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1、 Analyst QS 中文操作手冊 1Analyst QS 中文操作手冊 Analyst QS 中文操作手冊 2AnalystQS 檔案結構及電腦系統的維護檔案結構及電腦系統的維護 1.1 Analyst QS程式檔案結構程式檔案結構. 電腦系統為 Dell Precision 530工作站,具有兩個 SCSI 的硬碟;其中一個分割成為 C:和 E: , 另一個則為 D:. C 碟為 Windows NT系統(NT4.0 / SP5). Analyst QS則被安裝在 D碟. 在 Analyst 子目錄下 D:Program FilesAnalyst可找到五個次目錄. Bin 目錄下包含 A
2、nalyst QS 的主程式. oMALDI Server 目錄下包含控制 oMALDI離子源的程式. 包含在這兩個目錄下的檔案不能夠被更動或刪 除, 否則會影響到軟體的功能. Firmware 目錄下包含機器上系統控制器的軟體意即所稱的韌體. 這可用來 作更新韌體. Help 目錄包含內建的協助檔案. 而 Simulation 目錄下則包含模擬程式的檔案. 1.2 Analyst QS Project檔案結構檔案結構. 所有被取得的圖譜資料均被儲存於 D碟中稱為 PE Sciex Data 的目錄中. 在這個目錄裡, 所有的資料被劃 分儲存於數個 Projects 目錄下. API Inst
3、rument 是一個獨一無二的 Project,不能夠被用於一般的掃描工作 或是拷貝於其他的 Project 下. 它包含所有機器和軟體執行工作時所需要一般資訊. 只有一般使用者定義 的 Projects 才可以被用來執行一般的資料擷取(Acquisition). 每個 Project 包含數個不同的子目錄其包含各 種不同的訊息資料檔案. 在 PE Sciex Data 中, 還有一個 Workspaces 的目錄, 其包含在 AnalystQS中的視 窗編排. 這對在 Data Explore 中顯示處理過的定性質譜資料相當有用. Project 目錄的典型檔案結構如下圖:(範例為 API
4、Instrument Project) 擷取方法擷取方法(Acquisition Methods) 所有調校(Tune)及批次(Batch)的擷取方法均被儲存於這個目錄下. 同時,Analyst QS 中文操作手冊 3自動校正 Q1 與 TOF MS的預設方法亦存於此 API Instrument Project. API BioAnalyst 包含 BTB Data Dictionary.csv 檔案, 這是預設作為 BioAnalyst 運算的檔案. 這個目錄唯 有安裝 BioAnalyst 才會存在. 批次批次Batch 儲存批次編輯器(Batch Editor)中產生的批次樣品清單(B
5、atch Sample lists). Bundler 一個特殊的程式,用來將所有的擷取資料整合成單一的*.wiff檔案. Configuration 儲存硬體配置(Hardware Profiles)的地方. Data 儲存所有被擷取的資料. Instrument Data 一個核心檔案叫 InstrumentData.ins 存於此, 這個檔案包含了所有質量校正資料以及 解析度的參數資料. 強烈建議將這個檔案備份強烈建議將這個檔案備份. Log 任何由 Analyst QS產生的文字報告檔案均被存於此. Parameter Settings 所有儀器的電壓設定及連結均被儲存於這個檔案中 P
6、aramSettingsdef.psf. 強烈建議 將這個檔案備份強烈建議 將這個檔案備份. Preferences 所有的設定(包括 parameter, tuning, instrument, processing, appearances 及 queue)都被以 Tunedata.tun的形式存於這個目錄中. Processing Scripts 處理資料的小程式被存於此; 這些小程式可在工具列中的 Script 下找到. Project Information 定量設定檔存於此. Quantitation Methods 儲存定量資料的積分方法. Results 儲存定量模式下的結果列
7、表(Results Tables). Templates 儲存一般的批次模版. Tuning Cache 所有在 Tune 中藉由單擊 Start 而不是 Acquire 所得到的擷取資料被以日期和時間為檔名 存於此. 這些檔案均可被易名並移動至任何 Project 下的 Data子目錄. 這裡最多只存兩個擷取資料. 1.3 檔案及電腦維護檔案及電腦維護. 最好每日將電腦重新開機. 同時也建議不要安裝其他軟體於擷取工作站的電腦中,除非絕對需要. 此外 BioAnalyst 需要 Internet Explorer 5.0 作為 database searching. 每個月做一次每個月做一次:
8、 1. 將 C:Temp下所有的*.tmp檔案清除,儀器使用頻繁則需縮短清除的間隔. 2. 將硬碟重組,可使用 ScanDisk (Norton Utilities)或是 DisKeeper. 每六個月做一次每六個月做一次: 1. 將 API instrument Project 下多餘的資料刪除. 2. 備份及移除不再使用的 Project. (我們建議所有的實驗室均有自己的備份策略) Analyst QS 中文操作手冊 4質量校正及最佳化質量校正及最佳化 2.1 儀器最佳化儀器最佳化: A. 建立一個硬體配置建立一個硬體配置(Create a New Hardware Profile).
