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1、大熊猫健康和寄生虫检测（大熊猫肠道微生物宏基因组、代谢组及蛋白组研究）大熊猫健康和寄生虫检测（大熊猫肠道微生物宏基因组、代谢组及蛋白组研究） 技术参数技术参数一、一、60 个大熊猫粪便样品宏基因组测序个大熊猫粪便样品宏基因组测序1取样中标供应商安排专人上门收取所有样品2DNA 质检和片段化利用 1%琼脂糖凝胶电泳和 TBS380 检测基因组 DNA，使用Covaris 将基因组 DNA 片段化3文库构建采用原装进口建库试剂盒进行宏基因组文库构建4测序平台Ilumina Hiseq 测序平台进行宏基因组测序，测序过程中原装进口测序试剂盒，测序读长为 PE1505数据质量原始下机数据测序质量要求：
2、要求 Q2090%，Q3080%6数据量每个样本至少 8G clean data7数据质控序列优化（Index、接头序列去除、碱基质量剪切等） 、混合拼接 组装8标准分析 内容1、基础分析 1)microPITA 分析（从多样性项目中挑选具有代表性的样品进 行宏基因组测序） 2)序列组装与基因预测 3)物种与功能注释 4)物种与功能组成分析 5)样本比较分析 6)物种与功能差异分析 7)关联和模型预测分析 8)基于 reads 的物种和功能注释 2、对于所有宏基因组测序样本进行 Binning 组装，拼接优势微 生物基因组草图。 3、微生物多样性和代谢组学整合分析 1) 相关性分析（corre
3、lation analysis） 2) 普氏分析（Procrustes analysis）9结果报告内容： 1)结题报告 2)结果文件10数据保存 和递送招标方提供硬盘，中标供应商负责拷贝数据并送至指定地点11完成周期样本检测合格至项目结题：60 个工作日二、16 个大熊猫粪便样品宏蛋白组测定个大熊猫粪便样品宏蛋白组测定1取样中标供应商安排专人上门收取所有样品2蛋白提取 和定量Tris-饱和酚法提取蛋白，BCA 法测定总蛋白含量3上机前处 理SDS-PAGE、还原烷基化和酶解、肽段脱盐、定量4液相串联 质谱Q-Exactive 高级质谱，色谱分离时间 180min，流速 300nl/min5数
4、据库搜 索宏基因组数据构建的本地数据库6分析内容1、使用 PEAKS 软件进行搜库 1) 蛋白定量结果 2) 物种分类注释 3) 功能注释 4) 差异蛋白分析 5) 物种与功能组成分析 6) 物种与功能比较分析 2、基于宏基因组的数据做宏蛋白数据库的注释 3、蛋白组学和代谢组学的整合分析 1) KEGG 通路可视化 2) KEGG 通路比较分析 3) KEGG 通路富集分析 4) IPATH 整合分析 5) 相关性网络分析7结果报告内容： 1)结题报告 2)结果文件8数据保存 和递送招标方提供硬盘，中标供应商负责拷贝数据并送至指定地点9完成周期样本检测合格至项目结题：50 个工作日三、三、17
5、0 个大熊猫粪便、血清样品、竹子样品代谢组学测定个大熊猫粪便、血清样品、竹子样品代谢组学测定1取样中标供应商安排专人上门收取所有样品2代谢物提 取采用甲醇-水，超声法提取代谢物，采用 2-Chloro-D- phenylalanine 内标法对提取进行质控3LC/MS 分 析信息提 取1、LC-MS 分析的仪器平台为 Waters 公司的超高效液相色谱串联飞行时间质谱 UPLCQ-TOF/MS 2、色谱条件为：色谱柱为 BEH C18 柱4代谢物鉴 定1、4 个基地的粪便，血清和竹子样本分别比较差异代谢产物， 共计 18 组分析 2、采用多维分析 OPLS-DA 和单维分析（student t test）相结 合的办法，来筛选组间差异代谢物（VIP1，p0.01）5分析内容1、代谢组学分析 1) 差异代谢物韦恩图 2) 差异代谢物 KEGG 通路可视化 3) 差异代谢物 KEGG 通路富集分析 4）差异代谢物聚类分析 2、微生物多样性和代谢组学整合分析 1）相关性分析（correlation analysis） 2）普氏分析（Procrustes analysis）6结果报告内容： 1)结题报告 2)结果文件7数据保存 和递送招标方提供硬盘，中标供应商负责拷贝数据并送至指定地点8完成周期样本检测合格至项目结题：65 个工作日
