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1、真核生物启动子有三类，分别由 RNA 聚合酶、和进行转录。类别（class ）启动子：只控制 rRNA 前体基因的转录，转录产物经切割和加工后生成各种成熟 rRNA。类别启动子由两部分保守序列组成：核心启动子（core promoter）：位于转录起点附近，从-45 至+20；上游控制元件（upstream control element，UCE）：位于-180 至-107；RNA 聚合酶对其转录需要 2 种因子参与：UBF1：一条 M 为 97000 的多肽链，结合在上述两部分的富含 GC 区；1 个 TBP，即 TATA 结合蛋白（TATA-binding protein，TBP） ；SL
2、1：一个四聚体蛋白，含有 3 个不同的转录辅助因子 TAF；在 SL1 因子介导下 RNA 聚合酶结合在转录起点上并开始转录。类别（class ）启动子：类别启动子涉及众多编码蛋白质的基因表达的控制。该类启动子包含 4 类控制元件：基本启动子（basal promoter）：序列为中心在-25 至-30 左右的 7 bp 保守区，TATAAAA/T，称为 TATA 框或 Goldberg-Hogness 框。与RNA 聚合酶的定位有关，DNA 双链在此解开并决定转录的起点位置。失去 TATA 框，转录将在许多位点上开始。起始子（initiator）：转录起点位置处的一保守序列，共有序列为： P
3、yPyANT(A)PyPyPy 为嘧啶碱（ C 或 T） ，N 为任意碱基，A 为转录的起点。DNA 在此解开并起始转录。上游元件（upstream factor）：普遍存在的上游元件有 CAAT 框、GC 框和八聚体（octamer）框等。 CAAT 框的共有序列是GCCAATCT，GC 框的共有序列为 GGGCGG 和 CCGCCC，八聚体框含有 8bp，共有序列为 ATGCAAAT；应答元件（response element）：诱导调节产生的转录激活因子与靶基因上的应答元件结合。如热休克效应元件 HSE 的共有序列是CNNGAANNTCCNNG，可被热休克因子 HSF 识别和作用；血清效
4、应元件 SRE 的共有序列 CCATATTAGG，可被血清+1效应因子 SRF 识别和作用。参与 RNA 聚合酶转录起始的各类因子数目很大，可分为 3 类：通用因子（general factor）：作用于基本启动子 上的辅助因子称为通用（转录）因子（GTF） ，或基本转录因子（basal transcription） ，为任何细胞类别启动子起始转录所必需，以 TF来表示，其中按发现先后次序用英文字母定名，如 TFA、TF D 、TFH。上游因子（upstream factor）：或转录辅助因子（transcription ancillary factor） ，是指识别上游元件的转录因子。可诱导
5、因子（inducible factor）：在真核生物中，与细胞类型和发育阶段相关的基因表达，主要通过转录因子的重新合成来进行调节的，是长期的过程。对外界刺激的快速反应则主要通过转录激活物（transcription activator）的可诱导调节。这些诱导的转录激活因子与靶基因上所谓应答元件相结合。类别（class ）启动子：类别启动子为 RNA 聚合酶所识别，他涉及一些小分子 RNA 的转录。RNA 聚合酶的启动子有 3 种类型结构：类型 1 基因内启动子：如 5S rRNA 基因的启动子，位于转录起点下游，即在基因内部，是下游启动子，有两个框架序列，被 3 种辅助因子所识别。5S rRN
6、A 基因的启动子包括框架 A（box A） 、中间元件 （intermediate element）和框架 C（box C）3 个元件组成。TFA 结合在框架 A上，然后促使 TFC 结合，后者结合导致 TFB 结合到转录起点附近，并引导 RNA 聚合酶结合在起点上。TFB 使 RNA 聚合酶正确定位，起“定位因子” （positioning factor ）作用。类型 2 基因内启动子：如 tRNA 基因的启动子，有两个控制元件，分别为框架 A 和框架B。TFC 结合框架 B，其结合区域包括框架 A 和框架 B，然后导致 TFB 结合到转录起点附近，并引导 RNA 聚合酶结合在起点上。上游启动子：如 snRNA 基因的启动子，位于转录起点上游。有 3 个上游元件：OCT（八聚体基序 octamer motif） 、 PSE（邻近序列元件 proximal sequence element） 、TATA 元件。在 RNA 聚合酶的上游启动子中，只有靠近起点存在 TATA元件，就能起始转录。然而 PSE 和 OCT 元件的存在将会增加转录效率。