9、雙擊以打開硬體配置編輯器(Hardware Configuration Editor). 單擊以建立一個新的硬體配置, 命名為MS+syringe, 然後單擊. 選擇, 然後單擊 OK 使 其 出 現 在 編 輯 配 置 的 視 窗 . 接 著 單 擊並勾選 integrated syringe pump. 單擊 OK以回到硬體配置編輯器. 接著單擊 以啟動硬體配置. Analyst QS 中文操作手冊 5B. 建立一個建立一個 TOFMS 的擷取方法的擷取方法(Creating a TOF MS method). 將 Project移至 API instrument (這個 project
10、只用作質量校正用). 單擊使機器由待機轉成準備狀態, 此時可聽到 Exhaust Gas噴出的聲音. 下一步, 雙擊以打開一個空白的手動擷取方法. 在 TOF MS Scan type 模式下選擇正離子模式(Positive mode), 設定 TOF 掃描範圍由 1001000 amu 並在 Source/Gas 下設定氣體及電壓值如下圖. 掃描次數(Cycles)可設為 20. 在 Compound 及 Advanced MS 下的參數值可以設定如下. Analyst QS 中文操作手冊 6不論何時改變 TOF的掃描範圍一定要記得在 Advanced MS 下 Q1 Transmissio
11、n Window 中單擊. 這會自動計算出針對新的掃描範圍最佳的四極桿傳輸率(Optimal Quadrupole Transmission). 一般掃描胜 肽樣品時, Pulser Frequency 應該設定在 6.99 kHz, 這對高至 2000amu 的質量而言是最佳的頻率. 如果是不同的掃描範圍,亦可單擊 TOF Extraction Parameters 視窗下的鍵已獲取最佳的脈衝頻率. Ion Energy (在 Resolution 下)一般已經由工程師最佳化,正常使用下並不需要自行調整. MCP (Multi-Channel Plate)可設定範圍在 2100-2600 以
12、決定偵測器的靈敏度. 樣品的強度較低時可以設定較高的 MCP值. 在量 校正時為了獲取更好的離子統計值, 樣品離子的強度應高於 60 counts. 同時, 應儘量避免離子強度高於 1000 counts 以造成偵測器的飽和, 這將會影響質量校正的正確度(Accuracy of Calibration). 在所有的參數 都調整好後, 此擷取方法便可以被儲存起來便於日後的質量校正. 單擊後命名此擷取方法, 然後按下 OK即可. C. 啟動注射針幫浦啟動注射針幫浦(Starting the Syringe Pump). 以 1 mL注射針取一些 TOF MS的校正標準品. 在此, 我們以 ALIL
13、TLVS peptide/CsI 作為校正標準品. 要 啟動注射針幫浦, 在 MS Method 下選擇 Syringe Pump Method. 在這個視窗中, 注射針的內徑及流速可被 定義. 對 1 mL 的注射針而言, 其內徑為 4.61 mm. 在所有的參數鍵入正確後,單擊以啟動幫浦. 如果在幫浦啟動後要改變流速, 則在鍵入新的流速後單擊. 一般使用流速 5-10 uL/min 連續灌流 (Infusion)來做質量校正. Analyst QS 中文操作手冊 7D. 最佳化質量峰的形狀及解析度最佳化質量峰的形狀及解析度(Optimizing Peak Shape and Resolut
14、ion). 現在單擊開始擷取資料, 此時會有兩個視窗出現在下方,左方是 Total Ion Chromatogram (TIC,總離子 層析圖)而又方是 TOF MS 質譜圖. 這個最佳化步驟唯有在質量峰不再對稱(Symmetrical)或是解析度降低 時才需要做, 並不需要在每次質量校正時都做. 所得到的圖譜資料可由此觀察, 或者你也可以在質譜圖中右擊滑鼠鍵並點選 Open File 以將整個圖譜展 開. 要放大質譜圖的區域, 只要以滑鼠在 X軸下方拖拉出所需的區域即可. 要縮小, 則在 X軸下方雙擊滑 鼠即可. 放大 829 m/z 讓同位素的峰也可被看到. 以滑鼠突出 829 的質量峰.
15、 在 View 下選擇 Graph Info Window. 解析度及質量峰中心的質量會顯示其中. 質量峰的形狀與解析度在機器上可被調整. 打開機器的前門並記錄原始的數值,包括 Plate Voltage (PV), Grid Voltage (GV), Focus Control Module (FCM), Mirror Voltage (MIR)及 Offset (OFS). 裝機時, 工程師會 最佳化所有的電壓值包括正離子及負離子(表列於 Parameter Settings 中). 最佳化時應注意三件事: 強度(intensity; cts), 形狀(shape; 對稱 symmetr
16、y)以及解析度(resolution; narrowness). 一般的步驟為: 1. 擷取 100 cycles 的資料並放大所欲觀察的質量峰及其同位素峰. 2. 確定該質量峰的強度介於 100700 counts 間以避免偵測器飽和的影響. 3. 決定起始的質量峰解析度. Analyst QS 中文操作手冊 84. 調整 GV直到獲取最佳的質量峰形狀/解析度/強度. 開始時用3 V來調整, 然後用0.5 V來 微調. 5. 調整 OFS直到獲取最佳的質量峰形狀/解析度/強度. 開始時用1 V來調整, 然後用0.2 V 來微調. 6. 接著調整 PV然後再調整 GV直到獲取最佳的質量峰形狀/解析度/強度. 注意注意: QSTAR上的極性控制是藉由軟體的控制, 可以經由 Manual Tune 視窗下勾選 Positive 或 Negative 來改變
