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1、 目 录上一页下一页结 束第七章 分子绘图软件-Chemoffice要求：了解Chemoffice的功能，熟 练掌握简单分子图形的绘制，保存 与修改，并做简单的几何结构优化 ，能够使用ChemDraw绘制分子二 维图形，实验装置图以及化学反应 流程图。1目 录上一页下一页结 束Chemoffice是美国CambridgeSoft公司 出的重要产品之一，ChemOffice 是世界 上最优秀的桌面化学软件，集强大的应用 功能于一身，为您提供了优秀的化学辅助 系统，使您的研究工作达到一个新的高度 。ChemOffice Ultra 包括 ChemDraw Ultra 化学结构绘图、Chem3D U
2、ltra 分子模型及 仿真、ChemFinder Ultra 化学信息搜寻整 合系统等一系列完整的软件。可以将化合 物名称直接转为结构图，省去绘图的麻烦 。 2目 录上一页下一页结 束第一节 Chemoffice1 Chem3D 是一个用于设计化学模型的应 用软件，它是一个简单易用的图形界面 和界面脚本将构建、分析、计算工具融 于一体。将二维平面的有机分子结构图 形转化成三维的空间结构，在分子和原 子水平上模拟和分析分子的立体构象是 Chem3D的一大特点。此外Chem3D还提 供一些辅助的计算工具，例如优化模型 ，构象搜索、分子动力学和计算分子的 单点能量等。3目 录上一页下一页结 束第一节
3、 Chemoffice2 ChemDraw 是一个化学结构绘图软 件，具有如下的功能：绘制和编辑 高质量的化学结构图，识别和显示 立体结构，将结构和名称进行转换 ，包含NMR数据库，能够与Excel 集成，能够进行网络数据库信息管 理。4目 录上一页下一页结 束第一节 Chemoffice3 ChemFinder 是一个化学信息管理 系统，可以用它来管理化学信息。 它为化学工作者备份整理物质的化 学结构、物理性质、说明和数据表 格提供了环境。对于人们感兴趣的 分子和反应， ChemFinder可以帮 人们在相应的位置作索引，以便查 找。5目 录上一页下一页结 束第二节 Chemoffice 的
4、安装1. 下载安装chemoffice 2006 原版， 不要去激活，不要破解； 2. 运行keygen.exe，放在一边，到时 序列号和激活码； 3. 运行RegCou10.vbe，按提示输入 相关信息。6目 录上一页下一页结 束第三节 Chem3D 的使用一 启动 开始所有程序Chemoffice 2006 Chem3D Ultra 10.07目 录上一页下一页结 束二 工作界面 1 标题栏 2 菜单栏 3 工具栏8目 录上一页下一页结 束三 文件的基本操作 1 新建文件 2 打开文件 3 保存文件9目 录上一页下一页结 束第四节 自定义Chem3D的工作界面1 页面参数的设置 files
5、Preferences 2 文档的设置 filesModel Setting 3 工具条的现实与隐藏 View Toolbars10目 录上一页下一页结 束第五节 Chem3D模型的建立与操作一 3D模型的建立 1 导入3D模型 2 从ChemDraw 中导入 3 使用键工具绘制11目 录上一页下一页结 束3 使用键工具绘制Chem3D提供了多种方式的模型模式 ，包括最常见的键工具、模板工具 盒文本工具。系统启动时，默认工 具是单键工具。12目 录上一页下一页结 束1 新建一个Chem3D窗口 2 在工具栏中选择键型工具，然后再Chem3D中自左向 右拖动，放开鼠标，得到乙烷分子模型 3 在右
6、侧的碳原子上单击，向右拖动鼠标一段距离后 放开，得到丙烷的分子模型。调整角度使之能更好 的显示立体结构。 4 选择A（文本）工具，然后选择右侧的甲基碳原子 ，在出现的文本输入框中输入O，然后按 enter键， 则甲基变为羟基，得到乙醇的分子模型。 选择A（文本）工具，然后选择左侧的甲基氢原子， 在出现的文本输入框中输入COOH，然后按 enter 键 ，则甲基氢变为羧基，得到2-羟基丙酸分子模型 选择A（文本）工具，然后选择左侧的甲基氢原子， 在出现的文本输入框中输入NH2，然后按 enter 键， 则甲基氢变为氨基，得到丝氨酸（ HOCH2CHNH2COOH）13目 录上一页下一页结 束 结
7、构调整，全选结构（使用快捷键（Ctrl+A ），单击菜单栏中的“StructureClean up” 命令，调整分子模型，使之更接近标准 化模型。 结构优化。单击菜单栏中的“Calculations MM2 Minimize Energy”命令，弹出对话框，单击”run“按钮 ，系统自动对所绘制的结构模型进行分子优 化，并在对画框下方的消息窗口中显示优化 过程和相关数据。 9 保存结构，单击菜单栏中的”Files Save”命 令，保存模型；或”Save As”另存为命令保 存其他方式。14目 录上一页下一页结 束4 使用文本工具绘制利用文本工具绘制分子结构模型是Chem3D 的独特之处，对于
8、简单的分子，可以直接输入 分子的结构简式，简化绘图步骤，首先选择A（文本）工具，然后再模型显示 去单击，在出现的文本输入框中输入结构简式 ，按 enter键。即可得到分子模型。注意：输入时如有取代基，一定要用括号 将取代基括起来，在被取代的原子旁边插入， 输入时要注意原子的先后顺序。然后再 结构优化及保存15目 录上一页下一页结 束5 使用绘图模板绘制1 filesSample FilesInorganic16目 录上一页下一页结 束第六节 对模型的操作1 平移及旋转 2 坐标轴的显示及隐藏 ViewModel Display Model Axes 3 模型的放大及缩小 4 显示原子符号、编号
9、及背景颜色 ViewModel Display 5 模型显示模式 ViewModel DisplayDisplay Mode17目 录上一页下一页结 束第七节 利用Chem3D 进行分析建立模型后，通常需要对模型进行 优化和分析，一般采用旋转、显示 数据以及结构的调整手段完成。18目 录上一页下一页结 束1 相关数据的显示1 键长、键角、二面角的显示 StructureMeasurements注：要显示任意两原子的距离，按 住 Shift 键，选中要测量的两个原 子，然后 StructureMeasurements Display Distance Measurement19目 录上一页下一页结 束3D图形和2D图形之间的转换单击ViewChemDraw Panel二者可 以进行转换20目 录上一页下一页结 束第八节 Chemdraw 的使用21
