反应, ChemFinder可以帮 人们在相应的位置作索引,以便查 找。5目 录上一页下一页结 束第二节 Chemoffice 的
4、安装1. 下载安装chemoffice 2006 原版, 不要去激活,不要破解; 2. 运行keygen.exe,放在一边,到时 序列号和激活码; 3. 运行RegCou10.vbe,按提示输入 相关信息。6目 录上一页下一页结 束第三节 Chem3D 的使用一 启动 开始所有程序Chemoffice 2006 Chem3D Ultra 10.07目 录上一页下一页结 束二 工作界面 1 标题栏 2 菜单栏 3 工具栏8目 录上一页下一页结 束三 文件的基本操作 1 新建文件 2 打开文件 3 保存文件9目 录上一页下一页结 束第四节 自定义Chem3D的工作界面1 页面参数的设置 files
5、Preferences 2 文档的设置 filesModel Setting 3 工具条的现实与隐藏 View Toolbars10目 录上一页下一页结 束第五节 Chem3D模型的建立与操作一 3D模型的建立 1 导入3D模型 2 从ChemDraw 中导入 3 使用键工具绘制11目 录上一页下一页结 束3 使用键工具绘制Chem3D提供了多种方式的模型模式 ,包括最常见的键工具、模板工具 盒文本工具。系统启动时,默认工 具是单键工具。12目 录上一页下一页结 束1 新建一个Chem3D窗口 2 在工具栏中选择键型工具,然后再Chem3D中自左向 右拖动,放开鼠标,得到乙烷分子模型 3 在右
6、侧的碳原子上单击,向右拖动鼠标一段距离后 放开,得到丙烷的分子模型。调整角度使之能更好 的显示立体结构。 4 选择A(文本)工具,然后选择右侧的甲基碳原子 ,在出现的文本输入框中输入O,然后按 enter键, 则甲基变为羟基,得到乙醇的分子模型。 选择A(文本)工具,然后选择左侧的甲基氢原子, 在出现的文本输入框中输入COOH,然后按 enter 键 ,则甲基氢变为羧基,得到2-羟基丙酸分子模型 选择A(文本)工具,然后选择左侧的甲基氢原子, 在出现的文本输入框中输入NH2,然后按 enter 键, 则甲基氢变为氨基,得到丝氨酸( HOCH2CHNH2COOH)13目 录上一页下一页结 束 结
7、构调整,全选结构(使用快捷键(Ctrl+A ),单击菜单栏中的“StructureClean up” 命令,调整分子模型,使之更接近标准 化模型。 结构优化。单击菜单栏中的“Calculations MM2 Minimize Energy”命令,弹出对话框,单击”run“按钮 ,系统自动对所绘制的结构模型进行分子优 化,并在对画框下方的消息窗口中显示优化 过程和相关数据。 9 保存结构,单击菜单栏中的”Files Save”命 令,保存模型;或”Save As”另存为命令保 存其他方式。14目 录上一页下一页结 束4 使用文本工具绘制利用文本工具绘制分子结构模型是Chem3D 的独特之处,对于
8、简单的分子,可以直接输入 分子的结构简式,简化绘图步骤,首先选择A(文本)工具,然后再模型显示 去单击,在出现的文本输入框中输入结构简式 ,按 enter键。即可得到分子模型。注意:输入时如有取代基,一定要用括号 将取代基括起来,在被取代的原子旁边插入, 输入时要注意原子的先后顺序。然后再 结构优化及保存15目 录上一页下一页结 束5 使用绘图模板绘制1 filesSample FilesInorganic16目 录上一页下一页结 束第六节 对模型的操作1 平移及旋转 2 坐标轴的显示及隐藏 ViewModel Display Model Axes 3 模型的放大及缩小 4 显示原子符号、编号
9、及背景颜色 ViewModel Display 5 模型显示模式 ViewModel DisplayDisplay Mode17目 录上一页下一页结 束第七节 利用Chem3D 进行分析建立模型后,通常需要对模型进行 优化和分析,一般采用旋转、显示 数据以及结构的调整手段完成。18目 录上一页下一页结 束1 相关数据的显示1 键长、键角、二面角的显示 StructureMeasurements注:要显示任意两原子的距离,按 住 Shift 键,选中要测量的两个原 子,然后 StructureMeasurements Display Distance Measurement19目 录上一页下一页结 束3D图形和2D图形之间的转换单击ViewChemDraw Panel二者可 以进行转换20目 录上一页下一页结 束第八节 Chemdraw 的使用21