用户快速使用手册修改版

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1、 国家超级计算广州中心/广州超级计算中心 用户快速使用手册用户快速使用手册 V 1.1 钟英钟英 2014 年年 8 月月 30 日日 目目 录录 1 环境变量管理工具 module . 1 1.1 简介. 1 1.2 基本命令. 1 2 作业管理命令 . 2 2.1 结点状态查看 yhinfo 或 yhi . 2 2.2 作业状态信息查看 yhqueue 或 yhq . 2 2.3 交互式作业提交 yhrun . 2 2.3.1 简介. 2 2.3.2 yhrun 常用选项 . 2 2.3.3 使用示例. 3 2.4 批处理作业 yhbatch . 4 2.4.1 简介. 4 2.4.2 使

2、用示例. 4 2.5 结点资源抢占命令 yhalloc . 5 2.5.1 简介. 5 2.5.2 使用示例. 5 2.6 任务取消 yhcancel . 5 3 常见上机问题（FAQ） . 7 用户快速使用手册 1 1 环境变量管理工具环境变量管理工具 module 1.1 简介简介 由于不同用户在天河二号上可能需要使用不同的软件环境， 配置不同的环境变量， 默认配置无法满足所有用户的需要，因而在天河二号上安装了 module 软件来进行对环境变量的管理，方便用户更好地使用机器。 module 通过配置 modulefile 支持环境变量的动态修改，能够控制软件不同版本对环境变量的依赖关系。

3、 用户通过简单的命令即可获得适于自己环境变量设置， 因而提高了用户移植软件的效率。 1.2 基本命令基本命令 已经在 ln0ln5、ln20 上配置好 module 工具，主要用法如下： module avail：查看可用的模块的列表。 module load modulesfile：能够加载需要使用的 modulefiles。 使用 module 加载软件（OpenFOAM/2.2.2） 的配置环境。 module 其它用法，可在 help 中查询。 用户快速使用手册 2 2 作业管理命令作业管理命令 2.1 结点状态查看结点状态查看 yhinfo 或或 yhi yhi 为 yhinfo 命

4、令的简写，用户用其查看结点状态。 其中 PARTITION 表示分区，NODES 表示结点数，NODELIST 为结点列表，STATE 表示结点运行状态。其中，idle 表示结点处于空闲状态，allocated 表示结点已经分配了一个或多个作业。 2.2 作业状态信息查看作业状态信息查看 yhqueue 或或 yhq yhq 为 yhueue 命令的简写，用户用其查看作业运行情况。 其中 JOBID 表示任务 ID，Name 表示任务名称，USER 为用户，TIME 为已运行时间，NODES 表示占用结点数，NODELIST 为任务运行的结点列表。 2.3 交互式作业提交交互式作业提交 yhr

5、un 2.3.1 简介简介 交互式交互式提交作业提交作业：在 shell 窗口中执行 yhrun 命令，主要命令格式如下： yhrun options program 2.3.2 yhrun 常用选项常用选项 yhrun 包括多个选项，其中最常用的选项主要有以下几个： -n, -ntasks=number 指定要运行的任务数。 请求为 number 个任务分配资源， 默认为每个任务一个处理器核。 -c, -cpus-per-task=ncpus 用户快速使用手册 3 告知资源管理系统控制进程，作业步的每个任务需要 ncpus 个处理器核。若未指定此选项，则控制进程默认为每个任务分配一个处理器核

6、。 -N, -nodes=minnodes-maxnodes 请求为作业至少分配 minnodes 个结点。 调度器可能觉得在多于 minnodes 个结点上运行作业。可以通过 maxnodes 限制最多分配的结点数目（例如“-N 2-4”或“-nodes=2-4”） 。最少和最多结点数目可以相同以指定特定的结点数目（例如，“-N 2”或“-nodes=2-2”将请求两个且仅两个结点） 。分区的结点数目限制将覆盖作业的请求。如果作业的结点限制超出了分区中配置的结点数目，作业将被拒绝。如果没有指定-N，缺省行为是分配足够多的结点以满足-n 和-c 参数的需求。在允许的限制范围内以及不延迟作业开始

7、运行的前提下，作业将被分配尽可能多的结点。 -p, -partition=partition name 在指定分区中分配资源。如未指定，则由控制进程在系统默认分区中分配资源。 -w, -nodelist=node name list 请求指定的结点名字列表。 作业分配资源中将至少包含这些结点。 列表可以用逗号分隔的结点名或结点范围（如 cn1-5,7,.）指定，或者用文件名指定。如果参数中包含“/”字符，则会被当作文件名。如果指定了最大结点数如-N 1-2，但是文件中有多余 2 个结点，则请求列表中只使用前 2 个结点。 -x, -exclude=node name list 不要将指定的结点

8、分配给作业。如果包含“/”字符，参数将被当作文件名。yhrun 将把作业请求提交到控制进程，然后在远程结点上启动所有进程。如果资源请求不能立即被满足，yhrun 将阻塞等待，直到资源可用以运行作业。如果指定了-immediate 选项，则 yhrun 将在资源不是立即可用时终止。 -h, -help 若需使用 yhrun 更多选项，可通过“yhrun h”或“yhrun -help”查看。 2.3.3 使用示例使用示例 1）在分区 MIC 上指定任务数运行 hostname： 用户快速使用手册 4 2）在分区 MIC，结点 cn145-147上运行 hostname： 3）在 MIC 分区，运

9、行 4 任务的 hostname，每个结点一个任务，分配的结点中至少包含结点 cn145-147： 4）在 MIC 分区，运行 4 任务的 hostname，每个结点一个任务，分配的结点中不包含结点 cn145-147： 2.4 批处理作业批处理作业 yhbatch 2.4.1 简介简介 批处理作业是指用户编写作业脚本，指定资源需求约束，提交后台执行作业。提交批处理作业的命令为 yhbatch，用户提交命令即返回命令行窗口，但此时作业在进入调度状态，在资源满足要求时，分配完计算结点之后，系统将在所分配的第一个计算结点（而不是登录结点）上加载执行用户的作业脚本。 批处理作业的脚本为一个文本文件，

10、脚本第一行以“#!”字符开头，并制定脚本文件的解释程序，如 sh，bash，rsh，csh 等。 2.4.2 使用示例使用示例 例如用户的脚本名为 mybash.sh，内容如下： 根据该脚本用户提交批处理作业，需要明确申请的资源为 MIC 分区的 4 个结点。 用户快速使用手册 5 注意注意：需给该文本文件设置 mybash.sh 可执行权限，利用命令：chmod +x mybash.sh 用户 yhbatch 批处理命令如下： yhbatch -N 4 -p MIC./mybash.sh 计算开始后，工作目录中会生成以 slurm 开头的.out 文件为输出文件。 更多选项，用户可以通过 yhbatch -help 命令查看。 2.5 结点结点资源资源抢占抢占命令命令 yhalloc 2.5.1 简介简介 该命令支持用户在提交作业前，抢占所需计算资源（此时开始计算所用机时） 。 2.5.2 使用示例使用示例 yhalloc 提交方式如下： 首先申请资源，执行如下命令： 通过 yhq 查看相应的 jobID 为 391753，结点为 cn1483. 用户可以选择如下方式： 切换到 cn1483 结点，之后执行程序。 2.6 任务取消任务取消 yhcancel 用户使用 yhcancel 命令取消自己的作业。命令格式如下： yhcancel jobid jobid 可通过