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1、分类号华中农业大学博士学位论文密级基于核苷酸多态性的亚洲栽培稻起源进化研究O r i g i na n de v o l u t i o no fO r y z as a t i v ar e v e a l e db yn u c l e o t i d e p o l y m o r p h i s m s一-一博士研究生：魏鑫学号：2 0 1 0 3 0 1 0 1 0 0 0 1指导教师：曾汉来教授杨庆文研究员指导小组：彭少兵教授华金平教授I - 】J -r J J 刘胜毅研究员涂金星教授陈建国教授张再君研究员专业：生理学研究方向：水稻分子进化获得学位名称：理学博士获得学位时间：2 0
2、 1 3 年6 月华中农业大学植物科学技术学院 二O 一三年六月舢I ) H ) l l i l l l l iJ l m l J i i ) l i ) 1 1 J i ) l i 1 ) i i IY 2 3 9 4 8 3 8华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书学位论文年月日是否保密否如需保密，解密时间独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料，指导教师对此进行了审定。与我一同工作的同志
3、对本研究所做的任何贡献均已在论文中做了明确的说明，并表示了谢意。研究生签名：微时间：如坞年占月r 日黼始瓤导懒一签名日期：为膨年6 月f 日签名日期：复夕I ，多年多月( 日基于核苷酸多态性的亚洲栽培稻起源进化研究目录摘要IA B S T R A C T I H缩略语表。第一章前言1 1 引言l1 2 亚洲栽培稻起源进化研究进展21 2 1 稻属的分类21 2 2 亚洲栽培稻的祖先种41 2 3 亚洲栽培稻的遗传结构51 2 4 亚洲栽培稻的起源61 2 5 亚洲栽培稻的驯化过程91 2 6 亚洲栽培稻驯化相关基因l l1 3 研究目的1 4第二章基于细胞质D N A 片段核苷酸多态性的亚洲栽
4、培稻在中国的起源进化研究1 52 1 引言152 2 材料与方法：1 62 2 1 材料162 2 2 细胞质D N A 的提取1 92 2 3 目的基因的选择、扩增、回收、测序2 12 2 4 数据统计与分析。2 22 3 结果与分析2 32 3 1 基因多样性分析2 32 3 2 单倍型分析。2 42 3 3 系统发育分析2 5华中农业大学2 0 1 3 届博士研究生学位论文2 3 4 群体结构分析2 62 3 5 普通野生稻单倍型的地理分布2 72 3 6 亚洲栽培稻和普通野生稻的遗传差异2 92 4 讨论3 02 4 1 亚洲栽培稻和普通野生稻的基因多样性3 02 4 2 亚洲栽培稻的
5、驯化方式312 4 3 亚洲栽培稻的驯化中心- 3 2第三章基于多个基因片段核苷酸多态性的亚洲栽培稻在中国的起源进化研究。3 43 1 引言3 43 2 材料与方法3 53 2 1 材料3 53 2 2D N A 提取和目标基因的选择4 13 2 3 目标基因的扩增、回收、克隆和测序4 23 2 4 数据统计与分析4 33 3 结果与分析4 43 3 1 基因多样性和中性检验4 43 3 2 系统发育分析4 53 3 3 群体结构分析：4 63 3 4 单倍型分析4 83 4 讨论5 l3 4 1 亚洲栽培稻和普通野生稻的基因多样性5 l3 4 2 亚洲栽培稻的起源方式5 33 4 3 亚洲栽
6、培稻的驯化中心5 53 4 4 亚洲栽培稻的起源与环境5 6第四章基于多个基因片段核苷酸多态性的亚洲栽培稻起源进化研究5 84 1 引言5 8I I基于核苷酸多态性的亚洲栽培稻起源进化研究4 2 材料与方法5 94 2 1 材料5 94 2 2D N A 提取和目标基因的选择6 74 2 3 目标基因的扩增、回收、克隆和测序6 84 2 4 数据统计与分析6 84 3 结果与分析6 84 ：3 1 基因多样性和中性检验6 84 3 2 系统发育分析7 l4 3 3 单倍型分析7 34 4 讨论7 1 ；4 4 1 亚洲栽培稻、尼瓦拉野生稻和普通野生稻的基因多样性7 54 4 2 亚洲栽培稻的祖
7、先种7 64 4 3 亚洲栽培稻的起源方式7 64 4 4 亚洲栽培稻的起源中心7 7第五章亚洲栽培稻H e l l 基因的关联和进化分析8 15 1 引言8 15 2 材料与方法8 25 2 1 材料和抽穗期统计8 25 2 2D N A 提取和目的基因扩增、回收、克隆、测序8 85 2 3 群体结构检测一8 85 2 4 数据统计与分析8 85 3 结果与分析8 85 3 1 基因多样性及中性检验8 85 3 2 关联分析9 05 3 3H d l 编码区的多样性分析9 15 3 4 单倍型分析一9 3I I I华中农业大学2 0 1 3 届博士研究生学位论文5 3 。5 单倍型的地理分布
8、9 45 4 讨论9 55 4 1H d l 的基因多样性9 55 4 2H d l 关联分析9 55 4 3H d l 的驯化9 55 4 4H d l 的地理起源9 6第六章结论与讨论9 8参考文献9 9攻读博士学位期间发表的论文1 2 11 i i I ! 谢I V基于核苷酸多态性的亚洲栽培稻起源进化研究摘要亚洲栽培稻是世界上广泛种植的重要粮食作物，同时也是生物学研究的模式生物之一，科学家以亚洲栽培稻作为对象在生长发育、遗传基础及应用技术上进行了大量的研究。经过生物学家和考古学家的努力，已经知道亚洲栽培稻大约是在一万年前由分布在南亚或中国的野生近缘种驯化而来，但其起源进化的分子基础研究滞后，关于其起源进化理论中的一些重要问题仍然存在争议。这些争议主要有：亚洲栽培稻的祖先种是多年生的普通野生稻还是一年生的尼瓦拉野生稻；亚洲栽培稻是起源于南亚还是中国；亚洲栽培稻的两个亚种( 籼稻和粳稻) 是一次起源还是多次起源。亚洲栽培稻起源进化研究涉及到考古学、历史学、语言学、人类学、生物学、气候学等多个社会和自然学科，基于不同的学科采用不同的研究方法和手段得出的结论不尽相同。随着生物学的发展，对亚洲栽培稻起源进化的研究手段从形态学观察和遗传学分析逐步发展到生物化学水平的同工酶分析，再到A F L P 、R A P D
