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1、1广州大学学生实验报告广州大学学生实验报告开课学院及实验室：开课学院及实验室：生命科学学院 计机楼 407 2013 年年 12 月月 6 日日 学学 院院生命科学学院年级、专业、班年级、专业、班生物工程 10姓名姓名学号学号10142000实验课程名称实验课程名称生物信息学 成绩成绩实验项目名称实验项目名称实验六实验六 蛋白质序结构与预测蛋白质序结构与预测指指 导导 教教 师师 一、实验目的一、实验目的1、掌握蛋白质序列检索的操作方法； 2、熟悉蛋白质基本性质分析； 3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于 motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测； 4、了解蛋白质
2、结构预测。二、实验内容二、实验内容1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif 结构分析以及二级结构和三维结构预测的 结果； 2、总结进行上述分析所需注意的关键事项2三、三、实验步骤实验步骤1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif 结构分析以及二级结构和三维结构预测的结构分析以及二级结构和三维结构预测的 结果；结果；1、人脂联素蛋白质序列的检索： （1）调用 Internet 浏览器并在其地址栏输入 Entrez 网址(http:/www.ncbi.nl
3、m.nih.gov/Entrez)； （2）在 Search 后的选择栏中选择 protein； （3）在输入栏输入 homo sapiens adiponectin； （4）点击 go 后显示序列接受号及序列名称； （5）点击序列接受号 NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 Homo sapiens)后显示序列信息； （6）将序列转为 FASTA 格式保存(参考上述步骤使用 SRS 信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列)；2、使用 BioEdit 软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、
4、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析： 打开 BioEdit 软件将人脂联素蛋白质序列的 FASTA 格式序列输入分析框点击左侧序列说明框中的序列说明点击 sequence 栏选择 protein点击 Amino Acid Composition查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成； 或者选择 protein 后，点击 Kyte& Doolittle Mean Hydrophobicity Profile查看该蛋白质分子疏水性水平；343、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析： （1）进入 NCBI/Blast 网页； （2）选择 Protein-protein BLAST (blastp)； （3）
5、将 FASTA 格式序列贴入输入栏； （4）点击 BLAST； （5）查看与之同源的蛋白质；564、人脂联素蛋白质序列的 motif 结构分析：（1）expasy-tools(http:/cn.expasy.org/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http:/myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan）进入网 页。 （2）将人脂联素蛋白质序列的 FASTA 格式序列贴入输入栏； （3）在 Prosite Profile 前打钩，然后点击 Search； （4）查看分析结果（注意 Prosite Profile 中的 motif information）
6、；785、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测： （1）可由 expasy-tools(http:/cn.expasy.org/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http:/www.predictprotein.org/）进入； （2）进入 predictprotein 页面后，先 register（注册）； （3）然后将人脂联素蛋白质序列的 FASTA 格式序列贴入输入栏，submission（提交）所要分析的蛋白序列； （4）分析结果。9PHD predictions 结果：结果： PROF predictions 结果结果6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测： （1） 进入 htt
7、p:/www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页； （2） 选择 Automated mode （自动模式）；（自动模式）； （3） 进入 Automated mode 界面后输入 E-Mail 地址和序列名称，将将人脂联素蛋白质序列的 FASTA 格式序列贴入输入栏， 点击“submit modeling request”后，等待结果。 （4）下载蛋白 PDB 文件观看其三维结构图像。（注：需下载软件入 rasmol 查看三维图象）。10112、总结进行上述分析所需注意的关键事项、总结进行上述分析所需注意的关键事项1、对人脂联素蛋白质序列进行两种分析即基于 NCBI/Blast 软件的蛋白质同源性分析和 motif 结构分析。2、二级结构预测可大致分为二类：一是有关根据单一序列预测二级结构；二是有关根据多序列列线预测二级结构。3、比对数据库中已知结构的序列是预测未知序列三级结构的主要方法。多种途径可进行以上这种比对。最容易是使用 BLASTP 程序 比对 NRL3D 或 SCOP 数据库中的序列。_
